ぎょーむ日誌 2007-01-05

2007 年 01 月 05 日 (金)

• 0810 起床 …… とくに不調感は何もないんだけど， 起床時間がいまいちばらつきがち． ともあれ， 昨晩解体した「部品」あれこれをもえないゴミとして出してみる． 朝飯． コーヒー． 0955 自宅発． 晴． 暖かいかんぢで冬らしくない …… しかしあとで調べてみたら現時点で札幌市内は氷点下だった． 1010 研究室着．
• アカマツその他いろいろ気になる仕事はあるんだけど， 時間やりくりの観点からまずは生態学会松山大会の一般講演 (ポスター発表) の 要旨 (1 月 9 日 (火) 17 時 〆切) の準備を本日中にどうこうしなければならぬ．
• ということで， 葉寿命な作文 …… しようとしてもアタマがきりかわらず， とりあえず牛原さんの修論や菊沢さんの葉寿命本ながめたり．
• そういえば， 年末年始あたりにこのへんの計算を 「本番用」にやりなおそうと考えていたんだけど， ぜんぜん着手すらできなかったな． いや， 昨年の今ごろ さんざん苦闘していたんで， ひととーりの計算結果はそのときに得られてはいるんだけど．
• 昼飯時間． しかし (effective な) 院生密度はすでに十分たかく， そのためお茶部屋の昼飯どき喧騒がこちらにも伝わってくる． ともかくあと一時間ぐらいは近づかないほうが安全だろう． もう平穏な日々は ……
• 1310 要旨 800 字ひととーり書けた． 発表者が私なんで， やはりかなり統計モデリングよりな内容に． みなおしていると， えーい， 大会企画委員会から

  日本生態学会54回全国大会 一般講演 でご講演予定の 「屋久島照葉樹の葉寿命推定の階層ベイズモデル」 の要旨がまだ登録されていないようです．
  締め切り（2007年1月9日17時）が迫っています． ……

  なるメイルが． わかってますって．
• 1330 共著者の牛原さん・甲山さんに 「要旨みてください」 メイルを送信． わたし的には， 一件落着． お茶部屋方面も静かになったようなので， 昼飯．
• 屋久島「本番用」再計算は …… 順番からすると今月末の「統計学授業」の準備がオワってからだな． 残念ながら． 授業準備は毎度毎度のことながら 「たいへんそう」 感が先だってしまって， ですね ……
• 一時間ほどかけて香川の伊藤さんにアリメイルかき． 科研費ぷろじぇくと代表者・東さんが「てきとうに」 書いたのではないかと思われる「外来性侵入アリの分布拡大」 といった現象の解析を (部分的にでも) 可能とするデータをお持ちなのは 伊藤さんだけでは，
• 屋久島要旨に関して， 甲山さんからすでに 30 年前にシュート伸長休眠について言及した研究がある， と教えていただいたので， ネット上で少し探してみる …… みつかった． 湯川淳一さん (昆虫生態学が中心のかた) による 「バリバリノキ幼木の葉の寿命と落葉過程」 で， 昆虫屋さん的なおもしろい葉齢分布解析． たしかに伸長休眠に関するデータもあるけど， 葉齢分布とは直接的に結びついてはいない， つまり今回の屋久島葉寿命モデルとはかなり異なる． ともあれ， 要旨の表現はちょっと変えてみる．
• お茶部屋に休憩にいくと， れぽーと作成雑談にとっつかまってしまって …… はい， むろん当方にとってもかなり勉強になりました (棒読みではありません)．
• アカマツ補償モデルのメイルかき． 同化器管における補償という現象， じつは不勉強なのでよく知らないんだけどなかなか不思議な現象だよなぁ ……
• 外来のデータ解析こんさる． 一般化線形混合モデルを計算する R の glmmML() で「あてはまりが悪そうなモデル」を計算させると，

  [glmmml] fail = 1
  以下にエラーglmmML.fit(X, Y, weights, start.coef, start.sigma, fix.sigma,  : 
  

  といったエラーがでて計算してくれなくなることがある． こういったときは

  glmmML(あれこれ, start.sigma = 2)
  

  などというふうに start.sigma 値を設定してやるとうまくいく場合がある．
• この start.sigma とは sigma の「最尤推定のための試行錯誤計算をスタートする時点での仮の値」 である． じゃあ， sigma って何なのかと言えば， GLMM において「個体差」など random effects を表現させている 正規分布の「幅」のことで， 値の大きさが「個体差」の大きさをあらわしている．
• このようにユーザーが「脱エラー」目的で start.sigma を指定して計算させる場合， start.sigma の default 値は 0.5 なので (help(glmmML) 参照)， 0.5 より大きい値を設定してやる必要がある …… 最尤推定の収束計算がうまくいかない場合， たいていは start.sigma が小さすぎるためだ．
• うーむ， 「新しい」 glmmML() になっても依然としてこの start.sigma 変更わざ が必要な場合があるんだな …… ただし， ちょっと試した範囲では， 以前とは異なり start.sigma によって結果がどんどん変わる， といった悪しき事態にはなりにくそうな気がするんだけど ……?
• 北大構内の電話番号混線問題? なにやら私のところに内線電話をかけると， 農学部の別の部屋にかかってしまうらしい， という情報をいただく …… 調べてみると， ここの部屋の電話のケイブルが接触不良で (はい， すみません私のせいです)， そのような状況では「不通」とはならずに他の番号に 自動的に転送されてしまう というのが北大電話線網の仕様だということがわかってしまった． うーむ， これは何がなんだか ……?
• 2000 研究室発． 買いもの． 2022 帰宅． 体重 70.2kg． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): 米麦 0.5 合． ネギ・豆腐・アサリの味噌汁．
  • 昼 (1340): 研究室お茶部屋． 食パン． ミカン．
  • 晩 (2300): 米麦 0.6 合． タマネギ・エリンギ・ブナシメジ・タラすりみカレー．