ぎょーむ日誌 2007-03-12

2007 年 03 月 12 日 (月)

• 0910 起床． 朝飯． コーヒー． 1000 自宅発． 雪． 昨晩また 10 cm ぐらい積雪した． 1015 研究室着．
• いろいろメイルやりとりとか． Annika さん PC が生協から配達されるのは水曜日， か …… 午後になって電話連絡あり， これは明日の午前に変更された．
• 来週の松山大会用の屋久島ポスター準備， 計算のたぐいはひととーり終わったので …… そうだ， 昨日の 6000 MCMC step 計算をここに記録しとこう．
• 窒素なしモデルの推定結果 (DIC = 2155) …… なンか DIC が悪くなって， ですね．

• 窒素ありモデルの推定結果 (DIC = 2053) …… こちらのほうは DIC 変化なし， でこちらのほうが「DIC 的に良い」 モデルになってしまった． やはり DIC はばらつきが大きくなりがちなのかもしれない (モデルやデータが不完全なためだと思うんだけど)．

• ポスター準備してるあいだに A801 室の Dell desktop 機には予備的な計算を命じておくか． このデータセットは惜しいことに 根もと側末端の節の葉痕数がいわば「欠測」状態にある． Bayesian なら個体ごとの葉痕数の事後分布だせよってコトになるんだけど …… まあそれは計算時間倍増ぐらいになるので， とりあえず末端における葉数ゼロ効果をもっとも「ひかえめに評価」 した場合に該当する「葉痕数 1」モデルで試しに計算させてみる． 6000 MCMC step．
• ポスター準備つづく (要旨)． いつものごとく LaTeX の a0poster.cls (CTAN) で． まずは 昨年のポスター をひながたにして， ですね …… タイトル両脇の写真の樹木， 母子里のダケカンバ のままですな ……

• なぜかしら dvips した Postscript file が gv (ghostscript viewer) で表示されない． ナマの gs (ghostscript) だったら表示できるんだけどな …… しょうがないので PDF に変換して xpdf で表示．
• 午後になってあれこれ調べてわかったんだけど …… 上の問題解決には psa0toa4 なる bash script で A4 化して gv 表示するのが正解， とわかった． 詳しくは 検索 してみてね …… と (次にポスター作るときにこのへん検索するであろう) 未来の自分に連絡を．
• 1400 すぎ昼飯． 昼飯後もぽすたー作業．
• 根もと側末端「欠測」に架空データいれた場合の 6000 MCMC step (試験的・予備的な) 推定計算が終了した． 窒素なし・ありモデルそれぞれ 3330 秒 + 4300 秒 …… ほーらね， 各個体一ヶ所「データ」を増やしただけでこれだけの計算時間増加． で， 推定結果はこちらのネラいどおり 「明るいところで葉っぱが一斉に脱落 (明るいところで葉の「加齢」は速い)」 というパターンを表現するモノとなった． よしよし．
• 窒素なしモデルの推定結果 (DIC = 2263)．

• 窒素ありモデルの推定結果 (DIC = 2172) …… ということで， またもやこちらのモデルのほうがよい． Ms こと タイミンタチバナ ががんばってるせいか?

• 昨日つくった葉データ 全部みえる表 みると， タイミンタチバナとかあからさまに「明るさ」-「窒素」 が交絡 (confounding) しちゃってるように見えるんだけどねえ? 葉寿命まにあっくなヒトたちは明るさ条件が同一でも 窒素が葉の加齢を促進する (この場合は正確には「加齢」というより脱落時期)， と考えているのだろうか?
• 蛇足ながら La こと バリバリノキ の葉が「明るいところほど長命」なのは「事実」とでも言いますか …… そういうふうに見えるデータだよね．
• このあたりも含めて， また末端側「欠測」データのあつかいに関しても 論文化のときに再検討せんといかんな． 今回のポスター発表では簡単なモデルの推定結果を示すことにして， 昨日の計算のうち 6000 MCMC step 「窒素あり」モデルで得られたあれこれを示して 説明することに．
• 松山移動一週間前にして (発表は来週の火曜日)， よーやくポスター準備用の MCMC 計算ぜーんぶ終了 (のハズ)． Dell 機はいつものことながらごくろーさまでした． 昨年 は自作 Metropolis-Hastings 法 MCMC 計算プログラム (in Perl) で苦闘してたわけだが (いま思うとこれはこれでスゴい計算プログラムだ)， 今回は とりっきーな BUGS プログラミングが必要ではあったけれど， やはり R2WinBUGS 使った計算はぜんぜんラクラクでした …… すでにモデリング試行錯誤は昨年にうちにすませていたから， でもあるんだけど．
• ポスター作業， ひたすら続く．
• 2000 すぎになぜか雑用事務書類提出指示メイルがくる． 2006 年度の兼業状況報告書? 私は 昨年 8 月 に「兼業先: (独) 水産総合研究センター遠洋水産研究所」 でシンポジウム講師として 8 時間働いて 10000 円いただいたことになっている …… よくわからぬまま， このゑくせるファイルを印刷出力してハンコついとく． 明日提出すれば終了．
• ばててきたので撤退． 2130 研究室発． さむー …… -4°C ぐらい． 2145 帰宅． 体重 68.2kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0940): 米麦 0.5 合． ネギ・ナメコ・豆腐の味噌汁．
  • 昼 (1410): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． キムチスープ． リンゴ．
  • 晩 (2250): 米麦 0.8 合． 卵焼き． もずく． ネギ・ナメコ・豆腐の味噌汁．