ぎょーむ日誌 2013-12-(11-20)

2013 年 12 月 11 日 (水)

• 今日も理由がよくわからない， とら黎明泣き午前 4 時． ちょい加熱牛乳あげたららごくごく飲む． 手首・足首とかがかゆいみたいだからワセリンぬってみる． 当方の背筋もいいかげん酷使状態なので， エルゴだっこでうろうろ …… あれやこれやで寝てくれるまで 1 時間ぐらいかかるんだよねえ．
• 当方もちょっと寝て， 0600 起床． 朝飯・弁当の準備． かんたん朝飯． とらめし． コーヒー． 0820 自宅発． いつのまにやら天気が回復して， 晴． 0830 保育所着． 0900 研究室着．
• 合計睡眠時間は， まあ足りてないわけではないと思うんだけど， ああいう時刻に一度たたきおこされて， けっこうな分量のうんどうをやったりすると， どーも体調がいまいちなかんじで ……
• などとうだうだしていてもしょうがないので， 一件残存している「宿題」である作文ぎょーむ， その準備となる文献よみでも ……
• 昼飯．
• 午後は水永さんと大雪山 pollinator データ解析， 死闘篇． いろいろと問題の多いあれこれではありましたが， なんとか最低限の部分だけは整理整頓できたかんじ． てくにかくな気づき:
  • やっぱり library(lme4) の glmer() とかダメ …… 少なくともかなり注意ぶかく使わないといけない． version によって推定値とかぜんぜんちがう
  • overdispersion なカウントデータを stepAIC() する窮余の一作として glm.nb() をひさしぶりに使う …… しかしこの組み合わせも NA な説明変数にはヨワい (除去するしかない)， また glm.nb() は control = glm.control(maxit = 1000) といった指定が必要不可欠
• 1700 研究室発． 保育所でとら回収． 1740 帰宅． とらめし． 晩飯．
• とら寝かしつけがうまくいかん …… どうもあちこちかゆいみたいで．
• 最終的にはこの問題， エルゴだっこうろうろなど， いろいろな手法を組合わせるといった複雑な方策で， どーにかこーにか ……
• 夜中の洗濯とか． ふう．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): 米 0.5 合． タマネギ・油揚の味噌汁．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． ワラサてりやき． ブロッコリー． ミニトマト．
  • 晩 (1900): 米 1.0 合． ホウレンソウ・豚肉の鍋．

2013 年 12 月 12 日 (木)

• 0640 起床 …… あら? とら黎明泣きとかなかったな …… とらめし． 朝飯． コーヒー． 0810 自宅発． 曇天． 0820 保育所着． 0850 研究室着．
• 文献よみ．
• 作文ぎょーむ終了させたい …… ぜんぜん終了しない．
• 北大生協で昼飯．

[ホイコーロー定食 456 円]

原価 100 円ぐらいかな …… 安いのか高いのか …… キャベツたくさん食った， という食後感．

• 北大図書館本館で何とか作文ぎょーむを終わらせようとする努力 ……
• 進捗よろしくない …… 1700 研究室発． 保育所でとら回収． 買いもの． 1740 帰宅． とら風呂． とらめし． 晩飯．
• とら寝かしつけ． 背筋がけっこう損傷してしまったので， エルゴだっこでうろうろ …… わりとかんたんに， ぐーとねてくれました．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0720): 米 0.7 合． タマネギ・ネギ・油揚げ・豚肉の味噌汁．
  • 昼 (1130): 北大生協の回鍋肉定食 456 円．
  • 晩 (1900): 米 0.7 合． タマネギ・ネギ・油揚げ・豚肉の味噌汁． チンゲンサイ・カキの炒めもの． ゴボウのバルサミコ炒め．

2013 年 12 月 13 日 (金)

• 0610 起床． コーヒー． 朝飯・弁当の準備． 朝飯． とらめし． 0820 自宅発． 雪． そろそろ長期的に堆積しそうな雪， というかんじ． 0830 保育所着． ひよこ組の子供たち， 鼻水がすごい …… 0900 研究室着．
• ちょっと「めんたる」的なふちょーがずーっと継続しているので (なんか脳内のシグナル分子の動態がヘンな平衡点のまわりで ぐるぐるリミットサイクルしているかんじ)， 少しでも気分をかえるべく北大図書館・本館に移動してみる …… 温かい麦茶をサーモスにいれ， ThinkPad とかをかかえて出発．
• 朝の図書館はいいね． ヒトがぜんぜんいない …… 北大生はさすがに勉強熱心なので， 正午前ぐらいからどんどんこんでくるんだけど．

