ぎょーむ日誌 2006-11-22

2006 年 11 月 22 日 (水)

• 0640 起床． よく眠れんかった． 朝飯． コーヒー． 0805 自宅発． 雨． 0820 研究室着．
• 農学部は電力まわりでやられてるみたいだけど， それに関係あるのかないのか， ここ A 棟 8F でも一回だけ瞬間停電があった． サーヴァーたちは無停電装置で保護された．
• データ解析こんさるメイル書き．
• 昨晩おもいついた隠れ変数モデルを BUGS 言語で書いてみて， ちょっと実行してみる …… ふーむ， MCMC 計算の最中に abundance[i] ~ dpois(0.0) みたいな状態におちいってもエラーとかは出さないみたいだ． マトモな計算ができているかはいささか疑問だけど．
• 計算時間は今までの二倍以上かかりそうだな …… とりあえず 200 MCMC step で 300 秒か． 二倍にはなっていないか． そして最初の 200 step ぐらいは計算できる， とわかった．
• じゃあ， もっと長くしてみたら破綻したりするかもね， と 600 MCMC step ぐらいにしてみる． 私の ThinkPad X31 では非力な気がするので scp で A801 室の Dell Linux デスクトップ機におくりこみ ssh で実行を命じる．
• 600 step で 330 秒． やっぱり速いね． そして， これも予想どーりというべきか収束がよろしくない． というか， すごく悪い． 興味ぶかい．
• 隠れ変数の悪用方法をちょっと変えてみる． 具体的には 「平均ゼロのポアソン分布」 → 「かぎりなく平均ゼロにちかいポアソン分布」． いや， あまり結果は変わらんような気がするな． よくわからんまままた実行 …… この変更によて計算時間は 370 秒に増大． そして収束は …… うーん， ちょっとマシぐらいのかんぢだろうか? まだまだぜんぜんよくないけど．

• こういうのってもっと長く計算すれば解決するものなのかしらん? ということで n.iter = 3000 としてみる． 予想計算時間は 1850 秒， 31 分間ぐらいか．
• またメイルかき．
• 1780 秒． 収束は …… 三重連鎖がかなりヒト山になってきたけど， まだまだだな． そして「やちパワー」の影響がかなりあいまいになっている． ところが「やちパワー」地図でみると， いま試験運転用にみている植物の当年生実生はかなり 「やち」重視のようなので， これはやはり私の隠れ変数モデリングに何かへっぽこなところが まだまだ残存しているのだろう． 基本的なかんちがいとかもあるかも．
• 計算はいったん休止してメイルかきのつづき． 全国的にデータ解析のしーづんなんですかねえ ……
• さーて， また統計モデルの修正でも …… とそちらに没頭してるとまた運動不足になるので， 1210 研究室発， 北大構内走． 晴． 構内は落葉． と思っていたらいきなり雪がふってきた． 1255 研究室もどる． 昼飯．

