ぎょーむ日誌 2010-06-(21-30)

2010 年 06 月 21 日 (月)

• 0740 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 0910 自宅発． 晴． 0925 研究室着．
• 今朝 2 時に帰宅したとゆー大学院生たち， なんでも渡島駒ヶ岳毎木調査なる いんぱーる作戦 に徴用されてたとか …… 夏至の日長を悪用した長時間野外労務 (睡眠時間 6 時間弱，とか) ってやつですかね． おつかれさまでした． 5 日間も拉致されてた院生もいたとか．
• 土日はほとんどぎょーむできなかった …… 気をとりなおして， 岩波本作業． 第 8 章の階層ベイズモデル入門のつづき．

• 上の図は無情報事前分布の例． 無情報な図だ．
• 今日もあまりススまず， 1850 研究室発． 雨． 買いもの． 1910 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • タイミングをつかめない日々 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 米 0.6 合． ダイコン・イカの煮物． カブの浅漬け．
  • 昼 (1300): 研究室． 食パン． バナナ．
  • 晩 (2050): 米 0.8 合． ダイコン・油揚の味噌汁． ニンジン・シイタケ・コンブ・つぶ貝の煮物． コマイ．

2010 年 06 月 22 日 (火)

• 0730 起床． 朝飯の準備． 朝飯． 0750 自宅発． 晴． 0805 研究室着．
• セミナーの予習．
• 1030 より 研究室セミナー， 本日は鹿嶋君でコウモリ論文 3 ミツバチ論文 1 に二時間ついやした． コウモリのほうは PIT なるカシこいタグで個体識別できるようになったのだが …… 統計モデリング技法がおいついてなくて， データ分断 + 検定なので全体のつながりがわからん (老齢なコウモリは roost をぽいぽい変えるように見えるけど， 実際にそうなっているのか，とか)． ミツバチのほうは sworm 知みたいなもので， 「場所」 に派遣されるミツバチ個体数が一種のメモリになっているコンピューター， それに繰り返し処理で「場所」の良さ評価ができるアルゴリズムを作れます， というもの． 丁寧に書いてるけど， ミツバチ研究者からみておもしろい内容なのかな?
• ぐったりしつつ昼飯．
• 住居手当て関係の書類だしてみる …… さーて， これでうまくいくかどうか．
• 岩波本作業のつづき …… なかなか着手できん．

• どーにもふちょーが堆積してるかんぢで …… 1830 研究室発． 買いもの． 1850 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯． 体重 71.6 kg．
• [今日の運動]
  • なぜか夜中に札幌市内走 20 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0740): 米 0.6 合． ダイコン・油揚の味噌汁． ニンジン・シイタケ・コンブ・つぶ貝の煮物．
  • 昼 (1230): 研究室． 食パン． バナナ．
  • 晩 (1950): 米 0.8 合． ダイコン・油揚の味噌汁． アサリ・レタス・ミズナのワイン蒸し． ニンジン・シイタケ・コンブ・つぶ貝の煮物． コマイ．

2010 年 06 月 23 日 (水)

• 0730 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 0910 自宅発． 曇． 0925 研究室着．
• 岩波本作業のつづき …… また起動状態がよくない． この時間帯はしんどい．
• いま書いてる第 8 章 (階層ベイズモデル入門章) のりすとら． すでに第 7 章で事前分布・事後分布といった考えかたを説明したので， この章ではいきなりそのあたりのまとめ， を試みてみたのだが …… やはりここだけそのような構成に変えてもうまく説明できないので， 他の章と同じく「まずは例題から」 という構成に変更してみる．
• やってみると説明の重複とかあった． この久保岩波本は 「そもそもこーゆー架空植物の観測データがあって」 というスタイルに統一せざるをえないよーで．
• このあたり， 生態学の大学院生が 「データなしではデータ解析を理解できない」 といった偏見といいますか戦訓といいますか …… が反映されてるといいますかミにしみついてしまったんでしょうなぁ． 教員だと 「データあってもデータ解析を理解できない」 ヒトも少なくないのだが． これまでの「成功」体験のつみかさねの帰結， ですかね．
• 13 時すぎ， 北大病院郵便局にちょっとでかける． 昨晩 (japanpost.jp web site で) 転送を依頼した郵便物はすでにこちらに届いていた． 帰路に昼飯調達． 昼飯．
• 第 8 章のりすとら & 書きたしつづく ……

