ぎょーむ日誌 2006-06-24

2006 年 06 月 24 日 (土)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 洗濯 …… がたくさんあるな． 怠業．
• 1310 自宅発北大構内走． 晴． 1425 帰宅． 体重 73.6kg． 昼飯．
• 1645 自宅発． 曇． 1700 研究室着．
• 昨日もかいたけど， JAGS の現 version で ``cycle'' が許されないらしい， というのはモデリング上いろいろと制約になるよな， というのを検討している． たとえば， これでは Gaussian Random Field みたいなモデリングができないと思う． そもそも cycle はいったいなぜ許容されないのか?
• で， 今年ヘルシンキで開催された IceBUGS (BUGS 系ソフトウェアの workshop) における JAGS 作者 Plummer さんの発表の中の Future plans に ``Allowing chain graphs (paves the way for spatial processes)'' とある．
• この ``chain graphs'' って cycle のコトか? と思って調べてみると …… どうも こちらの説明 とかみると， そうではないらしい． とゆーか， chain graph すら許されないのであれば， モデリング可能性はますますせばまるなあ． 当方としては undirected graph が使えれば， それでよさそうなのではと考えてるわけだが …… しかし JAGS では無理だろう
• 追記: しかし考えてみると， アカマツ成長の階層ベイズモデリングの計算のため， JAGS で chain graph は使った ……

  y[i] ~ dgamma(
  	exp(beta0 + betaT * treatment[i]) * x[i] * rho.g,
  	rho.g
  );
  z[i] ~ dgamma(
  	exp(alpha0 + alphaT * treatment[i]) * (y[i] - x[i]) * rho.a,
  	rho.a
  );
  

  つまりどっちでも x[i] を使ってるわけで． Plummer さんのいう chain graphs はやはり cycle のことか? だとすると spatial うんぬんとつじつまがあう．
• 何が許容されて許容されないか， といったあたりの理解には (Bayesian) graphical modeling の勉強とかが必要になるんだろうか． それともこれは Gibbs sampler の実装の問題だろうか． うーむ．
• ということで， OpenBUGS の動作について少し調べてみる． RjpWiki の説明を参考にしつつ …… なんとか動かせた．
• しかし OpenBUGS ってのも JAGS 以上にめんどうそう， というか …… 使いこなすためにはまたいろいろと調査・実験が必要だな． 先に (まだしもわかりやすい) JAGS に手をだしておいてよかった． OpenBUGS ではアカマツ再計算すらもままならぬ状態におちいったかも．
• 1940 研究室発． 2000 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 75 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 食パン．
  • 昼 (1450): 蕎麦．
  • 晩 (2230): 米麦 1.0 合． ニラ卵． ホウレンソウ・ブナシメジ・豆腐のスープ．