ぎょーむ日誌 2010-07-(01-10)

2010 年 07 月 01 日 (木)

• 0730 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 0840 自宅発． 曇． ちょっと雨． 今日は涼しいかも． 0855 研究室着．
• ちょっと起動状態よろしくないのだが ……
• 午前中から， 岩波本作業にとりつけた． 第 8 章の階層ベイズモデル章の末尾， 経験ベイズ法についての説明かき．
• 昼飯．
• 章末の参考文献の部分をのぞいて， 第 8 章のりすとら作業は …… とりあえず終了． けっきょくのところ， 原型をとどめぬ全文・全図のかきなおしだった．

• で， このあとの展開だけど， 今回はスキップしたギブスサンプリングについての短い一章を， 新第 9 章として書いてみる予定 ……
• しかしながら， 上記の目次をみればわかるように， すでにペイジ数がぱんくぎみなので (本文はすでに 270 ペイジほどある) …… このギブスサンプリング章なるものは， web 上からダウンロードできる supplement あつかいになるような気もする ……
• とりあえずギブスサンプリング説明用の例題を考えてみる ……
• esj58 メイリングリスト (mailman) でちょっととらぶる． えーと， 「宛先数が多すぎます」 で保留されるメイルがめんどうな場合は …… 検索 して調べてみたら， なるほど， 宛先フィルタで設定するのか．
• 1900 研究室発． 買いもの． 1920 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• …… 気がついたらふとんもしかずにねていた ……
• [今日の運動]
  • うーむ ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 米 0.6 合． ネギ・豆腐の味噌汁． キャベツ・ネギ・ハムのサラダ．
  • 昼 (1230): 研究室． 食パン． キャベツ・ネギ・ハムのサラダ． バナナ．
  • 晩 (2100): 米 0.8 合． 切り干しダイコン飯． 揚げ蒸しジャガイモ． コマイ． キャベツ・ネギ・ハムのサラダ．

2010 年 07 月 02 日 (金)

• 0815 起床． ねぼうした． ねむい． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 0910 自宅発． 曇ときどき晴． 今日もそんなに暑くはならないはず． 0925 研究室着．
• 宮田さんに手伝っていただいて， 先日 かざっていただいた「かどマツ」 (下の画像 --- じつは樹種はウラジロモミだとあとで宮崎さんに教えていただきました) をかたづける． 剪定ばさみで解体 ……

• 今日はまたメイルかきとか研究室ねっと雑用とかにやられる ……
• 昼飯．
• またメイルかきとかあって， よーやく 14 時すぎから岩波本作業 ……
• ギブスサンプリングを説明しやすそうな例を考えてみる …… うーむ， こんなのでどうかな?

• 提案分布といいますか， 条件つき事後分布は数値的に計算せざるをえない …… まあ， それでもいいわけで．

• うーむ， こんなものかな …… どうも「傾き」のほうは劇的になりえないといいますか ……
• 1900 研究室発． ちょっと駅の書店によってから， 北 12 生協で買いもの． 1930 帰宅． 晩飯．
• 夜中に一時間の散歩．
• [今日の運動]
  • さんぽ …… まあ， 何もやらないよりはましかな ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米 0.6 合． 切り干しダイコン飯． ネギ・豆腐の味噌汁． コマイ． キャベツ・ネギ・ハムのサラダ．
  • 昼 (1300): 研究室． 食パン． キャベツ・ネギ・ハムのサラダ．
  • 晩 (2040): 米 0.8 合． トマト・ピーマン・ズッキーニ・タマネギ・ニンジン・マッシュルームのラタトゥイユ． エンドウマメの煮物．

2010 年 07 月 03 日 (土)

• 0800 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． ちょっと怠業．
• かなりいい曇天なので， 1030 ひさしぶりに自宅発北大構内走． 構内走は二ヶ月ぶりぐらいななので， ゆっくり走る． 構内はポプラの白い種子が飛び散っている． 1110 帰宅． 体重 71.2 kg． 暑くてなかなか汗でた． ひさしぶりの北大構内走だけど， 思ってたほどばてなかった． ときどき「夜中の自転車に追いかけ走」 をやってたのがよかったのか?
• 昼飯． 1340 自宅発． 晴． しかし今日は涼しい． 1355 研究室着．
• 岩波本作業， なかなか着手できづ …… つまり研究室内の怠業ですな．
• 岩波本内でのゐんばぐすのあつかいについてご懸念メイルもらったので， 久保対策を考えてみる:

  私も基本的には，本文中から WinBUGS 依存な部分を可能なかぎり削除しよう
  と考えています．ただし読者は WinBUGS 依存な詳細に関する情報を必要とし
  ているので，それは各例題に対応するソースコードやその解説を私の web
  site で配布します．
  
  (# WinBUGS はすでに開発終了では?)
  