• 第 8 章， 終息までのろーどまっぷ ……
  • BUGS code についての説明追加
  • WinBUGS の呼びだしと， 推定結果をくみあわせた作図の書きたし
  • Gibbs sampling の簡単な説明の修正・書きたし
  • 経験ベイズ法の説明の修正
  …… まっぷー
• 1920 研究室発． 雨． 1935 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • ぐったり
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米 0.6 合． ネギ・油揚の味噌汁． 納豆． ニンジン・シイタケ・コンブ・つぶ貝の煮物．
  • 昼 (1320): 研究室． すごくひさしぶりにほっかほっか弁当で弁当かってみた． 北 12 西 4 でうってた幕の内弁当 390 円． なかなか絶妙な値段設定で， 安いとは言えないけど， 内容的には高いとするのもキビしいか， といったもの． とはいえ， 昼飯はどうしたもんだかとナヤみ中の日々． 夏休みは北大生協の食堂とか， 人口密度が比較的低いんだろうけどね．
  • 晩 (2100): 米 0.8 合． カブ・油揚の味噌汁． トマト・モッツァレラチーズのサラダ． アスパラガスの牛肉まき …… おいしかった．

2010 年 06 月 24 日 (木)

• 0730 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 0930 自宅発． 雨． 0945 研究室着．
• 今日も他のことはほうりだして岩波本作業 …… しかし午前中は進捗よろしくなかった． 昼飯．
• いつの日か， 午前中は教科書執筆， 午後は論文かき， みたいなまるちたすく人間になれるのだろうか? ○○日間でプロジェクト A を終了させるべく全行程の分割・配置， ただし確率論的に生じる遅れに対処可能， といった柔軟にしてスケジューリング能力と遂行の強い意志が必要なんだろうな ……
• そんなことがいきなりできるとは思えないが， 第 8 章がなンとかなったら， 「岩波本作業の残存たすく」 みたいな破片を列挙して Google カレンダー上にでもならべてみるか?
• 全行程のフェイズみたいなものを考えると …… 編集者その他に原稿ファイルとりあえず提出， とゆーとりあえずなゴールから逆算してみると …… 「提出の前に，最初から最後までとおしのチェック (ループ反復回数は? 残念ながらやってみないとわからない)」 というフェイズがあって， 「とおしのチェックの前に，いまだ『講義のーと』的なところを教科書的にする， 構成りすとらで破片置き場になってるところを整備する，全体を短くする」 というフェイズからなかなか脱出できない現状．
• などとうだうだやってないで， 作業作業 …… 事後分布あれこれ図を作成．

• どーも以前からこの「推定された事前分布」なるものが気になってるんだよね …… 上の図のグレイのやつは単なる dnorm(r_i, 0, s の中央値) にすぎないのだが ……
• いやいや s って上に図示してるみたいに 2 から 4 ぐらいの範囲でばらつくんだから， 無限個の正規分布の混合分布じゃないの， となるはずなんだけど ……

• その無限個の混合正規分布なるものからの 6 万個のランダムサンプル (グレイのヒストグラム) と先ほどの手ぬきな dnorm(r_i, 0, s の中央値) (オレンジの曲線) を比較してみると， まあほとんど同じといいますか．
• しかし， これは一般的なハナシではなくて， s のばらつきが少ない場合のみ成立するようだ． ためしに， s を rate = 1 の指数分布にしてみると ……

• もはや dnorm(x, 0, log(2)) とかで近似できない …… うーむ， スソが重いのはよいとして， みょーに尖度が大きいヒストグラムだな? まあ， 指数分布だからそうなるのかな?
• たしか James Clark の種子散布カーネル (seed dispersal kernel) の論文には， 平均ゼロさまざまな SD の正規分布を混ぜると t 分布になる， といったハナシが書かれていたような …… t 分布 は尖らないよね． Clark の話は SD が一様分布 & その極限だったかな?
• よくわからぬまま， 1910 研究室発． 買いもの． 1935 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• 明日は早おきしなければならない． と言ってもサッカー見るためではなく (そもそも TV もってないが)， まゆみさんが朝から東京いき飛行機にのるためである． そして明後日も早おきしなければならない． これは私が飛行機のるため． 土日は西日本あちこち旅行になるんだよね．
• 最近， 週末がしんどい．
• [今日の運動]
  • そして， うんどう不足な日々 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 米 0.6 合． ネギ・油揚の味噌汁． モズク．
  • 昼 (1300): 研究室． 北大生協コップパンのベイグルとか． ナッツ類．
  • 晩 (2040): 米 0.8 合． ホッケのみりん干し． コマツナのゴマあえ． トマト・キュウリ． カブ・ネギ・干しエビの炒めもの …… これは意外とおいしかった． カブは 8 等分ぐらいの大きさにすると， 十分に加熱しても内部にカブ独特の味が残るので， へたな煮物・味噌汁より良い．

