ぎょーむ日誌 2009-01-03

2009 年 01 月 03 日 (土)

• 0830 起床． 朝飯． コーヒー． 洗濯． 怠業 …… うーむ．
• けっきょく， 昼飯くってから 1240 自宅発． 雪． 昨日のシラカンバ & ホオノキ解析はきわめて順調であったのだが， 次の一手がなかなか難しい …… このあたり検討するために， 大学には直行せずに札幌駅周辺をふらふらとさまよってみる．
• 「ただ単に札幌駅周辺の本屋をハシゴしてただけじゃないの?」 とツッコまれぬよう， もっともらしいコトでも書いてみるか …… 上記の二樹種の一次枝動態に関して， 昨日のプランでは， 簡単そうな順というか「まあ，この順番で解明していけばいいだろ」順 で列挙してみると，
  1. 一次枝の直径成長
  2. 一次枝の死亡確率
  3. 先発枝 (proleptic shoots) の発生 rate
  4. 幹頂部の伸長量 (樹木の高さ成長)
  5. 幹頂部の同時枝 (sylleptic shoots) の発生 rate
  6. 主幹の直径成長 (これはまあどーでもいーような)
  で， 昨日は 2. までススんだのだけど， 3. はこの中での技術的難所なんだよね …… 「どこに先発枝がはえるのか」 をうまく表現する必要があるわけだが ……
• この統計モデル (階層ベイズモデル) をあつかうゐんばぐすの計算能力を考えると， あまり複雑なことはやらないほうがよい …… まあ， 一番簡単には
  • 発生 rate は全高に比例する
  • ただし場所によって加重できるようにする (これによって「上部ほどでやすい」といったことが表現できる，はず)
  といったかんぢか? ゐんばぐすの負担を激増させる normalization のたぐいはやらない， と．
• とりあえずの解決策を得たように思えたので， 大学へ． 1540 研究室着．
• とりあえず， 上の案はうまくいった． ということで， 3. は突破． 夜までかかって 4. と 5. を片づける． 6. はやらなくてもいいだろう．
• 本日の計算． 計算速度は 4000 MCMC step で 1400 秒ほど． BUGS code と 事後分布表．

• 収束が悪くなっているのは， ホオノキの個体頂部での sylleptic shoot の発生． これはそもそもほとんどどの個体でもゼロなので， マトモに推定できないのはしごく当然のようにも思える．
• それ以外の部分はしごくまっとう， ともうしますか依然としてじつにわかりやすい， と言ってよいだろう． 一見むちゃくちゃにみえるシラカンバの一次枝の成長・死亡・発生 がこんなに簡単に整理できるとは．
• 今回は甲山さん院生の課程主題にしてはめずらしく (ありがたいことに) 樹種数が 2 なので見とおしの良い結果が得られた， ということかも． ただし， 樹種差・個体差に加えて個体内構造を考慮しているので， なかなかに複雑である …… まあ， こういう「院生はどこまで理解できるか?」 ということをよく考えずに出された課程主題ばっかり， ともうしますか ……
• データ解析の計算はこんなところでだいたい終了だろう． 残された問題は …… このデータの解説文かきだな． いつもいつもこれはしんどい． まあ， 明日以降に， ということで 2100 研究室発． 2115 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• Yahoo! オークションで買った 512 MB SIMM (3666 円) が届いたので， ThinkPad X31 のメモリは合計 1 GB となった． この旧式機 (2004-01-06 から使用) もまだまだ使いものになるねぇ ……
• [今日の運動]
  • 不健康な日々がつづく ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): シリアル． ヨーグルト．
  • 昼 (1220): シリアル． ヨーグルト．
  • 晩 (2140): 米麦 0.8 合． キャベツ・ベイコンの蒸し煮．