[北大図書館本館 3F ラウンジ]

ここは館内で唯一「飲食 OK」な場所 (飲み物だけ OK の場所はほかにいくつかある)． まあ， のんびりできる場所です．

• ともあれ， 図書館にいるというだけで， 上のような駄文をだらだらと書ける! …… という点がすばらしい． ちかごろ問題なのは， この程度の長さの文章を書いてみるのも， なかなかツラいということで …… とっくに終了しているべき作文ぎょーむ (はっきり言ってぜんぜんラクなミッション) がいつまでたっても終了しないデスすぱいらるになっているあたり．
• とにかく書けるパラグラフから書き， 思いついたトピックセンテンスだけでも列挙してみる努力 ……
• ぢりぢりと作文をススめる．
• すごくゆっくりとしかススまないのだが， それでも漸進してはいる ……
• もはやここまでくると「書けないじぶん」にはぜつぼーしない …… 「書けないじぶん」を受け入れるしかない ……
• ときどき図書館内をうろうろしてみたり．
• あと 1 パラグラフぐらいかなぁ …… というあたりで電池ぎれ．
• 研究室にもどる． すでに 14 時ちかい． ハラもへったので昼飯．
• 昼飯くったら何も書く気がなくなったので， うだうだとしてみる ……
• 16 時ちかくになって作文再開 …… 30 分ちょっとかけて， 残りの部分をかたづけた．
• 本日の作文， じつに 1500 文字! この文字数を書くために， どんだけ時間をついやしたのやら ……
• 読みなおし …… これもツラい感あり …… 体裁をととのえて， テキストファイル版と MS わーどファイル版をつくって server に置き， 「遅れてすみません」 おわびメイルを持橋さんに送る．
• 修正とか書き直しとかいろいろありそうな予感なのだが …… ともあれ， いっけんらくちゃく …… ということにしておきませう …… ふう
• 1700 研究室発． 猛烈なる吹雪 …… 保育所によーやくたどりつく． いやはや， なんだかたいへんなことになっているようで． とら回収して …… おお， 吹雪が一時的にとまっている? いそいで歩いて， 1740 帰宅． とらめし． 晩飯．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): 米 0.5 合． サトイモ・ニンジン・豚肉の味噌汁． ワサビナのおひたし．
  • 昼 (1400): 研究室． 米 0.7 合． ソーセイジ． ブロッコリー． ミニトマト．
  • 晩 (1830): 米 0.7 合． サトイモ・ニンジン・豚肉の味噌汁． サツマイモ・ニンジン・鶏肉の煮物．

2013 年 12 月 14 日 (土)

• 0630 起床． コーヒー． とらめし． 朝飯の準備． 朝飯．
• 今日はいちにち保育士ぎょーむ ……

• だめだ， 記憶がいろいろ欠落していて， うまく修復できん (翌日夜の記述)．
• えーと， 知事公館の南側にあるバス停からバスにのって， 札幌駅へ． 三省堂でとら絵本とか買ったような ……
• とにかく土日はひたすら，とらめし・とらおやつ・とらあそび …… で終始しました．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): 米 0.7 合． 味噌汁．
  • 昼 (1340): らでぃっしゅぼーやのパン． キャベツ・ソーセイジの蒸し煮．
  • 晩 (1900): 米 1.0 合． タマネギ・トマト・ホタテ・卵のスープ．

2013 年 12 月 15 日 (日)

• 午前 1 時， とらがいきなりアタマの上にのっかってきて， わけわからないことに ……
• とら泣きで 0630 起床． とらめし． コーヒー． 朝飯の準備． 朝飯．
• 窓の外はすごい吹雪．
• 今日もとら保育士， 絵本を読んだり， いっしょに遊んだり， 寝かしつけたり， とらめし・おやつを準備したり食べさせたり ……
• 昼飯の準備． 昼飯．
• 吹雪がやんだので， ちょっと AEON 桑園へ．
• 天気がまた悪くなりだしたころに帰宅． とらふろ． とらめし． 晩飯．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): らでぃっしゅぼーやのパン． キャベツ・ソーセイジの蒸し煮．
  • 昼 (1230): トマト・タマネギ・マッシュルーム・チーズのスパゲッティー．
  • 晩 (1900): 米 0.7 合． 生牡蠣． ハクサイ・ネギ・シイタケ・タラ・豚肉・カキの鍋．