2010 年 06 月 25 日 (金)

• 0540 起床． ねむい． 朝飯の準備． 朝飯． まゆみさん， 東京いき飛行機 0800 発に搭乗するための 0648 札幌発電車に乗れる時間に出発． ぐったり． アタマが痛いので， ちょっと寝ようとしたんだけど眠れず …… 0930 自宅発． 晴． 0945 研究室着． コーヒー． すこしすっきり．
• 岩波本作業のつづき． 第 8 章のかんたんな例題の推定結果をどう図示したもんだか， とナヤんでみる．
• 今までは， こういう無限集団みたいなものを想定した作図をよくやっていたのだが ……

• 「100 個体の架空植物からのサンプリング」 とゆー有限性 & 離散性を考慮すると， こんな予測分布になったりする．

• 昼飯． しごとがおそい．
• 図の準備に時間とられる ……

• 1840 研究室発． また札幌駅方面で買いものとか． 1910 帰宅． 晩飯の準備． 洗濯． 晩飯．
• 明日・明後日は西日本往復． いやはや． 行く前からすっかりぐったり．
• ThinkPad X31 は今回は留守番なので， ぎょーむ日誌は更新されません．
• [今日の運動]
  • かなりカラダがよわってきたよーな ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0620): 米 0.6 合． ナメコ・ネギの味噌汁． カブ・ネギ・干しエビの炒めもの
  • 昼 (1240): 研究室． 食パン． ハム． トマト． ナッツ．
  • 晩 (2020): 米 0.8 合． レタス・ネギ・牛肉炒飯． ナメコ・ネギの味噌汁． コマツナのゴマあえ．

2010 年 06 月 26 日 (土)

• 0600 起床． ねむい． 4 時間ぐらい寝た． 朝飯．
• 本日は二日間の西日本旅の一日目． 0630 自宅発． 0640 JR 札幌駅． Suica は関西でも使えるので 5000 円チャージ． 0648 快速エアポート． ねむい． 0726 新千歳空港． 保安ゲイト，長い行列． 土曜の朝だから? 0745 ADO 12 42E 搭乗． ねむい．
• 0930 羽田空港着． まゆみさん (昨日東京着)・まゆみさんのお母さんと合流． 地階 105 番搭乗口というバス → 乗機な搭乗口でしばらくまつ．

[でかすぎた二次元バーコード]

航空券購入時に表示される ANA の二次元バーコード， サイズ 111 × 111 px で切り取って， DropBox → iPhone と転送して， 空港のゲイトあれこれを通過していたのだが …… 古い (??) 読みとり機らしき 105 番搭乗口では 「でかすぎ」で却下されてしまった． 今度から (解像度というより表示サイズが) もう少し小さくなるように加工してから DropBox 転送しよう．

• 11 時前， バスで羽田空港内移動． ふと C 滑走路沖の海をながめると， 見なれない軍艦二隻がうかんでた． 一隻は海上自衛隊の新型 DDH． もう一隻も類似した変わった船形なのだが， ヘリコプター運用のじゃまになりそうなヘンてこなアンテナマストみたいなのがたってて， ですね． …… 外国のやつ? 後日しらべてみたら， 日米安保改定 50 年記念とやらで 晴海埠頭 に表敬訪問した USS Blue Ridge, LCC-19 だとわかった． なるほど， 太平洋艦隊旗艦ならではの通信設備ですか．
• 羽田空港の離陸わくがこんでて 1130 ごろ離陸． 1230 ごろ鳥取空港着． 東京-新千歳より近いじゃん． 雨． 車で迎えにきてもらって実家． 22 年ぶりかな． いろいろごちそういただく． ややあわただしいけど， 1458 特急スーパー はくと (といっても鳥取のヒト以外にはわからんでしょうけど漢字で書くと「白兎」) にのって JR 鳥取発． 単線 & 強い雨で運行おくれて， 1703 三ノ宮． しかし鳥取市 (山陰) と神戸市 (山陽) がわずか 2 時間でつながるとは! 因美線と山陽線を短絡する 智頭急行智頭線 ってのはスゴいもんですなぁ ……
• 神戸は雨． いったん本日の宿泊場所に荷物おく． そのあと， 再び三ノ宮駅に行って， 神戸在住のまゆみさんのおばあちゃんと合流． おいしく晩ごはん，いただきました．

