ぎょーむ日誌 2009-02-18

2009 年 02 月 18 日 (水)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 0920 自宅発． 晴． あいかわらず氷点下． 0935 研究室着．
• 1000 ごろから苫小牧の田柳さんのデータ解析というか， データ変換こんさる． 葉ごとに測定された分光データ． 一枚につき二種類の測定． さらにときどき background 測定． その他めんどうな条件も …… というもの．
• 途中で昼飯たべつつ， 1400 すぎまでかかって， 比較的マシな 1 樹木 12 葉 25812 × 3 バンドのデータ変換に成功． 残りはまた後日．
• 今回の処理は複数のファイルを読みこみ， それを R の中でくっつけていく， といった操作なのだが …… R にこういった作業を「てきぱき」処理してもらうためには， vector や matrix といったデータ型ををうまく利用したりするところがポイントになる． 後日，機会があればくわしく書くけれど …… つきつめて言うと， 悪しき 作法というものが厳然としてあって， それは data.frame を rbind() でくっつけていく， といったアプローチだ． これはデータサイズが大きくなるにつれ， 絶望的な処理時間を要求されるのである． 最終的な出力は data.frame とする場合であっても， 可能なかぎり data.frame 操作を回避する， といったたぐいのワザが必要．
• ところで田柳さんからというか苫小牧から 「TOEF 気象観測塔のデータ一ヶ月ぶんを結合する Perl スクリプト (久保作) の保守作業をせよ」 なる宿題をだされてしまったのだが …… これって 5 年ぐらい前にやったことなんだけど， 何も記録がない． concat_toefdata.pl だの joincsv.pl だのといった Perl スクリプトも見つからないし …… ぎょーむ日誌の記録もあいまいだ． まあ， これは札幌ではできない作業のような気もする．
• 次． 保要さんのサロベツなモウセンゴケデータ解析こんさる． うーむ， M1 の限界というか私の限界というか， あるいは単に昨日と同じく私のココロの中のよゆーが圧潰してしまっているのか， 「その解析はあとまわしにしたら?」 という方向のハナシばかりになってしまった．
  • 植物の場合， 空間相関 なんかを考慮した解析をやらざるを得ない場合が多々あるけれど， これはなかなか面倒であり， とくに環境要因→生物現象の因果関係なんかは推定はかなりしんどい． 個体間相互作用はさらにしんどい．
  • 室内でやった発芽データ実験解析はいっけん簡単にみえるけど， かなり注意ぶかくモデリングする必要があり， しばしば難しくなる． 単純にロジスティック回帰してはダメ． 「最終日」の発芽状態だけ比較するなら GLMM (実験容器差があるから) でなんとかなるかも． 途中経過の解析は比例ハザードモデルとか生存解析の手法でなんとか …… うーむ， ならないかも．
  近ごろは「めんどうになったらベイズ」 な方針なので， その他の手法の「とりっきー」 もしくは危ない使いかたを考案するのがしんどく …… とはいえ， 院生にベイズな手法を教えてみるタイミング， というか「何を例題として」ベイズな手法を教えるのか， というのがこれまたなかなか難しくて， ですね．
• 先月始め の「ちょこっと健康診断」 の結果がもどってきた． 具体的には採血して麻疹抗体なるものの量を調べたわけだが …… 8.90 (単位不明) で「定性」欄は + となってた． これでいいのかな．
• めんどうな用件のメイルかき．
• 来週の月曜日の統数研 公開講座 の準備がまだまだ不十分なのでさっさととりかかりたいのだが ……
• 昨日よーやく「ひととーり文字でウメた」状態にもっていった 「蟻」解説原稿をもう少しなおさなくては． 〆切も近づいてきたし， 石狩浜アリ関係者にも連絡しないといけないし．
• で， ぶちぶちと「蟻」解説をなおす作業とゆーのはなかなか消耗するもので …… 体力がつきてしまった …… 1840 研究室発． 1855 帰宅． 晩飯． ぐったり．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日 …… になりそうだったけど， 肩・背中がクタびれていたので 腕立ふせ 10 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.6 合． キャベツ・ネギ・キュウリ・ハムのサラダ． ダイコン・ニンジン・コンニャク・鶏肉の煮物．
  • 昼 (1230): 百周年記念会館の「きゃら亭」 A ランチ． 銀ガレイのソテー．
  • 晩 (1940): 米麦 0.8 合． キャベツ・ネギ・キュウリ・ハムのサラダ． ダイコン・ニンジン・コンニャク・鶏肉の煮物．