2013 年 12 月 16 日 (月)

• 2013-12-16 Mon 02:10 とらなき 深い眠りから起こされると混乱 とらもかなり混乱してるみたいだ おんぶうろうろ 2013-12-16 Mon 03:00 寝た
• 0600 起床． 背中がいたいので， しっぷ． コーヒー． 朝飯・弁当の準備． とらめし． 朝飯． 0820 自宅発． 気温上昇， 路上の雪がけっこうとけている． 再凍結してないので助かる． 0840 保育所着． 0910 研究室着．
• 背中がいたい ……
• 研究室内があまりにも汚いので， 一時間ほどついやして掃除．
• Linux CPU 図示わざ …… mrwk update (2013-12-15) を参考にしました． えーと， sudo apt-get install hwloc して hwloc-ls -p するとこうなる． ThinkPad X201s (左上)， Dell Latitude E6500 (左下)， 北大くらうど (右 …… すげー)．

• 昼飯．
• 作文ぎょーむのつづき ……
• 15 時すぎから Jordan さんのデータ解析こんさる． GLMM と空間データ解析あれこれ．
• ふーむ， この R の空間データ解析 package (wrapper?) である library(ecespa) dixon2002() 関数は良さそうだな …… nearest neighbor contingency table ってのがいいよね． 「統計量」としての分割表， といったかんじで． 平均距離とかいった統計量よりよさげなかんじがする．
• 1710 研究室発． 保育所でとら回収 …… 今日はどうも保育所でも gdgd ぎみだったよーで …… 1750 帰宅． とらめし． 晩飯．
• 今日はちょっと早めに寝ますかね …… と 19 時すぎにとら寝かしつけにとりくんでみたものの， gdgd ぎみなので寝たのは 20 時すぎ． これっていつもの寝る時間．
• ひさしぶりに体重を測ったら 68.8 kg だった． 2 ヶ月前 とくらべて 2 kg ぐらい落ちたかな …… まあ， とらやせということで． 考えてみれば 68 kg 台なんてずいぶんと ひさしぶり ではなかろーか．
• で， 22 時すぎに泣きとら本日二度目の寝かしつけ …… 40 分ほどだっこうろうろ， で寝てくれた． また背中に湿布をはろう．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): 米 0.7 合． ネギ・豆腐の味噌汁．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． イワシの缶詰．
  • 晩 (1830): 米 0.9 合． ネギ・豆腐の味噌汁． 水カスベ の煮つけ． ホウレンソウ．

2013 年 12 月 17 日 (火)

• 0600 起床． 朝飯・弁当の準備． とらめし． 朝飯． コーヒー． いつものように， とら坊を背負って， 0810 自宅発． 今朝は路面凍結つるつる危険! 0820 保育所着． 0850 研究室着．
• うだうだしているうちに， 研究室セミナー の時間 …… 本日は水永さんで， 先日いっしょにやった大雪山の訪花昆虫もの． どうもデータ構造に問題あり …… な疑惑が (一個体から一花だけ調べたかどうか，とか)．
• 昼飯．
• 午後はうじゃうじゃしていて …… とくに研究室ネット雑用に時間をとられてしまった．
• 1700 研究室発． AEON で買いもの． 保育所でとら回収． 1750 帰宅． なぜか「14 ひきのあさごはん」を 4 回くりかえし音読をふくむ， 絵本どんどん読めストームにまきこまれる …… とら風呂． 念のため体重測定してみたら， やはり 68.4 kg だった …… まあ， とくに健康には問題なさそうだし ……
• とらめし． 晩飯．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): 米 0.7 合． タマネギ・油揚げの味噌汁．
  • 昼 (1150): 研究室． 米 0.7 合． スティックホッケ． ミニトマト．
  • 晩 (1910): どんぐり (パン屋) のバタール． ジャガイモのポタージュ． 鶏肉のグリル， トマト・タマネギソース．

2013 年 12 月 18 日 (水)

