ぎょーむ日誌 2006-04-04

2006 年 04 月 04 日 (火)

• 0850 起床． 朝飯． コーヒー． 1010 自宅発． 曇． 1025 研究室着．
• 質問メイルあれこれへの返信がとどこおっていたので， 回答メイル送信にとりくむ．
• 回答を考えるときにも R で試行錯誤してみる． 動物個体の 1 vs 1 のケンカ勝敗の統計モデルは Bradley-Terry model ってことなんだけど (というハナシを先月末の「合宿」 できいた)， これに対戦する個体たちの「個体差」 (random effects) をいれるにはどうしたらよいか?
• つまり random effects を (少なくとも) 二ついれた mixed model を計算しないといけない． 調べてみると (あるいは「合宿」のときに 齋藤さん が指摘しておられたような気がするんだけど)， lmer() だとこういうふうに「ふたつの (階層構造ない) random intercept」をいれて推定計算することができた．

  	lmer(y ~ (1 | id1) + (1 | id2) + x, data = df, ...)
  

  いや， まてよケンカ解析の場合は「random effects の差」が必要なわけだよな， とこれも試してみると，

  	lmer(y ~ (1 | id1) - (1 | id2) + x, data = df, ...)
  

  私が作った簡単な乱数データ例ではかなり正しく計算しているように見える． ふーむ， すごい． (後記: これはたぶんまずいやりかた． こういうふうに単純に id1 と id2 としてしまうと， ケンカに勝つときと負けるときで「個体差」 random effects がちがってくる， といった奇妙なことになってしまいそう)．
• つまり 1 vs 1 ケンカ統計モデルなら， lmer() で対戦者それぞれの「個体差」考慮した推定計算できるかもということだ． しかも method = "Laplace" で尤度近似計算がうまくいってる， とみなすなら AIC によるモデル選択 (あるいは尤度比検定など) もできる．
• といった返信かきが終了． 郵便局で応用統計学会年会費 5000 円しはらいとか， 郵便ぎょーむ． 帰りに北大生協によって書籍部まわったり． またどこかで馬ゾリがすたっくしてるらしく， 札幌の本屋には Salsburg 訳本 が届いていない． 昼飯調達してから， 研究室にもどって昼飯．
• 北海道まだまだ寒い． 東京あたりと比べると 20°C ちかく差がある．
• 昼飯後はネット雑用などなど．
• で， 夕方になってしまった．
• なンと一ヶ月間放置してたデータ解析こんさるに着手． 雨龍研究林の吉田さん・野口さんのデータ， その解析を zicounts() でやってみたら何やら推定計算がうまくいかなかった (推定値が NA とかになってしまった) らしい．
• 二時間ほどいろいろ調べてみて原因わかった． 説明変数に胸高断面積 (basal area, BA) 使っていたのが原因だった． これってすごく歪みのおおきい量で …… 多くは小 BA 区画なんだけどここにあわせて推定計算すると 大 BA 区画のあてはまりが劣悪になって推定計算がうまくいかない， となってるようだ． とくに link 関数が "log" の場合なんかは悲惨なものになる．
• 森林のヒトたちは BA が何かしら 「生物学的意味のあるもの」 と考えてこういう歪みきった量 (あるいはこれよりヒドい「材積」なんかを) を使うわけだが …… まあソトから見てるぶんにはそれほどありがたい数量でもないと思う．
• 解決策は簡単で説明変数の BA を sqrt(BA) とすればよい． パラメーター推定の収束計算， これで何の問題もなくできるようになる …… といった内容のメイルを， 遅れのおわびとともに吉田さんにおくる．
• 1850 研究室発． 1900 帰宅． 晩飯の準備． 運動． 体重 72.8kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • エアロバイク 50 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): ヨーグルト．
  • 昼 (1340): 研究室お茶部屋． 韓国のりまき． 338 円．
  • 晩 (2210): 米麦 0.8 合． ネギ・モヤシ・ブナシメジ・豆腐・海藻・サケの味噌汁．