ぎょーむ日誌 2007-07-02

2007 年 07 月 02 日 (月)

• 0800 起床． コーヒー． 朝飯． 0920 自宅発． 晴． 0940 研究室着．
• また エゾアカヤマアリ (大統領命令) 拉致られアリいじめられ実験データ解析の 作文修正 …… も終わってきたので PDF 化 + ファイルアップロードしくみを整え， 議論概要かいた web page からダウンロードできるようにしてみる． 大統領と藤原君に説明メイルかいて送信． あとは先方からの反応まち．
• まち時間のあいだ， 先週， 紺野さんから送っていただいた 十勝平野の樹木繁殖データにちょっととりくんでみる． 1130 ごろから佐藤さん修論読んでみる …… いやー， さすがに紺野さん御指導だとたいへん丁寧な内容， といいますか．
• 送っていただいたデータセットもさっそく拝見． うーむ， 種数も個体数も多い ……

> summary(d$SP)
  Ad   Ag   Ah   Aj   Am  Axm   Bp   Cj   Es   Fm   Hp   Ja   Kp 
  24   47   34   64   61   16   60   39   55  104   39   42   96 
  Ma   Mb Mbvm   Mk   Pm   Pp   Ps   Qd   Qm   Sa   Sh   Ud 
  45   64   50   50   70   37   90  108  124   65   56   92 

• とりあえず作図． データ解析はつねに「とりあえず作図」から始まる．

• これだけたくさんデータがあっても 「樹種ごとに glm()」 ってのはぜんぜんダメだとわかった． それはいい． このデータ解析はべいづでケリをつけるために私のところにまわってきたんだから． しかし …… やはり， というかとうぜんながら 樹木サイズと「明るさ」の交絡がある …… うーむ．
• あららいつのまにか時刻はすでに 1345． 昼飯調達の旅にでよう …… と思ったらアリ原稿について藤原君からメイル連絡． 岩倉さんの連絡先もわかったのでメイルしたためて送信． 1400 研究室発． 北大生協までふらふらと． 研究室にもどって昼飯．
• で， 階層ベイズモデル化． このモデリング， まじめに考えると多々難しいところがあるんだけど， いきなりややこしい (つまり実戦的な) 統計モデル化すると 紺野さん・佐藤さんにとってわけわからぬものになってしまう …… ということで， 佐藤さん修論の logistic 回帰に最低限の拡張をくわえた logistic な階層ベイズモデルを定義し， その MCMC 計算を．
• やはり収束が悪いな …… ということで A801 院生部屋の Dell desktop Linux 機をたたきおこして， 高速計算もーどに移行する．
• 統計モデルがあまりよくない (?) せいか， 事後分布の収束があまりよくないのをチカラまかせに無理矢理計算． 4000 MCMC step トリプルチェインで 500 秒ちょい． まあ， こんなところでとりあえずは十分かな (事後分布表)．

• 説明用に trace 図も出力しておく．

• そして nested 事後分布図． ほーら， ね …… こういう群集データでは 「種間共通部分」 vs 「種間相違部分」 のふたつを同時に考慮するベイズな手法がたいへんうまくいくのである．

• ばててきたので撤退． 1950 研究室発． 2010 帰宅． 体重 67.8kg． 晩飯． お， アリの件に関して岩倉さんから連絡いただけた．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.5 合． ネギ・マイタケの味噌汁． イカ・セロリの煮物． ワカメ・キュウリ・トマトのサラダ． コマツナのゴマあえ．
  • 昼 (1430): 研究室お茶部屋． 北大生協のサツマイモリンゴパン． トウモロコシ．
  • 晩 (2040): キャベツ・ニンジン・ネギ・セロリ・ショウガ・イカ・卵 焼きそば． トマト． コマツナのゴマあえ．