ぎょーむ日誌 2006-10-27

2006 年 10 月 27 日 (金)

• 0725 起床． 0735 自宅発． 晴． 0750 研究室着． 朝飯． コーヒー．
• 昨日， Linux 上の Wine を使って WinBUGS をインストール & 実行可能な環境を構築したわけだが …… 1.4→1.4.1 に update する patch をあてるのを忘れてた．
  1. WinBUGS ペイジから patch for 1.4.1 をダウンロードする; そのまま保存すると WinBUGS14_cumulative_patch_No1_13_09_04_RELEASE.txt というファイル名になる
  2. WinBUGS 起動
  3. File → Open → 「ファイルの種類: txt ファイル」 で上記 patch file を WinBUGS 上で開く
  4. Tools → Decode で 「Decode All」 であれこれインストールされて終了
• 昨日・一昨日と JAGS で計算させていた志水さんの地衣類繁殖モデル， これを R 上の library(R2WinBUGS) を経由して Wine に WinBUGS を動かさせてみる， という試みにとりくむ．
• JAGS と WinBUGS は互換性が高いので コード改造などの必要はほとんどなく， この地衣類モデルのごとき単純な階層ベイズモデルならば モデル定義ファイルなどは原理的には「互換」のはず， なんだが …… やはりエラーが出まくり苦闘の午前中となった．
• ともかく重要なのは library(R2WinBUGS) の bugs() で WinBUGS を呼び出すときに， bugs(..., debug = TRUE) というオプションをつけることだ． これによってエラーの種類とその「位置」 (WinBUGS 上に示される) が特定される． どんどんエラーがでてくるので， どんどん修正．
  • 1.0e-3 というふうに小文字を使うのは不可 → 1.0E-3 とする
  • dpois(exp(...)) は不可 → 下のようにする

    	lambda <- exp(...);
    	apothecia[i] ~ dpois(lambda);
    

  • このように変更すると lambda が multiple identification だとエラーがでる → そこで以下のように変更する

  	lambda[i] <- exp(...);
  	apothecia[i] ~ dpois(lambda[i]);
  

  • よけーな (使わない) データを渡すと undefined variable と言われる → よけーなデータは bugs() に渡さないようにする
  …… と， どんどん修正していったあげくにつきつけられた最後通牒とでもいうべきエラー: educational version cannot do this model
• てめー， このばぐす野郎どもめ …… と立腹してみせてもしょうがないので， Registration Form (登録は無料なんだけど) をかいて送信． すぐに educational version 解除 key を暗号化して送ってきた …… のは良いんだけど， This key expires on 31st December 2006 とは? なんでこんなにすぐに無効になるわけ? もう WinBUGS なヒトたちの思惑は考えないことにして作業をススめる． 上の patch あてと同じ手順で制限解除．
• 制限解除してもまだ WinBUGS の Gibbs sampler はあーだこーだと文句ばかりつけてきて計算はじまらん …… trap window とかが出て， shape parameter (r) of gamma iv.pface too small -- cannot sample …… ということで超事前分布 (hyperprior) の 「無情報ぶり」 を調節してみたり …… といった悪戦苦闘のすえに， よーやくこの地衣類繁殖モデルに関する試験運転に成功． モデル定義ファイルはまだ JAGS との互換性を維持している． すでに正午．
• 気のせいか「さっさと昼飯くっとけ」 といったようなご指示をうけたような気がしたので， 北大生協で昼飯調達． その前に 100K MCMC step の試験運転を R2WinBUGS に走らせておく． お茶部屋でさっさと食ってしまう．
• 昼飯後もまだ時間的ゆーよを与えられてるようなので， 試験運転的な計算のつづきを． なんと JAGS だと 74 分かかる 100K MCMC step計算が 42 分で終了． しかも混交のぐあいも一見したところ良さげに見える (下の図にはこのあたりは示されていないが)． 収束も速いのかもしれん (とすれば， こんなに長い計算は不要ということになる) …… そして得られた bugs object をそのまま R で plot() するとこうなる． ふーむ ……

• で， 次に超事前分布をエラーがでる限界ぎりぎりまでひろげてみると …… (また 40 分間ほど経過) …… 結果がびみょーに変わった． アヤしいパラメーターはやはりアヤしい， という結果になったな．
• 収束のぐあいを調べるため， n.burnin や n.iter をかなり短く， そしてチェイン数を 3 にしてまた bugs()． 50 分ぐらいかかるだろう．
• ぱそー 下うけぎょーむ． 10 月ぶんは本日で終了する予定．
  • 野外調査用データシート自動出力の改善
  • 野外調査用 5m×5m 局所地図 1000 箇所「地図帖」自動生成
  • 50ha 地図
• R + LaTeX 生成するデータシートは以前と同じで列名を変更したり．
• 「地図帖」は 5m×5m subgrid ごとに 1000 樹木ぶん， こんなかんぢで 84 ペイジ出力． これは R だけで作れる (そして pdf() で出力)．

• そして 50ha 地図はふつーにかんなかんぢで． 点々は選抜された (第一セットの) 1000 個体．

• ということで夜までかかって Pasoh 仕事ひとまずは終了．
• 志水さんの大雪山系地衣類ベイズモデルの WinBUGS Monte Carlo トリプルチェイン計算のほうは …… ふーむ， 興味ぶかい．

• 2015 研究室発． 2030 帰宅． 体重 72.4kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • またまたうんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 研究室お茶部屋． Sunks のサンドイッチ．
  • 昼 (1240): 研究室お茶部屋． 北大生協の巻きずし． 389kcal．
  • 晩 (2100): うどん． チンゲンサイ・ネギ・豆腐のシチュー．