[三世代写真]

三人ならばれたときにかもしだされる「歴史」性がすばらしかったので， 写真とらせていただきました．

• [今日の運動]
  • うんどう不足なまま 6 月も終了中 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0610): 食パン． バナナ．
  • 昼 (1240): 鳥取でごちそうになりました．
  • 晩 (1900): 神戸でごちそうになりました．

2010 年 06 月 27 日 (日)

• 0730 神戸の宿で起床． 本日は二日間の西日本旅の二日目．
• まゆみさんと二人で 10 時前に宿でて， 三宮で阪急にのり， 私の祖母 (96 才) のすむ豊中市へ．
• 豊中駅には叔父さんが迎えにきてくださった． 叔父さん・叔母さんたちが 5 人もきてくださって， にぎやかな集まりとなった． おばあちゃんはあいかわらず元気そうだった． お昼ごはんいただく．
• 2 時すぎにおいとまして， また阪急 (ぢゃなくて北大阪急行とご指摘いただく) ・桃山台駅に送っていただいた． 天王寺で JR に乗りかえて関空へ． コーヒーのんだりたこ焼き食べたりしてちょっと休憩． まゆみさんとぐったりしつつ飛行機にのって， 西日本をでる． 下の写真はまゆみさん撮影の日没．

• 21 時ごろ帰宅．
• [今日の運動]
  • うんどう不足なまま 6 月も終了中 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 宿の朝飯．
  • 昼 (1200): 豊中でごちそうになりました．
  • 晩 (1830): 帰りの機中で 551 蓬莱 の豚まん・しゅうまい．

2010 年 06 月 28 日 (月)

• 0730 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 0850 自宅発． 晴． 0905 研究室着．
• あれこれメイルとかにとらっぷされて ……
• 今日は暑い． 札幌市は年に合計一週間ぐらいしか 30°C ごえしないハズなのだが …… 今日はその一日となった． 土曜日もこえたよーで． まだ 6 月なのにだいじょうぶなのか …… 予報によれば明日からはまた最高気温 25°C ぐらいの日々になる， とのことなんだけど．
• どーもあさからばてぎみ ……
• A810 院生部屋のプリンター EPSON LP-S6000， 感光体交換しろとぎょーむ拒否． 感光体は交換してやるけど (とりあえず発注)， いきなりぎょーむ拒否するのはヤメてくれ ……
• あまりススまぬまま昼飯 ……
• 岩波本作業のつづきにとりくむ． 土日はまた作業できなかったわけで ……

• 今日はあまりススまなかった．
• 夕方， 道東から特に匿名を希望する漂泊の料理人が (予告もなくやってきたので) うだうだと話してみたり， 井田君と三人で JR 札幌駅にいってみたり． ビールを一杯ごちそうしてみる． 私は余市のりんごジュース．
• 1840 JR 札幌駅発． 買いもの． 1900 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• そして夜間にまた札幌市内散歩．
• [今日の運動]
  • 札幌市内散歩， 合計一時間． 遅い時間だったので， 歩いててかなりねむかった．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米 0.6 合． タマネギの味噌汁．
  • 昼 (1300): 研究室． 551 蓬莱 の豚まん． 昨日の残り．
  • 晩 (2000): 米 0.8 合． カブの葉・油揚の味噌汁． カブ・ひき肉のキムチ炒め． サケ．

2010 年 06 月 29 日 (火)

• 0730 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． いろいろぎょーむ …… 1000 自宅発． 晴． 1015 研究室着．
• 昨日の天気予報によれば， 本日から涼しくなるはずだったのだが …… 結果としては， 本日も 30 度 こえてしまった． まあ， 明日からは低くなるとゆー予報なんだけどね．
• 北大図書館 PC の利用が少々めんどくさくなる， とゆーおしらせ．

  情報環境推進本部(情報企画課)では，共用パソコン（多数が共用で
  インターネットに接続して利用するパソコン）を，いつ・誰が利用
  したかの管理を支援するために，全学で，Web認証スイッチを導入し
  ています。
  http://ict.general.hokudai.ac.jp/hp-file/sub9.html
  ↑現在，見出しとナカミが一致していないようです。
  
