ぎょーむ日誌 2009-06-07
2009 年 06 月 07 日 (日)
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0800 起床．
朝飯．
コーヒー．
怠業．
1120 自宅発．
雨．
1150 研究室着．
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矢澤さん熱帯林論文の原稿を検討．
データ解析をやりなおしたほうがいいと思うんだけど，
その代替案をいろいろ検討してみる．
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で，
矢澤さんご本人と改訂相談
……
してみると，
どうも状況がまったく不明なのだが，
Matt がこの原稿改訂にとりくんでいるらしく，
しかも理由はよくわからないんだけど，
なぜか早めに投稿してしまいたいらしい．
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ならばうかつにデータ解析を変更するのはまずいかもねえ
……
ということで，
方針を変更して，
「次の論文」のデータ解析などとの関連について検討する．
先ほどまで考えていた解析の代替案はここで再利用されることに．
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このあたりの要点だが
……
ようするに，
熱帯林生態学データ解析における悪しき伝統のひとつとして，
「因果関係 (へりくつ的なものを除く) が言えないのに，
回帰してしまう」
というのがある (ほかにもいろいろあるけど)．
たとえば，
調査地内の個体数が (ある一個体の) 樹高に影響しているとか，
ある樹種のサイズ分布の (特定性別側の大学院生の手もとから食べものを
かすめとるぐらい危険きわまりない)
「標本」高次モーメントが個体内の資源分配をきめているといった
……
もうとにかく，
他の分野から見たら「いったい何やってるの?」
と正気を疑いたくなるような論文がどんどん出版されている．
なぜかといえば，
熱帯林論文原稿は熱帯林マフィア内でしか査読されないから．
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ともかく，
わけわからん回帰モデルはやめて，
工夫した相関分析にすればよいだけのことである．
ベイズでいえば，
理想的には，
うまく分散共分散行列を指定した多変量正規分布の
事前分布を設定し，
相関係数の事後分布などを調べればよい．
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ただしこの多変量正規分布を使った階層ベイズモデリングは
意外と難しい
……
以前に塩寺さん熱帯山地樹木データで苦闘していたように
(2007-10-12 前後)，
分散共分散行列のサイズが大きくなると
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といっても
5×5
とか
6×6
ぐらいで
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ゐんばぐすによる MCMC 計算がすごくたいへんになるのである．
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妥協案としては，
個体形状に関する階層ベイズモデル，
そして樹木群集の集団データ (census data)
にもとづく階層ベイズモデル，
それぞれ別個に推定計算して，
その事後分布をつきあわせてみる，
とか
……
しょぼいけど，
非力な PC & ゐんばぐすでもなんとかなる世界だ．
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熱帯ばてしたので，
1745 研究室発北大構内走．
まだ北大祭のかたづけが終わってないので，
メインの通りはさけて走る．
1830 研究室もどる．
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1850 研究室発．
2000 帰宅．
体重 73.2 kg．
なかなか減らない．
晩飯の準備．
晩飯．
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[今日の運動]
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[今日の食卓]
- 朝 (0930):
米麦 0.6 合．
ネギ卵炒飯．
- 昼 (1300):
研究室．
イソップベイカリーのバタール．
- 晩 (2130):
米麦 0.8 合．
ダイコン・イカの煮物．
レタス・ブナシメジ・豚舌の炒めもの．
ヨーグルト．