ぎょーむ日誌 2006-06-23

2006 年 06 月 23 日 (金)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 0920 自宅発． 曇． 0935 研究室着．
• 昨晩きいた小林君の黒松内問題にとりくんでみる． 「まあ， 簡単に片づくだろう」 と思ったんで． 例によって， このみとおしは (やや) 甘かったわけだが．
• データに日本語文字あれこれが． R (2.3.1 Linux 版) で日本語文字データをあつかう場合は， コードが euc-jp で書かれていなければならない， と． おそらくゐんどーづとかだと shift-jis にそろえているんだろう．
• そして， いつものことながら …… R には強力な「データ入力まちがい発見」能力がいろいろとあり， ぼろぼろと入力まちがいがみつかる． 小数点うちわすれ， 種名の不統一， などなど．
• で， データ解析の場合， 統計モデリングだの計算だの何だのやるまえにまずは作図しなければならない． これをやらないのは， 地図をもたずに登山にいくようなものだ． とくに今回は空間統計学がらみなので， 文字どーり「地図」作図にさまざまな工夫が必要になる．

[黒松内森林 census データの一部]

先日の大学院実習で小林君指揮のもと M1 の皆さんがとってきたデータ， の一部． もちろん R による作図． 後述するあれこれ計算の結果の一部も反映している． わざと低解像度にて表示．

• 小さい個体からみた最近傍のでかい個体， を探す部分まで作っていったん休憩． 雨の中， 北大生協 (中央) まで昼飯調達にでる． 研究室にもどって昼飯．
• 黒松内問題， 最後に最近接「でかい」個体の無作為化組成分布を計算する関数をつくる …… 1400 終了． 小林理論は …… どうも (調査はまだ完全には終了してないんだが) この観測データからは支持されてないよーだ． で， ご本人は本日は羊が丘の森林総研北海道支所に行ってるんだよねえ． まあ， べつに急報することでもないし．
• 8 月末のモデリングシンポジウムの案内いただく． うーむ， MCMC 計算つかった何か …… ということで， 母子里ダケカンバ林冠モデルとアカマツ成長モデルは何とか発表できそうだな． 苫小牧 leafminer とか屋久島葉死亡とか， そのあたりまでに整理できてればよいのだけど， まあ無理という気もする．
• 苫小牧樹木直径成長論文， 再投稿準備中の原稿よみなおし． はい， よみなおしております …… うーむ， これってやっぱり「種間比較」というか， 種間のちがいの統計モデリングをちゃんとやったほうが おもしろくなるんだろうなあ． って， いっぺんに何もかもつめこむわけにはいかんのだが．
• ちょっと JAGS で遊んで …… いやいや次の次ぐらいの仕事に関する予備調査を． いろいろ実験したり， Martyn Plummer さんが書いたものをひっくりかえしたりしてわかったんだが， JAGS では

  	x <- x + 1;
  

  といった代入は許されない． JAGS では ``NO cycles -- intrinsic priors for autoregressive processes'' ということで

  	x ~ dnorm(y, 1);
  	y ~ dnorm(x, 1);
  

  みたいなのは許されないらしい， というのはわかっていたのだが (アカマツモデリングやってときにコンパイルエラーでた)， それだけでなく ``<-'' つかった代入でも「るーぷ」がダメみたいだ (WinBUGS ではどちらも許されるようだ)．
• となると 先週うだうだと検討 してたよーな空間統計がらみのハナシは JAGS ではできぬと絶望すべきなのかとゆーと， 必ずしもそうでもないらしく …… 今回いろいろと調べてみたところ， sum(x[i,]) (和) だの inprod(y[], z[, k]) (内積) だのという配列の計算関数は使えるとわかったので， これらを駆使すれば距離加重和みたいなもの (あるいは苫小牧樹木直径成長モデルの「気象値」みたいなもの) は計算できるだろう， という可能性はまだ残されているのである．
• 1950 研究室発． 2010 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 今日もうんどう休養日になってしまった
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): バゲット．
  • 昼 (1310): 研究室お茶部屋． 北大生協の韓国ふう海苔巻．
  • 晩 (2200): スパゲッティー． トマトソース．