ぎょーむ日誌 2009-01-02
2009 年 01 月 02 日 (金)
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0730 起床．
朝飯．
コーヒー．
朝からぎょーむ日誌生成 Perl スクリプトのバグとりに苦闘する．
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0930 自宅発．
晴．
おだやかで静かな日．
0950 研究室着．
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ぎょーむ日誌生成 Perl スクリプトのバグとり苦闘のつづき．
このシステム，
抜本的に改造したいと以前から考えているんだけど，
なかなか着手できない
……
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年始のウォーミングアップとして，
Dell desktop 機を闇ネット内リモート操作して
Vine 用 R-2.8.1 package づくり．
system
で計測させておいたところ，
作業にちょうど一時間かかった，
とわかった．
多くの時間はコンパイルではなく，
標準 package のテストに使われてしまう，
というのが最近の R ビルド
(とくにオプション指定ナシの場合)
の傾向ですな
……
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大晦日
のデータ解析 (まだまだ着手したばかり状態)
に関して白崎君にといあわせメイルかいてみる．
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生態学会
盛岡大会
の一般講演要旨登録の〆切は一週間後なので，
とりあえず 800 字ばかりの
ウミガメ統計モデル
の要旨をでっちあげて，
共同研究者のお二人に新年早々メイル送信してみる．
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昼飯．
あいかわらず晴れてるけど
A 棟 8F は寒い．
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シラカンバ樹木個体内一次枝動態解析のつづき．
一昨日
に作った R lattice 作図プログラムをちょっと変えて，
主幹表示の消去を指定できるように変えてみる．
全 22 個体の一次枝 891 本の対数相対成長速度 &
新規加入 (同時枝と先行枝) & 死亡．
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このデータから推定できそうな樹木個体内の動態は以下のようなかんぢか?
簡単そうな順に
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一次枝の直径成長
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一次枝の死亡確率
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先発枝の発生 rate
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幹頂部の伸長量 (樹木の高さ成長)
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幹頂部の同時枝の発生 rate
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とりあえず 1. の直径成長あたりから取りくんでみるか，
とススめていって夜までに 2. の死亡速度も含めるところまで
解析モデルができた．
いまのところ，
計算速度は 4000 MCMC step で 750 秒ほど．
BUGS code
と 事後分布表．
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意外とキレイというかわかりやすいな結果だ．
もっと個体差や樹種差がハゲしいと思っていたのだが
……
というあたりでチカラつきて撤退．
2010 研究室発．
2030 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
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[今日の運動]
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[今日の食卓]
- 朝 (0820):
米麦 0.8 合．
ニンジン・ゴボウ・レンコン・シイタケの煮物．
レタス・ハム・卵の炒めもの．
- 昼 (1300):
研究室お茶部屋．
米麦 0.8 合．
レタス・ハム・卵の炒めもの．
- 晩 (2140):
タマネギ・ニンジン・シイタケ・豆腐の炒めもの．
ヨーグルト．
