ぎょーむ日誌 2008-12-02

2008 年 12 月 02 日 (火)

• 0810 起床． 朝飯． コーヒー． 0935 自宅発． 晴． 0950 研究室着．
• ここ数日， うまく解決できないデータ解析こんさるのつづき． データが送られてきたので， 図にしてみる．

[lattice 図]

あまり意味ないんだけど， width/height 指定を小さめにして， とかですね．

• 1000 より 研究室セミナー， 本日は小林君でブナ分布拡大のフロントの「先」に点在する 孤立ブナ林分ではゴマシオキシタバといったブナの specialist herbivore がいないわけではないけど， より強力な食植者と考えられるブナアオシャチホコは見つからなかった --- まあ， まだ追いついていないのだろう， といったハナシ． 急速に分布拡大する外来生物とその原産地の捕食者のアナロジーでもって， のんびりと (?) 分布拡大する在来種の「つよみ」を説明， といったハナシなんだけど …… 理論としてどうなんでしょうね． というか， ブナアオシャチホコの多い場所と少ない場所でのブナのふるまいの 比較がなかなか難しいような ……
• 昼飯くいつつ， こんさるな解説のつづき． やっぱり lmer() はダメっぽい (推定値はそれっぽいけど， AIC の計算とかで何をやっているのかよくわからない)， ということでまたゐんばぐすをもちだすことに．
• 蛇足ながら， ひさしぶりに lmer() をひねくってみたのだけど， いろいろと仕様なんかもかわり (こういうのを頻繁変えてしまうのが Douglas Bates のぽりしー?)， また数値的な最尤推定計算も Laplace 近似ではなく Gauss-Hermite 近似が default になっていた (nAGQ = 1 にすると Laplace 近似) …… 近似計算の精度 nAGQ オプションの指定， これに deviance の推定値などは依存している部分があるように見える．
• 今日は大掃除の日ということで …… 院生たちが私のまわりに備品ごみみたいなものを捨てにくる． やはりここはゴミ置場 ……
• さてさて， ゐんばぐすで一時間ばかり試行錯誤してみると …… まあ， 「個体差」いれた 簡単なモデルで収束するとわかった．

• 観測値 vs モデルの予測は下のごとし， でこれ以上複雑化しなくてもよいのでは， といったメイルを送ってみる．

• しかしそのあとも気になっていろいろ調べてしまった ……
• Annika さんがいきなり突撃してきて， random effects を推定することは原理的に不可能， と主張されるので原理的には可能， といった説明を試みる． リクツはそうなんだろうけど， 推定計算の詳細がわからないので納得できない気分， という方向で終了． うーむ， まだまだ職業的うそつきとしての修行が足りん ……
• 生態学会さーばー雑用? と思ったら南半球のとある大学にメイルが送れない問題だった． 先方の mail server に問題があるようなので， その大学に対する雑用連絡先はこの web page に書いてありますよ， と京都に連絡．
• いかん， 明日の階層ベイズモデル補講の準備がまだできてない． 昨年の講義のーとはあるんだけど， これは内容があまり気に入らないので， もうちょっと直したいと思っていたのだが …… なかなか「授業準備もーど」 にきりかわらない ……
• 進捗しないストレス解消のため， 「R 作図わざ本の翻訳原稿を一ヶ月前に提出したんですけど， その後はどうなったんでしょうねえ」 といったぜんぜん関係ないメイルを共立出版に送ってみる．
• とりあえず補講 mailing list に， 今晩中にはアップロードできない予定， すみませんメイルを送信． いやはやー ……
• 1810 研究室発． 本日は研究室の忘年会． 場所は JR 札幌駅のすぐ南， 然 という焼き鳥・おでん屋さんだった． おじさん客のおおい店． 会費 3500 円だったんだけど， 食べきれないほどの分量の料理がでた …… ちょっともったいない． 2110 帰宅．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日， つづく
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.8 合． ニラ・シイタケ・牡蠣の味噌汁． キャベツ・キュウリ・ミズナ・ネギのサラダ．
  • 昼 (1230): 研究室． 米麦 0.6 合． にぎり飯． フリーズドライの卵スープ． リンゴ．
  • 晩 (1840): 忘年会．