ぎょーむ日誌 2006-02-10

2006 年 02 月 10 日 (金)

• 0645 起床． コーヒー． 朝飯． 0825 自宅発． 曇． 本日はこれからたくさん雪がふるそーで． 0840 研究室着．
• 1000 から一時間ほど， 論文セミナー． 本日の紹介担当は森君で， 植物の花粉親成功を種子の父親推定から推定する， とゆー どこかで聞いたような ハナシ． これは neighborhood model と呼ばれてて， 以前から使われていた …… まあ， こういうデータセットあれば誰でも多項 logistic モデルにしますわな． 丁寧に推定の validation などやってて， いかにも Molecular Ecology とゆーぢゃーなるにふさわしい内容． すでにもしくはしばらくしたら， こいつをベイズモデル化したヴァージョンを誰かが開発しそうだな．
• 上とは (ほぼ) まったく関係ないけど， べいぢあんなモデル選択規準 DIC のもと論文 (URL) は

  Spiegelhalter, David J., Best, Nicola G., Carlin, Bradley P. & van der Linde, Angelika (2002) Bayesian measures of model complexity and fit. Journal Of The Royal Statistical Society Series B 64 (4), 583-639.

  このぢゃーなるの伝統というべきか， 多数の評者によるかんかんがくがくの議論ついた 57 ペイジもの大論文です．
• ど忘れしてたけど， 敵国語版 Wikipedia にも Deviance information criterion の記述あり ……
• お茶部屋で昼飯．

[お茶部屋の欲望]

ホワイトボードには「食」に関する広告がぺたぺたと …… 大学院生たち (特に性別は秘ス) が「これいいなー」 といいつつ， よくわからない (ことになっている) 理由で掲示したもの．

• 苫小牧デンドロ論文については待機しつつ， 母子里 MCMC 計算しあげにとりくみたいところなんだが …… その前に 自由集会 とか「合宿」まわりのあれこれやっといたほうがよさそう．
• このへん Wiki を導入しようかどうか， ここしばらく (いや，ずっと以前からかな) 結論をだせない状態なのである． アクセスがそこそこある場所を 動的なサイトとして構築するのはあまり好きではない． 研究室さーばーは非力だし． すると静的な HTML ペイジを作れる VikiWiki とか， となりそうだけど， これは Wiki エンジンなどのヴァージョンアップとかそこそこに面倒かも， と懸念している． というのも， 以前に VikiWiki 使ったときには色々と改造してしまって version up がイヤになってしまった， といったコトがあってですね．
• 考えるのがめんどうになったので脈絡のない行動をとる． Ecological Modelling 編集部アカウント (オランダ) に さっさとアカマツ原稿の査読報告かえしてくれメイルを再送． もう投稿して半年が経過したンですが …… ちなみに同誌掲載の各論文の received-accept 記述をみればわかるよーに， ここは今どき遅いことをウリにしてる 反主流派ぢゃーなるです． 遅い理由はおそらく査読ぎょーむ処理能力が追いつかないほど 投稿量がふえてるため．
• A 棟 8F から 1F 事務室まで雑用往復うんどう， とか …… 私は階段で移動することにしている．
• で， けっきょく VikiWiki (VikiWiki2-pre) をいぢることに． CMS 的な設定． 苦闘． とりあえず， データ解析まわりのトップペイジ は置き換えることができた．
• しかしその「代償」として permission まわりがむちゃくちゃなことに …… このあたり解決するには SuEXEC か「あの」 cgiwrap (!) しかあるまい． とうぜん前者でなんとかしたいわけだが， どうせだったら apache を apache2 にとりかえて， とか考えてしまってですね ……
• などとうだうだしてるうちに， いつのまにか亀山さんとツガザクラ遺伝子解析ざつだん． 七つの遺伝子座のうち四個がマイクロサテライト DNA 多型の多いところで 父親判定とかに使えるそーで． 残り三遺伝子座がくせもの． これらにアオ (ノツガザクラ) に関しては対立遺伝子少々あるけど， 頻度は一様ではない． エゾ (ノツガザクラ) のほうはひとつに特異ばんどがあり， 残りでは null つまり PCR によって増幅されない．
• で， こういうパズルな状況で， 発芽種子の DNA についてはどれを調べれば effective だろう， というような． どうも null なところは花粉が別種由来かどうかの判定にも使えそうにない， ということで， 五遺伝子座について調べることになった． しかしそれでも …… すごくカネも時間も手間もかかるとのこと．
• 苫小牧ボスから玉稿いただく． わーどを原版とする PDF ファイルには不思議な性質があり， ある種の呪われた状態になってしまう …… ということが xpdf といった非 Adobe 系の PDF reader で読むとわかる． わかってもテのうちようがないので， おとなしく Acrobat Reader を使うしかないのだが． 2030 研究室発． 2045 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0740): 米麦 0.6 合． ダイコン・ニンジン・ナメコ・煮干の味噌汁． ホッケ電磁波酒蒸し．
  • 昼 (1250): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． ダイコン・ニンジン・ナメコ・煮干の味噌汁． ホッケ電磁波酒蒸し．
  • 晩 (2200): 米麦 0.7 合． ダイコン・ニンジン・ナメコ・ワカメ・煮干の味噌汁． ホッケ電磁波酒蒸し．