• ZIP を実現する隠れ変数階層ベイズモデルのみなおし …… うーむ， 一ヶ所 variance がいれちがいになってるところがあった． しかしこれぐらいで計算がおかしくなるものかな? とりあえず 300 MCMC step で試運転． 370 秒で終了． 混交は今までよりかなりマシになった． これでよさそう．
• さて， となると「やちパワー」のききかたの問題だけど …… これって「やちぼうず」直上で最大になるんだけど， そこには他の植物は入れないんだよね． やちぼうずを形成しているスゲとかが密集しているから． そのあたりうまくモデリングせんといかんような気がする．
• いきなりすごい雪． 窓の外はホワイトアウト．
• 安直ながら 「やちパワー」 の二次関数にしてみる． 2 パラメーター増加． 計算に時間かかってるな …… 520 秒かかってぜんぜんダメ， とわかった． 考えの足りない安直な複雑化は無意味である， と．
• いきづまったので， 小山さんと昨日の計算結果である事後分布の 自動作図ぷろぐらみんぐ．
• そしてまた階層ベイズ版 ZIP モデル …… うーむ， よくわからん．
• お茶部屋雑談． 本日はめずらしく「食」のハナシではなく， 衣裳に関すること …… 「しゅうかつ」 におけるコートの適切な長さの重要性について．
• やちパワー階層ベイズ ZIP モデル，
  • Logistic 部: ブロック間
  • Poisson 部: ブロック内小区画間
  にばらつき (random effects による) があると仮定してみるのは? それほど悪くない仮定だと思うんだが …… 計算時間は 434 秒に増大 (600 MCMC step)． ぜんぜん収束してない．
• じゃあ Poisson 部分で random effects がない (!) としてみるのは? …… おっとその前にまた定式化の 「ちょっとした」 (などとごまかすにはやや深刻な) まちがいみつけた． いやはや． でそれを修正して 300 秒計算させると， よーやくまともっぽい答えがではじめた． 収束まだまだなんだけど， DIC = 1152 (なんとなくこの値が気になってしまう)．
• もいっぺん Poisson 部にブロック間差を組み込んでみる． 335 秒． これまたぜんぜん収束していない (上もあわせてもうちょい長くとれば良さそう)． DIC = 1243.7
• じゃあもとにもどって小区画ごとに Poisson 部の random effects があるとするのは? これはやはり収束が劣悪． DIC = 1215 か．
• ブロック間差あり， 1000 回． 550 秒． 収束ぜんぜんダメ． DIC = 1295 …… ブロック間差なし． 500 秒． これまた収束ぜんぜんダメ． DIC = 1419 ……
• とはいえ， いろいろな計算結果に共通してあらわれる傾向， というのはだんだんわかってきたな． 「やちパワー」の効力とその限界， みたいなのが．
• といった現状報告 + まともな計算にはまだまだ時間かかるやもしれません， と小山さんに報告． まあ許容される進捗状況のようで．
• yuji_nk さん から Bayesian ZIP モデル情報おしえていただく． ありがとうございます． たくさん Bayesian 本かいている Perter Congdon の一冊 ``Bayesian Models for Categorical Data'' というのがあって， その 5.4 節 (p.167) あたりに Bayesian ZIP の解説あり， とのこと． 対応する WinBUGS コードは ftp サイト内 の BMCD_Programs.zip の Program 5.4.odc．
• 私も粕谷さん科研費でその本を買っていたので (しかし読んでない!)， その zero-inflated Poisson (ZIP) & zero-inflated Negative Binomial (ZINB) を読んでみる …… うーむ， あまり Bayesian っぽくないふつうの ZI モデル解説のような気がする． 生態学まわりではあまり使われてない「ゼロぬき」 ポアソン分布を使ったモデルの説明とかもあり．
• Congdon の WinBUGS コードの解読を試みると， たしかにこれは ZIP の BUGS 的実装になってるよな …… 隠れ変数 T[i] が 1 か 2 の値をとるようにして (わざわざ dcat(...) で二項分布からのサンプル，か)， ポアソン分布の平均をふたつ用意して (そのうちひとつは mu[i, 1] <- 0.0 )， y[i] ~ dpois(mu[i, T[i]]) とかやってるわけね．
• 私の方式は「隠れ変数の悪用」と称してるだけあって， 同じことを実現するのにもう少し邪悪に (あるいはふまじめに) やっている． ブロック差・やちパワーなどに依存する 二項分布にしたがう隠れ状態 T[i] は 0 か 1 をとる値で (T[i] ~ dbern(...))， これを用いてポアソン分布の平均を mu[i] <- T[i] * exp(線形予測子) と表現している． これでもちゃんと動作するし， 自分ではこちらのほうが簡潔だと思うんだけど (もしかしたら Congdon BMCD 本が書かれたころの version の WinBUGS ではこの方式の計算できなかったのかもしれない)．
• 森林総研の永光さんから Cc でメイルいただいたので， 7F 院生室に (放置していた) シウリザクラ作業の確認を …… で， わかったことは 先月 10 日 の「三者面談」以降， 字句どおりの意味において何ひとつとして進捗していなかった， ということ． さすがは野郎大学院生， とやはり自滅型野郎大学院生のなれの果てである 私などは感銘をうけざるをえないのであった．
• 「けっきょくボクはこういうことをやったらいいんでしょうか?」 発言などまだ長き冬眠状態から覚醒しきっていない症状がみられたので， 観測データは取り上げてこちらで解析することに． 自分でも意味がある行為なのかどうかよくわからないんだけど， 図の修正などはやっておくように指示してみる．
• 「やちパワー」試行錯誤をつづけながら， 計算まち時間に R の中でそのシウリザクラ実験データを整理整頓． まあ， なんとかなりそう．
• 2100 研究室発． 2115 帰宅． いつのまにか積雪． 晩飯．

[地環研前]

昼ごろには雪などまったくなかったんだけど， いつのまにやらこういう状態に．

• [今日の運動]
  • 北大構内走 45 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0700): 米麦 0.6 合． ダイコン・ネギ・煮干・ワカメの味噌汁．
  • 昼 (1310): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2230): 米麦 0.7 合． 豆腐． ダイコン・ネギ・煮干・ワカメの味噌汁．