ぎょーむ日誌 2010-01-07
2010 年 01 月 07 日 (木)
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0750 起床．
0810 自宅発．
晴．
寒さゆるみぎみ．
そのうちまた何もかも凍結する寒波が到来するんだろーけど．
0830 研究室着．
朝飯．
コーヒー．
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午前中は生態学会要旨しめきりせとぎわな宮田さんと楽しく
ゐんばぐす
のナゾを解明することに費やされてしまった
……
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解明したナゾに関しては，
とりあえず
WinBUGS 雑
ペイジの「WinBUGS の sampling 精度の限界?」「連続なはずなのに「離散化」する事後分布」
といった項目にメモを書いてみた．
下の図はメモで例としてあげた宮田さんモデルの結果の一部．
ある条件のもとでは，
離散 random walk な Metropolis-Hastings 法が使われる，
ということだろうか?
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あと自作の
R2WBwrapper.R
ラッパー関数にバグというか
……
どの R version からかわからないけど，
少なくとも R-2.10.1 では data.frame d
から d$x というふうに数値データの列をとりだしたときに，
そのクラス(つまり class(d$x))
が "array"
になっている．
以前はたしか "numeric"
だったような気がするのだが
……
たぶん変更されたのだろう．
R2WBwrapper.R
も変更しないといけませんなぁ．
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ぐったり．
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そして昼飯後は矢澤さん WinBUGS こんさる．
Tinn-R がどーにも使いにくいので，
Vim 7.2 for ゐんどーづをインストールさせてもらった
……
しかし，
問題は BUGS coding というより，
データ構造変換のハナシのような気もしてきた．
reshape()
とか?
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ぐったり．
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ぐったりしつつ，
午前の教訓をとりまとめる．
やっぱり「無情報事前分布」の設定はむずかしい
……
以前は，
BUGS code によるモデリングの傾向がつかみきれていなかったので，
dnorm(0.0, 1.0E-2)
とか
dgamma(1.0E-2, 1.0E-2)
といった「コシのひけた」
無情報事前分布を設定することが多かったんだけど，
dnorm(0.0, 1.0E-6)
とか
dgamma(1.0E-6, 1.0E-6)
といった「より平らかな」無情報事前分布を使うようにしたほうがよい．
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ゐんばぐす & 院生ばてに対抗しつつ，
岩波本作業をススめようとしたんだけど
……
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なかなかススまず．
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……
ススまないままだった．
1840 研究室発．
1900 帰宅．
晩飯．
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[今日の運動]
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[今日の食卓]
- 朝 (0840):
研究室．
食パン．
- 昼 (1320):
北部生協．
食パン．
ハンバーグデミグラスソース．
サラダバー．
426 円．
- 晩 (2130):
米麦 0.8 合．
ダイコン・ニンジン・シイタケの味噌汁．
ネギ・タラの電磁波酒蒸し．
ヨーグルト．