ぎょーむ日誌 2013-12-18

2013 年 12 月 18 日 (水)

• 0220 とら黎明泣き …… エルゴとかでおんぶうろうろ． 着地に失敗 (腕とかかゆいせいなのかな?)， またおんぶ． 着地前にだっこスクワット (上方加速 & 瞬間的無重量感を反復することで 一般相対性理論が体感できていいのかな?) …… しかし， また着地失敗．
• 私は「寝かしつけ」わざを「立ちわざ」と「寝わざ」に分類していたりする ……
  • 立ちわざ: エルゴおんぶうろうろ，だっこスクワット，着地法など
  • 寝わざ: 着地後の沈静化 & 熟睡誘導
• 今回は寝わざで勝負 …… すでに 2 回失敗している． 3 度目の着地で， とらがまた反転しておきようとする． ここで， 当方がふとんの上にすわり， おきあがりとらを足の上で「ちょっとおさえつける」ようなかんじにすると …… そのまま (うつぶせ姿勢だけど) 沈静化 & 熟睡に誘導できた! (その後，姿勢反転) …… 再利用可能な寝わざかどうか， まだわからないけれど …… 暗闇の中のとら試行錯誤から， またひとつ「あらて」らしきものが見いだされた …… いやはや， 時刻はすでに 0340．
• 0600 起床． とりあえず背中に湿布． 朝飯・弁当の準備． 朝飯． とらめし． コーヒー． 0810 自宅発． 今朝も凍結路面つるつる …… 0820 保育所着． 0850 研究室着．
• Wikipedia の記事 コリオリの力 の animation GIF 画像は楽しくて良い． ただし， コリオリの力ととら坊は， いまのところ何の関係もなさそう (だから何なのだろうか?) ……
• どーにもさえないかんじなので， また北大図書館に逃げてみる ……
• 勉強は進むけれど， ぎょーむは進んでいないかんじだ．
• 13 時をすぎて図書館内も若い利用者たちで混雑してきた …… 撤退． 研究室にもどって昼飯．
• とりあえずまた研究室雑用．
• 植生なデータ解析のハナシの検討など …… えーと， これは教育ぎょーむ?
• TWINSPAN (two-way indicator species analysis) という (たぶん，だいぶすたれている) 分類アルゴリズムみたいなものがあって， 簡単にいえば， 以下の図のようなかんじのならびかえをしたい， といった目的のためにある (下の本は絶版本である小林四郎「生物群集の多変量解析」 p.20)．

• これまたどういう生態学的な意味のある「ならびかえ」なのかよくわからないし， 「多変量解析」の一種だとみなされているんだけど， 統計学的な発想というか， 「データのふたしかさ」をきちんと考慮したものではない． 「分割」 (画像の下方で上端だけ見えてるやつ) とかも意味不明だし．
• やっていることは， たんに「ある調査地にどんな植物がいるか」にもとづいて， たくさんの調査地を分類しているだけなので， 現代であれば (いろいろな意味で) もっと良い方法があるだろうと思われる (統計モデルやその予測力にもとづく方法など) …… たぶん多くの人がそちらに流れている (?) ので， TWINSPAN が今はすたれている (ユーザー数が減少しつづけているのはまちがいないだろう) といったハナシをしているわけだが …… まあ， まだこのへんでは使われていたりするんだよね．
• 小林本では計算の手順なんかもきちんと解説されているのだが (p.137 第 5.6 節 交互平均法 (reciprocal averaging, RA)) …… この RA なるのもの (現代の統計学用語だと corresponding analysis (CA) に相当するのか?) が， 観測値の最大値・最小値とかで規格化をくりかえす， なんとも気色わるいしろもので． これってほんとに eigen vector の計算になってんの?
• しかも RA (CA) による``座標づけ (ordination)'' と重心位置による分割 …… だけですんでいるなら， ありがちな「木」による分類みたいなものだけど， TWINSPAN は「指標種」による微調整みたいなものがあるそうで …… あ， そうか， 上の画像内の B が ordination による並び替えで， 見えてない C が「微調整」後の配置になるわけね …… わけわからん．
• えーい， とりあえず上のペイジのスキャンをやりなおすか．

• B から C への変化がどういうルールなのか， これだけ見ててもわからんな． もと論文 (Hill 1979) みればわかるのかもしれんが …… そもそも， B にくらべて C が何か「改善された」ならびかえに思えない．
• やはり私としては， この方法は FORTRAN 66 か 77 ぐらいしか使えなかった時代に発明された (Hill 1979 の題名は TWINSPAN: A FORTRAN Program for Arranging Multivariate Data in an Ordered Two-way Table by Classification of the Individuals and Attributes)， しかも当時だけ流行していた「植生観」みたいなものを反映した， 現代では「なぜ，こうしなければならないのかよくわからないもの」 だという気がするなあ (動機と手段の両方において)．
• 私が TWINSPAN をなっとくできるかどうかはどうでも良いとして， こういうならびかえアルゴリズムが現代の生態学研究には必要ない …… たぶんこれはまちがいない．
• とりあえず， 自分自身の TWINSPAN に関する偏見を少しばかり整理整頓できたので， 院生にメイルかきなどを試みる ……
• 1700 研究室発． 買いもの． 保育所でとら回収． 1750 帰宅． 晩飯の準備． とら風呂． とらめし． 晩飯．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): 米 0.7 合． タマネギ・油揚げの味噌汁．
  • 昼 (1330): 研究室． 米 0.7 合． 鶏肉． ミニトマト． ブロッコリー．
  • 晩 (1900): 米 0.7 合．