ぎょーむ日誌 2006-10-31

2006 年 10 月 31 日 (火)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 0910 自宅発． 曇． 地衣類繁殖モデルに組みこまれている nest した random effects について検討しつつ， そのへんをふらふらと歩く． 0935 研究室着．
• 「個体 in 岩面 in 岩」 という nested random effect 構造の中で， もしも 『よけーな』 random effect factor があるとすれば， それは何か?」 …… と考えてみたんだけど， 「これはなくてもいいでしょ」 という部分はなさそう．
• たとえば， 「個体」の差ということを考えるとすると …… たとえば一枚の岩面上に複数の個体がいるように見えたとしても， それってもともと一個体だったんだけど， いつのまにかちぎれてしまって， と考えると一個体の複数回観測だよな． ということで， 試しに「個体」による random effects ぬきで MCMC 計算やってみる．
• 計算まち時間． とくに意味もなく， R の pairs()．

• あるいは今日のセミナー予習の論文よみとか．
• 「個体の差」はすごくすごく重要そうじゃない， と 2500 秒の MCMC 計算によって示された． これは意外というか …… つまり一枚の岩面上であっても場所による差だとか， あるいは地衣類 (あるいはその中のソウ類?) たちの「性能差 (遺伝子差にもとづく?)」 がかなり重要みたいということなのだろう．
• 1030 より 1.5 時間ほど， 研究室セミナー で， 塩寺さんの熱帯山地林葉寿命ハナシ． 多種・多変量・季節変化・pseudo replication・形態， と生態学データ解析をひどく難しくしてしまうあれこれがてんこもり …… なんだけど， もし (random effects ぬきの) 比例ハザードモデルが葉寿命なる平均値をうまく推定できている， とするならば，
  1. 窒素濃度 (mg g^-1) なる割り算値より LMA (g cm^-2) なる割り算値のほうが 現象論的なモデルの説明変数としては適切そう (このデータセットには)
  2. 「生活形」内では LMA による従来モデルで 葉寿命は (目的論的に) 説明できていそう (「コストの高い」葉ほどモトをとるのに時間がかかる)
  3. しかしながら「生活形」間で比較すると 来モデルでは説明できない (いろいろな生活形の中で， 高コストそうな葉っぱをつけてる連中は ぱかぱかと使い捨ててるように見え， 一方で安そうな葉をもつ連中は それをけちけちと使いのばしている?)
  ぐらいにまとまるのではなかろーか? 3. の「説明できない」はその指摘だけで終わってよいような． 「新理論」を構築できるほどデータもないし (というか， これ以上データがあっても難しすぎて解析できそうにないし …… 人類文明の科学の限界?)．
• 地衣類計算， 「個体の差」ほどではないが「岩面の差」も重要みたいだね， とわかった． もはや「総あたり」的に，じゃあ「岩の差」はどうなの? とまた MCMC 計算を命じておいて， 昼飯．
• 母子里林冠とりまとめな作業とか．
• 「岩 random effects」ぬきトリプルちぇいん計算結果でた (計算時間 3000 秒)． 「個体 in 岩面 in 岩」 という nested random effect 構造の中では， こいつの重要性がいちばん低そう …… 朝から「重要」だのそうぢゃないだのといった アヤしげでうさんくさいことばかり述べているが， これは R から呼び出されている (wine 上の) WinBUGS が吐きだす DIC (deviance information criterion) なる数値をながめてつぶやいているわけで …… DIC が良いかどうかはともかく， やはり階層ベイズモデルの世界にもモデル選択規準があったら便利ではあるよな． 単なる平均 deviance でいいぢゃん， とういことなのかもしれんけど．
• 母子里作文を校閲にだしたり， Annika さんの email アカウントを申請したり．
• また計算結果が． こんどは「明るさ」のいれかたを変えてみた …… ふーむ， よけーな変換するなってコトかしらん? 「岩」効果を復活させ， link 関数は log なので (ナマの「明るさ」だと意味不明なのでやむをえず) 「せんたりんぐ」した「明るさ」で再計算を命じる (しかしばかばかしいのでこのあとは log とか logit 変換した値にした)． ホントにいきあたりばったりだな．
• 昼飯が食パン一枚だと日没のころにはかなり空腹感がせまってくる． しかしながら …… この空腹感なるものは 視床下部 の摂食調節機能とかに由来するものとのことで， じつはいまだにそのあたりのしくみがわかってないらしい． たとえば， 血糖値は空腹時でも低下するわけではないらしく， というのも低下したら脳とか動かなくなるわけで． ともかく， いますぐ何か食わなければ餓死するわけでもないのに， 「はらへった」 警報を発するのはなんとかならぬものか． 自分の制御プログラムとかも テキストエディターか何かで簡単に書き換えられればいいんだけど．
• そして院生の計算機に R インストール作業 (こういう単純作業をやると空腹感は忘れられる) …… たしかに CRAN の 「どこに最新版 R があるの?」 ってのはわかりにくいねえ．
  1. まずは http://www.r-project.org/ の News で最新の version 番号 (2.4.0 とか) を確認する
  2. CRAN のミラー， たとえば (もしあなたがゐんどーづ使いなら) ftp://ftp.ecc.u-tokyo.ac.jp/CRAN/ の下の ftp://ftp.ecc.u-tokyo.ac.jp/CRAN/bin/windows/base/ にある最新版 R (ここでの例だと R-2.4.0-win32.exe) をダウンロード， それを「実行」してインストール
  (後記: いやはや， 当然ながら ftp:// 経由でつなぐより http:// でつなぐほうがわかりやすいわけで …… R のインストール 参照)
• 1920 研究室発． 雨． 1935 帰宅． 体重 72.8kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • またうんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.6 合． ブナシメジ・ワカメ・煮干の味噌汁．
  • 昼 (1340): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2010): うどん． ブナシメジ・ワカメ・煮干の味噌汁．