  そうですね．しかし後継の OpenBUGS プロジェクトもまだ試行錯誤中なので，
  WinBUGS はいちおうメンテナンスはされています (2-3 年に一度，修正パッチ
  がリリースされてます)．
  
  (# BUGS 言語は?)
  
  まあ，私のところではほとんど基本的な機能 (ループと，正規分布・二項分布・
  ポアソン分布の事前分布指定だけ) しか使ってないのでその点は，まあ，問題
  ないと思います……ただし，最終章では gaussian random field 生成の関数
  を使っていますが．
  
  (中略)
  
  ・本文中では WinBUGS の説明などはできるだけ削除
  ・節 (section) 名などから WinBUGS といった語を削除
  
  といった点に注意して，原稿の改定作業を進めます．
  
  ともかく，WinBUGS 関連だけでなく，補足的な内容の PDF ファイルなども私
  の web site からダウンロードできるようにしたいので (すでに過大になりつ
  つあるペイジ数を圧縮するため)，本書を読んである程度はまじめに勉強しよ
  うかという読者をなんとかそちらに誘導する努力につとめたいと思います．
  
  もともと WinBUGS 以外の汎用 Gibbs サンプリングソフトウェアで計算するた
  めのファイルなどもネット上からダウンロードできるようにするつもりでした
  から，そういう方式で何とかならないものかなと考えています．
  		

• ギブスサンプリングの説明図を準備． とりあえずならべてみる ……

• この図を完成させるまでには， まだまだ工夫が必要 …… 1920 研究室発． 外で晩飯． 2200 帰宅．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 40 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): イソップベイカリーのクロワッサンとか． トマト・ピーマン・ズッキーニ・タマネギ・ニンジン・マッシュルームのラタトゥイユ．
  • 昼 (1240): 米 0.8 合． タマネギ・ピーマン・豚肉・卵炒飯．
  • 晩 (2000): 東区に入ってすぐのル・クリエでピッツァとか．

2010 年 07 月 04 日 (日)

• 0830 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
• 洗濯． 岩波本の作図もぽちぽちと．
• 今日もいい曇天ぐあいだったので， 1115 自宅発北大構内走． 1200 帰宅． 体重 71.6 kg．
• 昼飯． 1330 自宅発． 曇． 駅の南の佐藤水産に行ってみたり， 駅の西の紀伊國屋書店に行ってみたり． 1810 研究室着．
• 岩波本 Gibbs サンプリング短い章 (第 8 章とすべきか?) の説明の図づくりのつづき …… beta の値をいろいろ変えた場合でも， 下のような図が自動的に生成できるようにしてみる．

• うーむ， 最終的な印刷出力が B5 になることを考えると， 文字とかはもっと大きくしないといかんな ……

• いきなり無線指示がきて， 1930 研究室発． 自宅ではなく …… 1950 北 3 西 12 の「極楽湯」 着． しばらくしたら， まゆみさんも来た． 風呂． 晩飯． 2200 帰宅．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 45 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): イソップベイカリーのバタールとか． レタス・卵のバター炒め．
  • 昼 (1300): タリアッテッレ …… を茹でたのは初めてなのだが， 一人 5 玉ぐらいが妥当かな? レトルトパウチドのソース， カルボナーラ．
  • 晩 (2130): 極楽湯の食堂． 蕎麦 + ミニ親子丼．

2010 年 07 月 05 日 (月)

• 0750 起床 …… あらら， なぜかしら炊飯器が動作してない． コンセントから電力ケイブルぬけかけ， が原因だった． コーヒー． 朝飯の準備． 朝飯． 0900 自宅発． 曇． 涼しい． 0915 研究室着．
• 岩波本ギブスサンプリング章の図の修正のつづき． コマかい作業に時間とられる．
• 午前も午後も作図プログラミング + LaTeX 上の配置がつづく ……
• なかばやけくそなきもちで 「図解ギブスサンプリング」 などと題してみた 第 8 章 (の位置に移動してみた) の図あれこれ， だいたい出そろってきたな ……

• 1900 研究室発． 買いもの． 1925 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米 0.6 合． グリーンピースごはん． ネギ・油揚の味噌汁．
  • 昼 (1200): 研究室． 食パン． ハム． ナッツ． 米 0.8 合．
  • 晩 (2200): 米 0.8 合． シジミの味噌汁． キャベツ・タマネギ・キュウリ・ハムのサラダ． レタス・タマネギ・ネギ・シイタケ・豚肉の炒めもの．

2010 年 07 月 06 日 (火)