• 0220 とら黎明泣き …… エルゴとかでおんぶうろうろ． 着地に失敗 (腕とかかゆいせいなのかな?)， またおんぶ． 着地前にだっこスクワット (上方加速 & 瞬間的無重量感を反復することで 一般相対性理論が体感できていいのかな?) …… しかし， また着地失敗．
• 私は「寝かしつけ」わざを「立ちわざ」と「寝わざ」に分類していたりする ……
  • 立ちわざ: エルゴおんぶうろうろ，だっこスクワット，着地法など
  • 寝わざ: 着地後の沈静化 & 熟睡誘導
• 今回は寝わざで勝負 …… すでに 2 回失敗している． 3 度目の着地で， とらがまた反転しておきようとする． ここで， 当方がふとんの上にすわり， おきあがりとらを足の上で「ちょっとおさえつける」ようなかんじにすると …… そのまま (うつぶせ姿勢だけど) 沈静化 & 熟睡に誘導できた! (その後，姿勢反転) …… 再利用可能な寝わざかどうか， まだわからないけれど …… 暗闇の中のとら試行錯誤から， またひとつ「あらて」らしきものが見いだされた …… いやはや， 時刻はすでに 0340．
• 0600 起床． とりあえず背中に湿布． 朝飯・弁当の準備． 朝飯． とらめし． コーヒー． 0810 自宅発． 今朝も凍結路面つるつる …… 0820 保育所着． 0850 研究室着．
• Wikipedia の記事 コリオリの力 の animation GIF 画像は楽しくて良い． ただし， コリオリの力ととら坊は， いまのところ何の関係もなさそう (だから何なのだろうか?) ……
• どーにもさえないかんじなので， また北大図書館に逃げてみる ……
• 勉強は進むけれど， ぎょーむは進んでいないかんじだ．
• 13 時をすぎて図書館内も若い利用者たちで混雑してきた …… 撤退． 研究室にもどって昼飯．
• とりあえずまた研究室雑用．
• 植生なデータ解析のハナシの検討など …… えーと， これは教育ぎょーむ?
• TWINSPAN (two-way indicator species analysis) という (たぶん，だいぶすたれている) 分類アルゴリズムみたいなものがあって， 簡単にいえば， 以下の図のようなかんじのならびかえをしたい， といった目的のためにある (下の本は絶版本である小林四郎「生物群集の多変量解析」 p.20)．

• これまたどういう生態学的な意味のある「ならびかえ」なのかよくわからないし， 「多変量解析」の一種だとみなされているんだけど， 統計学的な発想というか， 「データのふたしかさ」をきちんと考慮したものではない． 「分割」 (画像の下方で上端だけ見えてるやつ) とかも意味不明だし．
• やっていることは， たんに「ある調査地にどんな植物がいるか」にもとづいて， たくさんの調査地を分類しているだけなので， 現代であれば (いろいろな意味で) もっと良い方法があるだろうと思われる (統計モデルやその予測力にもとづく方法など) …… たぶん多くの人がそちらに流れている (?) ので， TWINSPAN が今はすたれている (ユーザー数が減少しつづけているのはまちがいないだろう) といったハナシをしているわけだが …… まあ， まだこのへんでは使われていたりするんだよね．
• 小林本では計算の手順なんかもきちんと解説されているのだが (p.137 第 5.6 節 交互平均法 (reciprocal averaging, RA)) …… この RA なるのもの (現代の統計学用語だと corresponding analysis (CA) に相当するのか?) が， 観測値の最大値・最小値とかで規格化をくりかえす， なんとも気色わるいしろもので． これってほんとに eigen vector の計算になってんの?
• しかも RA (CA) による``座標づけ (ordination)'' と重心位置による分割 …… だけですんでいるなら， ありがちな「木」による分類みたいなものだけど， TWINSPAN は「指標種」による微調整みたいなものがあるそうで …… あ， そうか， 上の画像内の B が ordination による並び替えで， 見えてない C が「微調整」後の配置になるわけね …… わけわからん．
• えーい， とりあえず上のペイジのスキャンをやりなおすか．

• B から C への変化がどういうルールなのか， これだけ見ててもわからんな． もと論文 (Hill 1979) みればわかるのかもしれんが …… そもそも， B にくらべて C が何か「改善された」ならびかえに思えない．
• やはり私としては， この方法は FORTRAN 66 か 77 ぐらいしか使えなかった時代に発明された (Hill 1979 の題名は TWINSPAN: A FORTRAN Program for Arranging Multivariate Data in an Ordered Two-way Table by Classification of the Individuals and Attributes)， しかも当時だけ流行していた「植生観」みたいなものを反映した， 現代では「なぜ，こうしなければならないのかよくわからないもの」 だという気がするなあ (動機と手段の両方において)．
• 私が TWINSPAN をなっとくできるかどうかはどうでも良いとして， こういうならびかえアルゴリズムが現代の生態学研究には必要ない …… たぶんこれはまちがいない．
• とりあえず， 自分自身の TWINSPAN に関する偏見を少しばかり整理整頓できたので， 院生にメイルかきなどを試みる ……
• 1700 研究室発． 買いもの． 保育所でとら回収． 1750 帰宅． 晩飯の準備． とら風呂． とらめし． 晩飯．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): 米 0.7 合． タマネギ・油揚げの味噌汁．
  • 昼 (1330): 研究室． 米 0.7 合． 鶏肉． ミニトマト． ブロッコリー．
  • 晩 (1900): 米 0.7 合．

