ぎょーむ日誌 2007-03-11
2007 年 03 月 11 日 (日)
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0830 起床．
朝飯．
コーヒー．
洗濯 & 怠業．
昼飯．
1250 自宅発．
晴．
1305 研究室着．
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屋久島照葉樹 22 樹種の葉寿命階層ベイズモデル WinBUGS 化，
おおづめのシュート伸長の休眠・二度伸びの事前分布
(これは別データから推定したもの)
の導入．
なんでコレが必要かといえば照葉樹のシュートは
「見かけの齢」
とホントの齢が異なるから．
先端についてる葉っぱだからといって
「これは今年でた葉っぱだろう」
と見なすのはまちがい．
そのシュートが休眠してたらもう何年も前からついてる葉っぱかもしれない，
と
(下の図は
昨年 1/17
のぎょーむ日誌から)．
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シュート伸長の休眠・二度伸びの分布を生成する
関数は昨日のうちに作っておいた．
あるシュート (の節) において齢がどれだけススむか，
はゼロ項が「二度伸び」確率となる条件つき幾何分布となる．
このようなけったいな確率分布にしたがう乱数
(単なる乱数ではなく条件つき乱数つまり Gibbs sampler)
は BUGS 言語の中では
dcat()
を使うことになる．
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さらに本来なら 10 年とか 100 年連続の休眠，
ってのもあつかうべきなんだろうけど，
そんなに葉つきシュートは長生きしないだろう，
ということで 7 年連続あたりでうちきる．
つまり事前分布の規格化による条件つき確率分布化，
ということだ．
これは
R2WinBUGS
な R コードの中で計算している．
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1445 ばぐ取りひととーり終了．
試験運転開始．
2000 step で 838 秒か．
DIC = 2123．
葉齢まわりをぜんぶ
exp()
で囲むと DIC = 2105．
あまりかわらんのかなあ．
なぜか「あの」窒素濃度の係数がプラスの偏る．
こんな「ふつー」な結果はおもしろくないのう．
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2000 step では短すぎるような気がしたので 5000 step にしてみる．
1528 計算開始．
えーと
予想計算時間は 35 分間だから 1600 すぎ終了，
か
……
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しかしいったん止めてもひとつ 2000 step 計算やることに．
昨年の牛原さん修論で使ったのはもうちょい別のモデル
(齢に依存する部分を「個別に」
exp() した
やや奇妙なモデル)
で念のため試してみることに．
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お，
DIC = 2086
……
しかし収束はがたがただし解釈はめんどうだから，
このモデルはヤメときますか．
どうせ窒素はプラスのままだし
……
これはおそらく窒素濃度を「中央化」して Gibbs sampler
にわたしているのが原因か?
一年前はこの手法知らなくて
「窒素まわりの収束わるい」
とかいう理解だったんだよねえ
……
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ということで，
齢の係数は
exp(定数項 + 明るさ依存項)
モデルでいこう．
明るさが加齢を促進するかいなか，
というやつね．
窒素依存項もここにいれるべきか?
いや，
「窒素」と呼んでるモノの実体はシュート先端の葉
(年齢不詳ですな)
だから，
現状のままでいいか．
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それより，
じつは今さら基本的なことなんだけど，
発生から (少なくとも) ひと夏を経過した葉っぱの齢は
ゼロとすべきか 1 とすべきか?
めんどくさいから試しに 0.5 としてみる?
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窓の外は雪．
しかし次の次の週の月曜日には松山に移動せんといかんのだよねえ
……
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葉齢 0.5 補正モデル DIC = 2098．
やはり改善されたか．
残念ながらというか窒素依存性はいままでと変わらず．
長 step 計算やる前に「窒素ぬき」モデルを試してみるか．
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「窒素ぬき」 DIC = 2020
……
うーむ．
しかも他のパラメーターの収束も改善された
(じつは
昨年の計算もこういうかんぢだった)．
なぜ「うーむ」なのかといえば
DIC
で「モデル選択」していいのかどうか，
というあたりなんだよね．
うーむ，
ここはひとまず窒素あり・なしの両モデルの計算やっとくか．
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ということで，
窒素なしでまず 4000 step．
1515 秒．
DIC = 2008．
収束だいたいよろしい．
leaf.bugs.NoN.RData
に保存．
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窒素あり 4000 step．
1950 秒．
DIC = 2050．
収束はさすがにマシにはなったが
……
leaf.bugs.RData
に保存．
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作図プログラムをまた手直し．
これが窒素なしモデルの推定結果．
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収束がいまいちなので，
6000 step MCMC 計算を命じるためのしくみを作る．
これは窒素なし・ありそれぞれ
2270 秒 + 2913 秒
で終了した．
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計算まち時間に「葉データぜんぶ見える table」
作ってみる．
R
による「作図的作表」なんだけど，
めんどうなことにと言うか
こういう図を作るには
library(grid)
(grid graphics)
を駆使しなければならない．
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また laser printer CANON LBP-2810 の再生トナーカートリッジ
(cyan)
が不良品だった．
残量 28% でトナーでなくなる．
交換．
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2210 研究室発．
また寒波がきている．
寒い．
2225 帰宅．
明日も真冬日，
という予報か．
晩飯の準備．
晩飯．
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[今日の運動]
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腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 10 ×
3 回．
スクワット 100 回．
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[今日の食卓]
- 朝 (0900):
米麦 0.6 合．
納豆卵焼き．
- 昼 (1140):
うどん．
- 晩 (2440):
米麦 0.7 合．
ネギ・ナメコ・豆腐の味噌汁．
コマツナあえもの．
