5.8 Directed Cycleとのこと． これだけ， だけど． やはり昨日みつけた chain graph うんぬんは Plummer さんのまちがい?
Directed cycles are forbidden inJAGS. There are two important instances where directed cycles are used inBUGS.For the first case,
- Defining autoregressive priors
- Defining ordered priors
GeoBUGSextension toWinBUGSprovides some ways of defining autoregressive priors. These should be available in a future version ofJAGS.
geoRglm()
などでとりあつかったりする問題)
library(coda)
の read.coda()
とかで読んでいつものごとき図が描けるようになった．
dnorm()
内のごちゃごちゃ計算は許されない，
とわかった
in OpenBUGS ClassicBUGS release 2.1.1)．
とうぜん Gibbs sampling もできる．
model
{
tau <- 1.0 / (1.0 - rho * rho)
yr <- y * rho
x ~ dnorm(yr, tau)
xr <- x * rho
y ~ dnorm(xr, tau)
}
read.coda()
して図に描くとこうなる．
平均ゼロ，分散 1，相関係数 0.8 の二変量正規分布．
観測データがない場合でも，
上の model { ... }
のように定義してやれば，
こういう確率分布の Gibbs sampling ができる．
model{ ... }
を今度は JAGS に計算してもらおうとすると，
マニュアルとかに書いてあるがごとく，
directed cycle はダメ，
と却下されるわけで．
Welcome to JAGS 0.90 on Sun Jun 25 15:09:39 2006 (seed = 1151215779) JAGS is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY Parsing model file twodmodel.bug Reading data file twoddj.R Compiling model graph Resolving undeclared variables Allocating nodes Checking graph RUNTIME ERROR Directed cycle in graph Deleting modelいやはや． OpenBUGS とくらべて JAGS は 「すっきりしたかんぢ」 がするので， JAGS のほうの発展を期待しているんだが …… まあ， しばらくは両方を使うことになりそうですなあ．