2013 年 12 月 19 日 (木)

• 0510 とら泣き． おんぶうろうろしたら， 30 分ほどであっさり寝てくれた ……
• すでに 6 時ちかいので， 朝飯・弁当の準備． 朝飯． 7 時すぎにとら坊をおこして， とらめし． コーヒー． 0810 自宅発． 0820 保育所着． 0850 研究室着．
• 今朝もいまいちさえない ……
• ちょっと多変量解析の勉強のつづき ……
• 昼飯．
• うーむ ……
• さえないので， 研究室を脱出して中央食堂 (北大生協) へ …… こことか北大図書館 (館内の一部) では eduroam なる無線 LAN 接続システムが使えるのだが， だいたいにおいて認証が遅くて， たいてい 30-120 秒ぐらいを要する． 北大図書館の場合， 平日の午後は利用者が多いので， さらに接続速度が遅くなったり， あるいは接続そのものが不可能になる．
• ぎょーむ継続のための逃避場所として， 北大図書館もいいんだけど， 午後は北大生協とかのほうがいいかもね …… こちらはわりと閑散としているので． 何か北大生協めしを食いたくなるけれど．
• ぢつにぢつに半年ぐらい放置していた …… アリけんか論文の原稿修正作業にとりくむ． うーむ， やはり 2013 年というのは「ばてばての年」でしたな …… いや， それ以前からもそうなのかな ……
• 自分自身で読んでも「てぬき & なげやり」気味だと思える論文原稿 …… ぢりぢりと修正を開始する．
• おーおー， やればできるぢゃん …… とら歩行なみの速度 & 連続歩数だけど ……
• あの厳冬期の立山-劔稜線からの撤退のための， 強行雪中ざんごう掘りをやっているときと同じぐらいの希望は見えてきた …… とにかく， ここから脱出するんだ， みたいな ……
• 研究室にもどって帰宅準備して， 1720 研究室発． 買いもの． 保育所でとら回収． 1750 帰宅． 晩飯の準備． とら風呂． とらめし． 晩飯．
• 20 時すぎにとら寝かしつけしたのだが …… 23 時前におきて泣いてる． どうも手足がかゆいみたいでばりばりかいてる． 睡眠圏再突入に 40 分ばかりをついやす …… 背筋が痛くなったので， また湿布．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): 米 0.7 合． ハクサイ・油揚げ・豚肉の味噌汁． サケ．
  • 昼 (1230): 研究室． 米 0.7 合． サケ． ブロッコリー． サトイモ． インゲン． ミニトマト．
  • 晩 (1820): 米 0.7 合． ハクサイ・油揚げ・豚肉の味噌汁． ホッケ干物． 紅芯ダイコン・ワサビ菜・トマトのサラダ．

2013 年 12 月 20 日 (金)

• 3 時にとら泣き． エルゴでおんぶうろうろ …… 23 時のときと同様に， 寝かしつけ「寝わざ」の あらて が今回も通用して， 20分ほどで寝てくれた． しかしながら， 今晩 3 度目のねかしつけなので， 当方ばてばて． 背筋いたい． なぜか足もかゆい ……
• 0600 起床． 朝飯・弁当の準備． 朝飯． とらめし． コーヒー． 0815 自宅発． 路面， やや「つるつる」ぎみ． 0825 保育所着． 朝の保育園におけるとらの様子は …… ここしばらく「ごきげん」であるように見える． 0900 研究室着．
• 例によってあまりさえないわけだが …… 昨日のつづきでアリけんか論文の修正をすこしだけススめてみた．
• 昼飯．
• 植生学的な発想でいろいろ研究をすすめてがんばっている院生に， ちょっとそのあたりの方法についての私の感想じみたものをまとめてみる． まあ， そんなに「一方的なだめだし」みたいなことは言ってないつもりなんですが …… 一部抜粋:

  どうも私は植生学の考えかたとデータ解析手法が何かうさんくさいものだと考えているようで，例の野外実験の経過観察データを植生学的な発想・手法であつかうことに疑問をもっているという状況なのでしょう．