• 0730 起床． 朝飯の準備． 今日はいつもよりセミナー開始が早いので， さっさと登校しなくては …… と朝飯くいつつメイルみてたら， (おせおせスケジュールの原因たる) 野郎大学院生のどたきゃんメイル． なンだこりゃ， と脱力してコーヒーでも飲むことに． 0830 自宅発． 曇． 0840 研究室着．
• しかし本来のセミナーは実施されるので， 論文よんで予習． どたきゃんでもスケジュールに変更ないもよう．
• (1030 ではなく) 1000 より 研究室セミナー， Orou さんの研究計画のハナシで， ベナン 半乾燥地帯の樹木の (燃料材伐採後の) 萌芽更新しらべます， とゆーもの． とれそうなデータと全体の方向性を考えると， resprouting によるバイオマス生産モデル構築のためには 「伐採後何年経過したか」 がすごくすごく重要なんだけど …… いやはや， 伐採なヒトたちは記録なんかとってないし， 現場での「見た目」で判断するしかありませんよ， と …… べいづ的なごまかしが要求されてるところだ． いんちきモデリングのもとで推定計算は収束するのか?
• 11 時すぎに終了． 霊長研でサカキの「カタパルト」つかった サル集団脱走 (ぽーん) …… すばらしいハナシだなぁ． サルたちもがんばってるから， 私もがんばらなくては (ぽーん)
• えーい …… しかしながら， 朝からばたばたしてたせいなのか， どうもいまいち仕事がススまないなあ， と昼飯．
• お， 梅棹忠夫 逝去．
• 今日の札幌は涼しい． 最高気温 22°C．
• 岩波本 (新) 第 8 章「図解ギブスサンプリング」 かきのつづき ……
• ちょっと前に第 7 章用に下のような図を工夫していたのだが (と思って調べてみたら， 「ちょっと前」 ではなく二ヶ月前 の 5/13 だった……!!)

• これがあちこちに移動して， さらに R + LaTeX わざを工夫して， このように修正．

• 電気鼠作業をいっさいやらずに， 思いどーりの図が作れるのはいいんだけど， 時間はかかりますな．
• 本日は前に書いた残骸廃棄的な書きなおしでオワってしまった． 明日からは「図の説明」を書くだけなので， ラクなはず …… 1900 研究室発． 買いもの． 1920 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• iPhone3G + iOS4， spotlight 検索の項目を減らす， ハードリセット (2 回? リンゴマークでるまでホーム + スリープボタン長押し) …… で， 少し動作が速くなったよーな気も ……
• [今日の運動]
  • またうんどう休養日．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): 米 0.6 合． 納豆． ネギ・油揚の味噌汁． キャベツ・タマネギ・キュウリ・ハムのサラダ．
  • 昼 (1200): 研究室． 食パン． キャベツ・タマネギ・キュウリ・ハムのサラダ．
  • 晩 (2030): 米 0.6 合． キヌサヤエンドウ・豆腐の味噌汁． チンゲンサイ・シーフードミックスの炒めもの． オカヒジキのポン酢あえ．

2010 年 07 月 07 日 (水)

• 0805 起床． ちょっとねぼうした． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 0905 自宅発． 曇． 今日もすずしそうだ． 0920 研究室着．
• 岩波本「図解ぎぶすさんぷりんぐ」章の説明かきのつづき． 順番をいれかえて， 数値的な乱数発生の説明 (というか単なる言い換えなのだが) を先にする …… うーむ， 「この節は読み飛ばしてよい」 と脚注しておくか．
• 敵国語版 Wikipedia の conjugate prior (共役な事前分布) の説明はなかなか便利だな．
• 昼飯．
• 時間どんどん経過．
• とりあえず， 新第 8 章「図解ギブスサンプリング」 14 ペイジかけた …… 先週の金曜日 スタートで， 本日は水曜日． なかなか時間かかりますな． 図ばかりの章なのに．

• 本日はこれで撤退しますか …… 1900 研究室発． 1915 帰宅． なぜかしら外で晩飯． そしてそのあと， 夜中の札幌市内散歩 & 風呂． 真夜中すぎに帰宅． いやはや ……
• [今日の運動]
  • まよなかさんぽ
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米 0.6 合． キヌサヤエンドウ・豆腐の味噌汁．
  • 昼 (1230): 研究室． 米 0.8 合． キャベツ・タマネギ・キュウリ・ハムのサラダ． ナッツ類．
  • 晩 (1940): Avion でおいしいごはんをいただきました．

2010 年 07 月 08 日 (木)

• 0845 起床． ねぼうしてしまった …… 昨晩はまよなかすぎの帰宅だったからなぁ …… 日本共産党の街宣車の騒音で目がさめた． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 1005 自宅発． 雨． 1020 研究室着． しばらくしたら雨はやんだ．
• 岩波本作業のつづき．
• 昨日， いったん終了までたどりついた第 8 章のなおし ……
• そして， 一番最後の第 10 章「空間構造のある階層ベイズモデル」章の修正 …… これはあまり修正がいらないだろう， と考えていたのだが， いろいろとなおすべき箇所がみつかり， ぐったり．
• 遅い昼飯． これまたぐったり．
• 第 6 章「GLMM」章の図とかも気になるので， 修正．
• ぢりぢりと第 10 章のアタマをかきなおす ……

