ぎょーむ日誌 2007-05-01

2007 年 05 月 01 日 (火)

• 0750 起床． コーヒー． 朝飯． 0900 自宅発． 曇． ちょっと寒い． 0915 研究室着．
• 富良野トドマツ母子分布論文原稿のつづき． ここ数日， 遺伝子がらみの種子散布論文とか見てきたわけだが， この周辺の研究のぱたーんとしては
  1. (この研究のごとく) 親子関係きめうちで散布カーネル推定
  2. 親子関係の不確定性を考慮しつつ散布カーネル推定 (MasterBayes? 花粉はともかく種子散布でこの研究はまだ無いような気がする)
  3. (遺伝子データなしで) seed trap データから散布カーネル推定する
  4. GENALEX とか SPAGEDI みたいな個体間距離に依存する遺伝相関みるもの (散布カーネル推定しない)
  といったところか． 1.-3. で種子散布カーネル推定するわけだが， こんにちにおいてはおそらく例外なく 長短 (距離) 兼用散布カーネルあてはめる推定やってるらしい， とわかってきた． しかも全個体共通としている研究例しか見あたらず， 意外にも「樹高によって異なる」といったモデリングは無さそう．
• これは 3. のごとく遺伝子データがないときにはそれしか方策がない …… だろう． たぶん． まあ， よっぽどヘンなふうにシードトラップとか種子供給源とかの配置が ヘンだったら「個体差」みえてしまうんだろうけど．
• ということで， 散布の「個体差」とかアヤしげなことを言ってる研究は他にはないようだ． 個体ごとに散布カーネルがちがっていようが同じだろうが， 個体群全体でみればあたかも個体群全体が 長短兼用散布カーネルつかってるように見えるわけで， 集団動体という観点からすれば「個体差」とやらがあろうがなかろうが， まあどうでもよいのかもしれない．
• 一部の論文がいうような散布距離が森林の群集構造だの 樹木の進化の方向性を決めている， といったハナシはいくら何でも大げさすぎる気がする． 理論的にはそうかもしれないけれど， 観測データをどうヒネくりまわしてもそんなことは言えないでしょうよ， と．
• けっきょく， 富良野トドマツ母子分布の階層ベイズモデルにおいて， 散布の「個体差」とやらをもちこむ理由としては， 核遺伝子・葉緑体遺伝子を調べて母子関係を いっしょうけんめい特定していったら下の図のような奇妙なパターンが 見えてしまったので (図の説明: Top3 母樹, 全母樹)， モデルに散布の「個体差」もちこむのが これに対する説明のやりかたのひとつでしょうよ， といういうぐらいのことだ．