  私自身は植生学は勉強したことがなく，露崎さんの大学院生たちがときどき植生学的な多変量解析とかをやるので，その手法あれこれ関連性や妥当性を検討してみたり，手法の背後にある「考えかた」について文献を少し読んでみたぐらいです．

  とりあえず，私自身の理解としては「植生なヒトたちはいくつかのれ環境傾度 (連続的・一次元的で単純な尺度が前提?) の単純な組み合わせ (直交性みたいな) 植物群集の構成 (つまり群落構造) が決まると考えている」ので，ああいう多変量解析をやっているのだろうといったところです．釜野さんがいろいろな方法をあげていますが，

  • 多変量解析あれこれは本当に上のような考えかたにそったものなのか
  • そもそも上のような考えかたは現代の生態学で妥当なものだろうか

  といった疑問がつらつらとわいてくるんですよね．とりあえず，環境傾度の組み合わせ→群落構造というのあまり「実証」されていないような気もします．

• 以下は， 別便にわけた， おもに「多変量解析」よりのハナシ (私もかなり不勉強なので書いてあることに一部はおかしいかも)， いくつかのパラグラプをぱらぱらと抜粋:

  さきほどのメイルで書かなかった，植生学的な多変量解析についてのいくつかのコメント，みたいなものを書いてみます．これまた私が本とかをぱらぱらながめただけの独学にもとづくもので，自分自身でソフトウェアを使ってみた経験もないような状態なのですが，以前から気になっていたので，ちょっとそのあたりを……

  植生学的な多変量解析は基本的にどれも古いものが多く (つまり現在よりずーっと性能の悪い計算機で動作しなければならないという制約条件のもとで開発されたものです)，現代的なデータ解析の考えかた (たとえばデータのばらつきみたいなものを考慮する，など) がうまく組みこまれていなくて，その結果として「データセットをちょっと変えると，結果ががらっとかわる」みたなことがおこりやすいかもしれません．

  露崎さん雑談 (半分冗談?) のひとつとして「都合のいい ordination できなかったらどうするか? いくつかの調査地をぬいてみたりすると，それっぽくなったりすることもあるんだよね〜」といったハナシもあります (もちろん現代的な統計モデリングでもこういった種類の操作は不可能ではありませんが)．

  TWINSPAN と DCA には共通点があります．それはどちらも reciprocal averaging (RA) あるいはその別名 corresponding analysis (CA) による ordination をやっていることです (と小林本に書いてあるけど，ホントなのだろうか?)．

  TWINSPAN は，そのあと指標種 (私にはこのあたりよくわかりません) をにらみながら，さらに並び替えをやって，その後「分割」するわけですね．いっぽうで DCA というのは D こと detlended なる凶悪な操作をやって第 2 軸の方向に生じている「歪み」を強制的に無くしてしまうという……私はいろいろな数理的手法を勉強しましたが，これは現用されている方法の中では，かなりひどいものです……ともあれ，どちらも CA なる操作をしているので，理論的に考えると，似たような結果になっていても不思議ではありません．ただし TWINSPAN は最後にナゾの並び替えをやるのでその効果がよくわからない，あるいは，PC-ORD と R の library(vegan) では CA なんかの計算方法が違っていて，両者がうまく対応しないという可能性はあります．

  nMDS は上とはまた異なる方法で，何らかの群集類似度で測られた plot 間の「距離」にうまく対応するように，plot ごとの多変量データをこねあげてつくった統計量を作りましょう，というものですよね．

  この「対応」づけにおいて，nMDS の n こと non-parametric な方法で並べる，つまり私が前のメイルで書いた「尺度」の問題が気になるので，「plot ごとの値の大きさ」そのものではなく大小関係だけをみて序列化しましょう，といった方法です……これまた，私はぜんぜん使った経験がないので，良いのか悪いのかいまいちぴんとこないです．

  たとえば library(vegan) で nMDS をするときには vegedist() 関数で群集間距離を決めるようですが，この群集間距離みたいなものがいろいろ選べるようになっていますよね……距離計算の方式を変えると結果がどう変わるんだろうといったことも気になります．

• 1720 研究室発． 買いもの． 1750 帰宅． とらめし． 晩飯．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0650): 米 0.7 合． ネギ・アサリの味噌汁．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． めざし． タマネギ天． ブロッコリー． ミニトマト．
  • 晩 (1840): 焼き鳥． シュウマイ・ギョウザあれこれ．