• まだまだ修正が必要そう …… 1910 研究室発． 買いもの． 1940 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • ぐったり．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0910): 米 0.6 合． ネギ・油揚の味噌汁．
  • 昼 (1420): なぜかしら， さか田の蕎麦．
  
  • 晩 (2030): 米 0.8 合． ジャガイモ・タマネギ・鶏肉の味噌汁． タマネギ・レタス・アサリのワイン炒め． キュウリ・コンブ・ショウガのあえもの．

2010 年 07 月 09 日 (金)

• 0700 起床． ねむい． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 0805 自宅発． 曇． 涼しい． 0820 研究室着．
• 今日も他のことは (ほぼ) ほうりだして， 岩波本作業 …… まあ， 五月末までは何もできない状態だったんだから， たいへんありがたい状態なんだけどね．
• 第 10 章「空間構造のある階層ベイズモデル」章 の改訂 …… ここはほとんど修正しなくていいでしょう， などと思っていたんだけど， 実際やってみたら 全文かきなおし 状態に突入しつつある ……

• 第 10 章， まだ半分ぐらいしか修正できていないけど， 1825 研究室発． 1840 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．

[新自転車]

なぜかしら自転車がないと夜中の札幌市内走とかになってしまうので， 20 年ぶりぐらいに自転車の所有者になった． Pacific Carry Me II B red． 写真 のようにかなりコンパクトなもの． しかし意外とふつーに走行できる． おりたたむと面積 A4 × 高さ 1 m． こういうギミックのあるバイクにした理由は， 置き場さがしで苦労しなくてもよいように， ということで．

• [今日の運動]
  • 明日はうんどうしたいねえ ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0720): 米 0.6 合． ジャガイモ・タマネギ・鶏肉の味噌汁． キュウリ・コンブ・ショウガのあえもの．
  • 昼 (1230): 研究室． 食パン． ナッツ類．
  • 晩 (2040): ジャガイモの揚げ蒸し． ホタテの炒めもの． ホッケ …… なぜかしらこういう夕食に．

2010 年 07 月 10 日 (土)

• 0850 起床 …… どうもばてぎみのせいか， よくねてしまった． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 少し怠業．
• 1135 自宅発北大構内走． この土曜日もまた直射日光を遮断する曇天． とゆーか， 雨がぱらぱらふってるんだけど， まあそんなことにはかまわずに． 1220 帰宅． 体重 71.2 kg．
• 昨日とどいたちび自転車にのって， 1305 まゆみさん (例のパタゴニア号に搭乗) と自宅発． 雨はほぼやんだ． まずは昼飯．
• その後， 円山道楽なまゆみさんのうしろについて， 自転車で中央区あちこちめぐり． 下の写真は 北海道知事公館． この時期は， 平日以外も公館内が一般公開されている．

• その後もうろうろしたり， 大通公園西端にある石渡紅茶でひとやすみしたり ……
• 18 時ごろ帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．

[新自転車，直立形態]

Pacific Carry Me II B red を直立させた状態． これが昨日も書いた 面積 A4 × 高さ 1 m な形態． 重さ 8 kg なのだけど， この形態でもつと意外と重く感じる．
不思議なもので， 通常の自転車型つまり走行形態のときにもつと 「軽い?!」 と驚く． アタマの中で「自転車という形態のものはこれぐらいの重さ」 とゆー予測が先行してしまうためか?
さて， Carry me で札幌市内を走った感触だけど …… 車輪が小さいので歩道-車道間の段差なんかは， ちょっと緊張することもあるけど， ごくふつーに走った． 巡航速度はそんなに速くないけど， 信号まちくらう市内走では時間ロスにはならないと思う．
ただし， 車輪・フレイムによる衝撃吸収の機能が低いので， 1 時間ぐらい乗ってると， お尻のあたりがちょっと痛くなってくる．

• [今日の運動]
  • 北大構内走 45 分間． 札幌市中央区自転車うろうろ， 実質 2 時間ぐらい?
• [今日の食卓]
  • 朝 (1005): ゴボウパン． ジャガイモの揚げ蒸し． ホタテの炒めもの．
  • 昼 (1330): 地環研前の生パスタの店「レサン」で 夏野菜とラムのパスタ．
  • 晩 (1940): 米 0.8 合． トマト・モッツァレラチーズのサラダ． アブラコ・アサリ・ミツバのワイン蒸し．