ぎょーむ日誌 2006-01-10

2006 年 01 月 10 日 (火)

• 0900 起床． ねむい． 朝飯． コーヒー． 1010 自宅発． 晴． 1025 研究室着．
• 1030-1205 研究室セミナー， 本日は井田君で美唄とサロベツの湿原にはえる タチギボウシ の開花 (その他) フェノロジーと種子食われの関係． なンとなくの印象として， もし開花時期が種子食昆虫のフェノロジーに依存してるなら， 美唄は「早い方向にずれる」 でサロベツは「ある時期にそろう」 かも， という気もするんだけど …… 少なくとも美唄に関してはホントに毎年そうなるかはまだわからない， とのこと．
• さて， 昨晩からやらせていた
  • MCMC 改良: 平均うごく事前分布 & 対称サンプラー
  • 50 MCMC step とばしのサンプリング
  なんだが …… だいたい予想どーりの結果ではある． しかし， 葉っぱ死亡のモデルに関しては 50 MCMC step とばしの 1500 sample ではまだ収束してないかも， というかんぢだ． えー， つまり「間隔をあける」ではなく 「もっと長くとる」という方向で調べないといけないわけだが， この計算では「長くとる」のは「間隔をあける」ことで実現してるわけで ……

シュート伸長の休眠・二度伸び

葉面積あたり窒素量モデル

葉重量あたり窒素量モデル

• さて次の計算だけど， これをいきなり 100 MCMC step とばしにするのではなく …… 「モデルがあまり適切ではないかも?」 という可能性を考慮して， 葉っぱの死亡を表現する確率モデルに少し手を加えてみるべきだろう． 現在のモデルは毎年の死亡確率の線形部分が

  1 + (1 + 明るさ) × 葉齢 + 窒素

  となってるんだけど， これを

  1 + 葉齢 + 明るさ + 窒素

  としてみたらどうなるかな? ということで 50 MCMC step とばしにて計算を命じる．
• 昼飯．
• 屋久島計算発注者の牛原さんに計算の現状説明．
• お茶部屋で統計学雑談．
• 生態学会新潟大会の ポスター発表の講演要旨 登録． 昨年 8 月ごろ にやってた， 母子里林冠推定の MCMC 計算．

  林冠三次元構造を推定する MCMC 計算法
  ○久保拓弥 (北大・地球環境)・小林剛 (香川大・農)・加藤京子 (JST/CREST)

  森林の林冠部における光強度の空間分布の実測値を用いて葉群配置を推定する新しい方法を提案する．植物群落 (林冠) の生産力を推定するためには，三次元空間上に分布しているそれぞれの葉群における受光量が必要である．しかし，林冠内すべての葉での受光量の直接測定は不可能である．これに対して，林冠を三次元格子で区分けし，各格子点における光量子密度の瞬時値は比較的測定しやすい．この観測による「三次元光分布データ」があれば，門司・佐伯モデルの考えかたを応用して葉群の分布と各葉群における光強度の推定が原理的には可能である．ところが，観測された三次元光分布を (おおよそ) 「再現」する葉群の配置は無数に存在し，光分布を再現可能な葉群配置ごとにデータへの「あてはまりの良さ」が異なる．これは「もっともらしい」葉群配置たちが Gibbs 分布に従うためである．そこで Markov Chain Monte Carlo (MCMC) 計算によって葉群配置の「サンプリング」によって対象林冠を「再構成」する方法を開発し，その妥当性を検証した．

  林冠構造の推定に用いた三次元光分布データは北大雨龍研究林 (母子里) 内の 17 年生ダケカンバ林 (樹高 7-9m)で 2002 年 8 月に得られた．フォトダイオード (浜松ホトニクス) を 0.3m 間隔に配置したアレイを作成し (農環研・西村誠一博士による)，これを 3m×6m 方形区内で水平方向に移動させ，各格子点における光量子密度を測定した。さらに測定高度を 0.6m 間隔で変化させ，三次元光分布を得た．リター量から見積もった葉の密度なども参考にしつつ，光分布のデータから MCMC 計算によって林冠葉群配置を推定し，さらにこれを用いて林冠光合成生産量を算出した．

• 1830 ごろ (所用のついでに) 苫小牧の村上さん・平尾君 parsitoid 師弟がくる． 平尾君の講演要旨拝読する． Parasitoid モデリングに geoRglm を「使えるかどうか」雑談 …… 平尾君はみかけによらず豪傑で， 計算まったくやってないこの状況でも講演要旨を書き上げてるんだよね．
• 屋久島 MCMC 計算， 次の結果がでた． 昨晩やらせていたのはいわば「明るさが加齢を加速する」モデルだったんだけど， 今回は「明るさが老化開始時期を早める」モデル． 上と同じ， 50 MCMC step とばし．

葉面積あたり窒素量モデル (LMA にちかい量)

葉重量あたり窒素量モデル

• また牛原さんに御報告． 「いやー， なんとなくそれっぽい結果だけど， やっぱりもうちょっと検算とかモデルの改良とか ……」 などとうだうだ言ったら， 「もうまにあわないじゃないですか!」 と怒られてしまった …… ということで， とりあえず MCMC 計算のナゾを探索する旅はひとまずこのあたりで …… となるのだろうか?
• 2040 研究室発． 雪． 2055 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどうぶそく追及の旅， つづく
• [今日の食卓]
  • 朝 (0940): バゲット．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． バゲット． タマネギ・ニンジン・セロリ・ブナシメジ・タチのシチュー．
  • 晩 (2210): 米麦 0.7 合． タマネギ・ニンジン・セロリ・ブナシメジ・タチのシチュー．