ぎょーむ日誌 2005-12-06
2005 年 12 月 06 日 (火)
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0730 起床．
昨晩は晩飯後にすぐ寝たと思ったら真夜中すぎに目がさめてねむれなくなり，
夜明けごろにまた寝た，
というヘンな睡眠パターン．
ねむい．
朝飯．
コーヒー．
0900 自宅発．
晴．
0915 研究室着．
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「今週はちょっとどたばたしておりまして」
メイルを何通かだす．
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100 step とばし (!) の
「すごくぜいたくサンプリング」
1500 回を昨晩帰宅前に計算命じておいた．
計算時間は 213 分．
下の図は全樹種つまり hypespecies (ちょー樹種)
の事後分布なんだけど，
さすがにここまで「ぜいたく」な計算結果使うと，
きれいな (と見える) 事後分布が得られる．
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まあ，
「100 step とばし」はぜいたくすぎるというか
計算結果の過剰殺戮とでもいうべき手口で，
(いままでの計算結果から憶測すると)
10 step で 2000 回サンプリングぐらいが妥当
(まあ問題なさそう)
だという気がする．
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ちなみに収束診断はいいかげんにやっており，
R
の
library(coda)
の heidel.diag()
という一番安直そうな収束診断にほうりこんでるだけ．
今日しめした図の場合 Heidel 的には OK
(昨日のもだいたい問題なし)
ということになっている．
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1030 より
研究室セミナー，
本日は塩寺さんで山地熱帯林の葉寿命というか
「厚さ」 (LMA) は何で決まるか，
というハナシ．
多種系でアヤしげな割り算値がとびまわっているこのあたりは，
なんというか，
難しい．
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昼飯．
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(セミナー前からやらせていた)
第二の
「ぜいたくサンプリング」
MCMC 計算結果がでた (やはり 210 分ちょい)．
今回は Gaussian prior の分散の hyperprior
を (R ふうに書くと)
dgamma(x, 1, 10)
にした
(昨晩の計算では
dgamma(x, 1, 5))．
これぐらいの変更では事後分布どものカタチはほとんど変わらない，
と確認できた．
よしよし．
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しばらく「ぜいたくサンプリング」計算はやらなくてもいいだろう．
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さーて，
べいづ推定の結果を
R
なんかでわかりやすく図示するにはどうしたらよいか，
という問題．
ここまで示してきたような
library(coda)
も悪くないんだけど
……
事後分布を全部
みたいときにはどうしたらよいだろう．
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おそらくその作図のためには
library(grid)
の活用が有効だろう
……
ということで
grid 事始
など読みつつ勉強する．
これって，
ふつーの R の library(graphics)
とはけっこう違うね．
状態を Push & Pop して階層的な図を作る，
と．
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牛原さんが甲山さんところに照葉樹まにあっくハナシを聞きにいくというので，
私もいっしょにおじゃまする．
今後の相談とかも．
しまった，
「二度伸び」って敵国語でどういうのか教えてもらうの忘れてた．
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1900 すぎになってよーやく
Hyperspc-Spc-Individual 三階層
の全事後分布を俯瞰する図ができた．
たとえば，
これは「『暗い』ところでシュート伸長が休眠する確率」
を左右するパラメーターの事後分布．
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22 樹種のうち 4 樹種が
「平均的照葉樹」
らしからぬふるまいを．
サクラツツジ (
Rhta)
とタイミンタチバナ (Myse)
は寝つきが悪く，
逆に
ウラジロガシ (Qust)
とツバキ (Caja)
は眠りこみやすい．
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休眠と二度伸びに関連する 4 パラメーターまとめるとこんなかんぢ．
この観測データにもとづいて
「樹種差」
がある言っても問題なさそうなのは，
じつは上記の連中だけである．
そしてこの標本数では「逸脱した」個体差は見つけられない．
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生態学における難題のひとつである「多種系」における推定問題，
このように Bayesian な統計モデリングでけりをつける，
というのは今後も使われていきそうなやりくち，
という気がする．
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牛原さんにこのあたりの図の説明．
詳しくはまた明日，
ということで．
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さーて帰宅しようか，
と思ったら熱心なる R ユーザーになりつつある M1
たちの一人，
川合さんの訪花データ R 操作こんさる．
はい．
誰でも最初は
data.frame()
まわりは苦闘します．
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2040 研究室発．
2100 帰宅．
晩飯．
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[今日の運動]
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腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 5 ×
3 回．
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[今日の食卓]
- 朝 (0810):
米麦 0.7 合．
ピーマン・ネギ麻婆豆腐．
- 昼 (1250):
研究室お茶部屋．
米麦 0.5 合．
ピーマン・ネギ麻婆豆腐．
- 晩 (2120):
タマネギ・セロリ・豚軟骨の焼きそば．
