ぎょーむ日誌 2006-03-06

2006 年 03 月 06 日 (月)

• 0900 起床． ダメだ． 生活周期が． コーヒー． 朝飯． 1015 自宅発． 晴． 1030 研究室着．
• 母子里 Gibbs 林冠モデルの試験運転をつづけつつ， ぎょーむ日誌かきメイル書きとか． 今日いちにち， 試験運転 & 試行錯誤やりつつ何かする， という状態が続く．
• こころみにこのあたりを Gibbs 林冠モデル 内 に記録してみる． ここはウラから VikiWiki でデータ管理してるもんで．
• 気になる点． 葉群をファイル出力 → その出力ファイルを入力データとして読みこむと， ほぼ完璧に林冠が再構成されるんだが， 場所によっては明るさ (これは再計算された値) が 0.1-0.3% ぐらいずれるんだよね． 不思議だ．
• 改善された点． 空中浮遊葉が少なくなった． 光観測点のひとつ上にもし観測点の明るさをどう設定するか， という問題． これまで「開空率 100%」としていたけど， これが原因で林冠より上に葉っぱが数十枚ふわふわ浮いてたんだよね …… これは林冠の上の観測点での明るさが 100% ではないため．

[空中浮遊葉を消す]

そこで 「上をもたない」 観測点の明るさを「上」にコピーしてやると， そこによけーな葉が押し込まれる確率は低くなり， 左の図のごとく比較的すっきりする．

• ふと計算まち時間が生じてしまった． 一昨日・昨日の 進化植物学研究会 にも参加していた北大農学部造林の勉強家学部生 富田君 (四月から東北大の 鳴子 に進学) の Web 日記 2005-10-21 (と進化植物でのいろいろなやりとり) に触発されて， Burczyk (ポーランドの人……どう読むかわからん) とかの論文をダウンロードしてみる．
• この Burczyk は 10 年 (以上) 前から 「花粉親としての成功」 を多項 logistic モデルで推定してるんだよね …… これは私が 2004 年初めごろ 思いついて 「こういうモデルって誰も考えてないだろうなあ」 などと考えてしまってたのとほぼ同じもの． ちょっと検索してみると さらに同系統のモデルは以前から世界のあちこちで何度も発明されている (EM アルゴリズムで系外の遺伝子頻度を推定していくやつとか)．
• 亀山さんに教えてもらったところなど勘案しつつ邪推すると， どうも遺伝子とったり調べたりは好きだけどデータ解析とか好きではない 日本だけがとりのこされてんぢゃないの， というような …… ただし最近出版された サクラソウの分子遺伝生態学 第 12 章には多項 logistic なモデルが紹介されている (2005 年に発表 されてる …… (訂正) 花粉親としての成功要因を多項 logistic モデルで調べる北本さんの 論文は上の 2005 年 Molecular Ecology ではなく，

  Kitamoto N et al. 2006. Effect of flowering phenology on pollen flow distance and the consequences for spatial genetic structure within a population of Primula sieboldii (Primulaceae). American Journal of Botany 93:226-233. (URL)

  でした)．
• そして松田さんと駒ヶ岳ミネヤナギが他種の開花おたすけしてるのか， の GLMM 解析 (混合ロジスティックモデル)．
• 2000 研究室発． 2008 帰宅． 体重 72.8kg． 晩飯．
• また計算ぢたばた．

[ながーい MCMC 計算]

やはり最初の 150 万 MCMC step は捨てないといかんかな． しかし 「いつぐらいからサンプリングしてよいか」 は試行ごとに数十万ステップずれるんだよね …… 計算の設定:

light_mixture           0.5     # [0, 1]
transmittance_fbox      1.00    # [0, 1]
radius_leaf             5.0     # [cm]
angle_e_range           0.0 0.5

• あ． もう真夜中だ．
• POV-Ray 図をアニメイションで見てみると， MCMC 計算の平衡状態においては， 暗い部分の葉っぱ (青いところ) が激しく明滅し， それに対して林冠上層部の葉っぱはぴくりとも動かない， とわかった． 当然といえば当然の結果だよな． そして， このことは林冠生産力にはあまり寄与してなさそーなところだけが 入れ換わってることを意味する． うーむ …… 対抗策としては， 葉っぱを動かしたり回転させたり， というあたりか．

• [今日の運動]
  • ぢたばたうんどう休養日 …… まずい， 今週も運動休養になりがちの予感 (3/8-3/10 出張)
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): 米麦 0.7 合． ハクサイ・ニンジン・シイタケ・タラすりみシチュー．
  • 昼 (1330): 研究室お茶部屋． 米麦 0.5 合． ハクサイ・ニンジン・シイタケ・タラすりみシチュー．
  • 晩 (2030): 米麦 0.7 合． ニラ卵． 海藻スープ．