  7月1日から，この「Web認証スイッチ」が図書室のPCに導入されるた
  め，図書室にあるPCからWebを閲覧（インターネットに接続）する時
  に，iiC-IDが必要になります。
  iiC-IDとに関しては，
         http://www.hines.hokudai.ac.jp/application/iiC-ID.html
  をご覧ください。
  院生もiiC-IDが必要になります。申請方法は，情報基盤センターへ
  メールで申請するか，あるいはHINES部局担当者（会計担当）へ申請
  書を提出する二つの方法があります。詳しくは上のページをご覧く
  ださい。
  学部学生の場合は，ELMSのIDです。
  
  なお，この「Web認証スイッチ」が導入されるのは，蔵書検索（OPAC）
  専用"以外"のPCです。蔵書検索は，iiC-IDは必要ありません。
  閲覧スペースに置いてあるハブに接続すると，持ち込みPCでもイン
  ターネット（HINES）が利用できますが，この場合も「Web認証スイッ
  チ」を経由するため，iiC-IDが必要です。
  

• 研究室ネット雑用とか．
• 今日は熱帯林の樹木更新 (recruitment) のデータ解析こんさるにナヤまされた …… 樹木の個体群動態の三大こんぽーねんとは サイズ成長・死亡・更新といったところ． この中では， 熱帯林にかぎらず更新のデータ解析・統計モデリングが格段に難しい． この部分だけ， 「親子間の相互作用」 などといっためんどうきわまりないモノを考える必要があるため． そもそも「調査地で観測可能な」親子関係って何? という問題もあって， ですね． で， 調査地の地図とかを念頭に考えてると， 空間相関とかそちらの方向のめんどうわざも考慮しなければならない， と． おまけに「調査の疎漏度」が年によってちがっていたりすると ……
• うーむ， 進捗ナシのまま， 昼飯．
• 岩波本作業のつづき． とりつきが遅い．

• 第 8 章の階層ベイズモデル章， なかなかオワらない． 1905 研究室発． 1920 帰宅． 買いもの． 晩飯の準備． 岩波本作業のつづき． 晩飯．
• [今日の運動]
  • なかなか時間やりくりのうまくいかない日々 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米 0.6 合． カブの葉・油揚の味噌汁． カブ・ひき肉のキムチ炒め．
  • 昼 (1300): 研究室． 北大生協コップパンのベイグルとか．
  • 晩 (2220): 米 0.8 合． カブ・ネギ・ニンジン・タマネギ・干しエビのスープ． キャペリン (ノルウェイシシャモ)． コンブ納豆．

2010 年 06 月 30 日 (水)

• 0730 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 0850 自宅発． 曇． 0905 研究室着．
• 今日はさすがにすずしかった …… 気象庁の記録によれば， 最高気温は 27.9°C． 予報によると今後しばらくは 30°C． ごえはないはず． 例年なら 8 月に数日だけ， そういう暑い日があるんだよね．
• なんだかあれこれメイルかきその他 …… で午前がオワるといった， ここしばらくの悪しきパターンがくりかえされる．
• したがって， いやはやと思いつつ昼飯を食べる日々もつづく．
• 午後は他のことはほうりだしても …… 着手がなかなかおそくて．
• しかしながら， 第 8 章の階層ベイズモデル説明の部分は， とりあえず書けた． やれやれ． 時刻はすでに 1630．
• しかし第 8 章はギブスサンプリングと 経験ベイズ法それぞれ各 1 節を書かねばならんのだけど ……
• 第 7 章 MCMC & ベイズ導入章用にでっちあげた (そして第 8 章に移動することになった) Gibbs sampling 説明は使いモノになるのかしらん? …… とりあえず経験ベイズ法の節から着手するか．
• で， 以前かいたやつを一読してみたんだけど， ただちに全文削除， となった． どーなることやら． しかしここはあまり書くべきことはない， はず．
• …… と思ったら督促メイル． しまった， 今日は要旨の締切り日だったか．
• とゆーことで， 20 分ほどで， あわててでっちあげてみる． われながらいいかげんだなぁ．

• Gibbs sampling は短い一章として独立させるべきか? などと検討しつつ， 1850 研究室発． 買いもの． 1920 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう不足な日々．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米 0.6 合． カブ・ネギ・ニンジン・タマネギ・干しエビのスープ．
  • 昼 (1230): 研究室． セイコーマートのいなり寿司． カブ・ネギ・ニンジン・タマネギ・干しエビのスープ．
  • 晩 (2040): 米 0.8 合． アボカドマグロ丼． シジミの味噌汁． キャベツ・ネギ・ハムのサラダ． コンブ納豆．