• 遺伝子がらみ種子散布モデリングぎょーかいにおける現状と その中での富良野データモデリングの位置がだいたいわかってきたので …… といってもそのあたりいきなり原稿に書いたりすんのもナンなので， とりあえずここまでの作文のみなおし & 修正にとりくむ．
• 甲山さん Mac に NeoOffice インストールせねばならぬことに ……
• 文献みなおしなどやってから北大構内昼飯調達の旅． あ， 生協前のエゾヤマザクラ (?) がすでに開花しはじめている． 研究室にもどって昼飯．
• トドマツ原稿モデルまわり説明作文のみなおし & 書きなおし．
• make pdf && rsync してから富良野の後藤さんにメイルかき． 他の部分の書きなおしが進捗中のようなので， 当方のトドマツ作業はここでいったん停止する予定．
• そうそう， 後藤さんとも相談してうえで， 富田君に 先日 の「お礼」メイルなども書かなくては ……
• さーて次にやるべき計算なんだけど …… 順番としては
  1. アカマツ再々…々計算
  2. アリ計算 (ふぅ)
  3. 地衣類繁殖論文のモデル分担部分の作文
  4. 屋久島葉寿命計算 の論文かき
  といったところか． ホントは屋久島をさっさと終わらせたいんだけど， アカマツは 1 月あたりから放置しているし， アリはまたアリ科研費の大統領が何やらまた めんどうっちいコト 言ってくるし ……
• 地衣類に関しては志水さんがおいそがしいようなので， まだ先のばしできそう …… うーむ， ある日とつぜん督促されるかもしれんけど．
• アカマツに関しては， 重量分配モデル のほうは階層ベイズモデル化してしまって なんとか論文発表できたんだけど， 光合成まわり はいまだあちこちを転々とさまよっているような状況， なんだよね． で， 「めんどうなことは Bayes で (Bayes model による統合モデル化)」 という近ごろのぎょーむ方針にもとづいて Bayes model 化しようと 2007-01-30 の予定にも組みこまれていたんだけど …… ついに三ヶ月間も押し流されてしまったわけです．
• じつはここしばらく， そのへんふらふら歩いたりしてるときはアカマツ計算がアタマの中で ぐるぐる回っていたんだけど …… 光合成速度の変化 → 資源分配の switching → 光合成期間終了後の葉重量の「放物線」化， はイケそうだとわかってきたんだよねえ．
• 問題はこれをゐんばぐすで計算できるか， だ． 何でいつも WinBUGS なんだよう， と思われるかもしれないけど， 階層ベイズモデル などという面倒になりがちなモノはこういうお手軽 & 汎用 Gibbs sampler のたぐいで計算できるかどうかで， 労力がケタちがいに異なるのである． 北海道の野外生態学研究者でいえば 調査地に自動車でいけるかいけないか， ぐらいの違いがある．
• ウスぼんやりしていたので， またぎょーむ日誌の(無意味な) 「カラ更新」してしまった (すると このあたり その他が応答してしまう， と)． こういうコトがときどきあります …… というのも， $HOME で make log するだけで「更新」されてしまって， ですね．
• アカマツ資源分配の新モデルのホネぐみをまず調べてみる． モデルはすごく単純で， 以下のとおり (記号はあとで変えてしまうだろう):
  • アカマツの当年生シュートは 小さな初期サイズからスタートし， 「自分のかせぎ」だけで成長する (成長期間終了まで)
  • ある瞬間にかせいだバイオマスは 当年生シュート内で分配される
  • そのバイオマスは p : (1 - p) で当年生シュート内の同化部 : 非同化部に分配される
  • 同化部への分配比 p は光合成速度 Amax の単調減少関数である (下の図)
  と仮定をおいて計算すると， やはりそれっぽい「シーズン終了時点の葉重量と Amax の関係」 がでる， と．

[光合成補償的なバイオマス分配]

長年おなじデータみてると， こういうことを考えついたりする …… 左の上の図のごとく， 光合成速度が低いときには同化部 (葉) への資源分配 p を多くする， と仮定する． 光合成速度がいろいろあるときに， この仮定のもとである期間のバイオマス蓄積の帰結を積分計算すると 左の下の図のごとく 奇妙なパターンができるんだよね (この成長モデルにおける詐術のぽいんとは p に下限があること)． まあ， なンとなく観測データに似ている， と (真下の図)．

• あとはこれを階層ベイズモデル化して (「個体差」はどこにつっこめばよいのやら)， OTC と極楽寺山データをまとめて説明できるようにすればよい， と …… いったいどうなることやら．
• 1850 研究室発． 1910 帰宅． 晩飯．
• トドマツ議論のつづき． やはり全 79 母樹の散布パターン図， ですか …… と指摘されるだろうと予想していたので， 先週 は library(lattice) trellis な作図の修行してたんだよね (「これが我が逃走経路だ!」) …… とりあえず， こんなかんぢで (→ 全体)．

• で， 上のような作図したり 議論メイル書いてると， データの見かたもまた少しかわってきて， やはりいろいろ気づかされるわけで ……

  いろいろ書いてて気づいたのですが，このモデルも含めて従来の種子散布や実
  生分布モデルのまずいところは「各種子独立」を仮定していることかもしれま
  せんね．おそらく種子は一個一個が独立ではなく，一個実生がみつかればその
  近傍に同じ親からきた実生がみつかる確率が高い，といった空間相関があるの
  かもしれません．どうもこのトドマツデータはむしろそちらで説明されるよう
  な気がしてきました．
  

  まあ， 「各種子独立ではない」モデル， はまた「次」の機会にしよう．
• いや， ちょっと待て …… そういうパターンは今のモデルの「倒木差」 random effects である程度は説明されているはずだ． しかし実生どうしの空間相関がそれにうわづみされてる可能性も …… えーい， もっと丁寧にデータみろってこと? しかしもはや富良野データって， ここまでの統計モデリングですでに 「しぼりかす」状態に近いような気がするんだけど ……
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.6 合． ダイコンおろし．
  • 昼 (1330): 研究室． イソップのバタール． プロセスチーズ．
  • 晩 (1940): スパゲッティー．