ぎょーむ日誌 2005-12-05
2005 年 12 月 05 日 (月)
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0850 起床．
うーむ．
朝飯．
コーヒー．
0945 自宅発．
晴．
1000 研究室着．
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赤坂君予備審．
ていさいは意外と修正されてた．
ハナシの「とび」はそう簡単にはなおらないけど．
あるデータに関して，
(発表者にとって)
ちょっと有利になる解釈に気づいたんで助言してみたんだけど，
本人は依然としてこわれぎみだったので，
その利用法に気づかなかった．
1115 すぎに終了．
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屋久島問題，
昨日の検討結果を実装する方法を考えてみる．
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今日の弁当もってくるので，
速足で往復 20 分間ついやして取りに帰る．
午後のいつかわからん時間に北大生協旅行部から航空券とどくんで
……
結果的には届けてもらうのではなく，
自分で取りにいくようにしとくべきだった．
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屋久島シュート休眠問題 MCMC 計算，
プログラムの抜本的な書き直しにとりくむ．
事前分布の分散 (variance) もちょー事前分布 (hyperprior distribution)
から指定する，
というあれ．
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1400 すぎ北大生協から今週末の東京出張の航空券とどく．
こういう煮つまった状況での出張はイヤだなぁ．
準備が何もできてないし．
昼飯．
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ケガれ言語 Perl の継承わざ (
@ISA 使うあれ)
を濫用してデータ構造の大幅な粛正．
基底クラスに指定されたのは
……
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ParameterBase:
推定すべき値と事前分布をもつクラス．
ここから
ParameterGaussian
と
HyperparameterGamma
が派生する．
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OwnerParameter:
ParameterBase 派生クラスをもち，
あるいは観測データなども持つ．
Metropolis-Hastings 法における尤度計算の奴隷．
ここから
OwnerFixedEffects
と
PriorGaussian
(hyperprior の奴隷なので)
が派生する．
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OwnerFixedEffects:
二段階の単継承によってこれも基底クラスとなっている．
派生するのは
TreeP (樹木個体)
と SpcP (樹種)
と HyperspcP (ちょー樹種)．
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ぢつは上のように整理されたのは
日没時刻
(本日札幌は 1600 か)
すぎたあとで，
設計段階においては目まい覚えるよーな試行錯誤．
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しかしなあ
……
階層べいづモデルの推定計算って
ここまで面倒なデータ構造を要求するものなのかしらん?
R の
MCMCpack
とかで実装しようとしたらかなり苦闘しそうな．
あるいは Metropolis sampler やめて Gibbs sampler
にしたら多少はマシになるとか?
うーむ
……
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実装はひたすらにめんどう．
すぐに設計やりなおし状態におちいるし．
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そして苦闘のでばっぐ．
ひさびさに
perl -d プログラム名
とゆー Perl debugger 使ってしまいましたよ
(perldoc perldebtut 参照)．
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1920 ごろから試運転はじまる．
さすがに苦闘しただけあってマトモそうな値がでてくる．
しかしながら
……
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先日「発明」してしまった
「(1 step の中で)
値が変わるまで Metropolis sampler まわしつづける」
という邪悪なわざが使えなくなってしまった．
これは事前分布 (prior distribution) の分散も
べいづパラメーターに指定した (つまり可変になった)
ためである．
つまり prior のハバが狭すぎるときには，
そこから脱出できなくなる，
というか．
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可変分散 prior のおかげで全体の収束速度は改善されていると思う．
しかしながら，
この世界の一番うえに君臨する
「ちょー樹種」クラスのパラメーターは，
やはりというべきか，
なかなか更新されない．
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計算場所を Dell 機に移して試行錯誤．
fixed effects の事前分布はガウス分布 (正規分布)
でその分散は hypeprior で与えられていて，
これは逆ガンマ分布
(アタマが baysian におかしくなると，
かかる記述を見てもひるまなくなる)．
「逆」ってのは単にガンマ分布の確率変数の逆数をとって分散とする，
というだけのこと．
面倒なので
(R ふうに書くと)
dgamma(x, shape = 1, scale)
すなわち指数分布にしている．
で，
この hypeprior のカタチを支配する hyperparameter
である scale
をどう定めるべきか，
なんだが
……
線形予測子は logit な世界をふらふらしてるわけで，
いやはやどうしたもんだか．
とりあえず 10 とか 20 ぐらい?
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5 step とばしの 1500 回サンプリングで 10 分ちょい，
か．
下の図は全樹種つまり hypespecies (ちょー樹種)
の事後分布ども．
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これはその中のヒサカキだけ
(Eurya japonica)．
さすがに事後分布の variance はマシになっている．
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これはヒサカキの一個体 (個体番号
A17 番)．
やはりこのサイズのデータでは「個体差」は見えない．
そして
(あたりまえのことながら)
こちらも variance がマシになっている．
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ばてた．
2045 研究室発．
2100 帰宅．
晩飯．
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いきなり寝てしまう．
しかし夜中に目がさめたり．
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[今日の運動]
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[今日の食卓]
- 朝 (0910):
米麦 0.7 合．
ハクサイ・タマネギ・ブナシメジ・ホッケすりみのシチュー．
- 昼 (1440):
研究室お茶部屋．
米麦 0.5 合．
ハクサイ・タマネギ・ブナシメジ・ホッケすりみのシチュー．
- 晩 (2120):
米麦 0.7 合．
ハクサイ・タマネギ・ブナシメジ・ホッケすりみのシチュー．
