ぎょーむ日誌 2005-12-02

2005 年 12 月 02 日 (金)

• 0705 起床． ねむい． それでも 5 時間ぐらいは寝てるけど． 朝飯． コーヒー． 0810 自宅発． 曇． 0825 研究室着．
• 論文セミナーの予習．
• 1000 より 論文セミナー， 本日は長谷川さんで Betula 小個体内の枝間の資源配分論文の紹介． 実験計画法的にはうまい部分とへぼい部分がある． うまい部分は線形モデルと random 配置の組み合わせによるキャンセリング (これができるヒトは意外と少ないと思う …… モデルが妥当かどうかという問題あるにせよ)． へぼい部分は 「なんでもかんでも等分散正規分布」 という便利すぎる仮定を使っていながら， 階層構造のあるモデリングがうまくできないところ． 実際のところ， 正規分布などはいくらでもたたみこんでしまえるので， 集団の中の個体の中の枝ごとで異なる現象， といった各階層の影響を考慮した計算は比較的簡単だ．
• ところで， 「集団の中の個体の中の枝ごと……」 という階層構造の中に ひとつでも等分散正規分布ぢゃないのが混じると計算は …… 格段にめんどうになる． 一般化線形混合モデル (GLMM)， あるいは ここしばらくやってるような屋久島シュート MCMC 計算みたいになってしまう．
• ばてた． ばてたまま昼飯．
• 屋久島 MCMC 計算の改良．
• 庄山さんが R 使った植生解析ですたっくしたので， ということで JAF (日本自動化データ解析連盟) サーヴィス要員の久保出動．
• 植生解析の自動化で知られる 松村さん サイト中の 組成表 生成のプログラム使ったんだけど， テキスト出力がどうも思うようにならない， というような． たのみの松村さんは出張中とのこと．
• で， 拝見すると …… 松村さんのコードは「三次元」(植物種, 階層, 場所) になってしまう組成表を R の contingency table クラスである ftable にいれてしまう， というもの． これは巧妙な方法に思えるんだが …… いかんせん ftable クラスのメソッドがへぼくて， write.table() などがうまく動作してないようだ．
• もちろん sink(...) すればテキスト出力できるんだけど …… 庄山さんに聞くと， 何やら PC-ORD とかいったソフトウェアで TWINSPAN 計算やりたい (このあたり十年一日のごとく進歩なく 統計学的根拠のよくわからん計算やってていいのか， という気もするんだけど)， とやらで， マニュアルによると ftable の sink() 出力そのままではダメ， とわかった． 「植物種+階層」と「場所」の二次元の表じゃなきゃいかんそーで．
• ということで， どろくさい方法で解決を試みる．
  1. 組成データ読む
  2. それをもとにすべての 「植物種+階層」と「場所」からなる matrix を作り， 全要素をゼロとする
  3. 1. で読んだ組成データ (これは「被度」 > 0 のデータのみ) の内容を 2. で作った巨大行列にうめこんでいく
  という手順で．
• ますますばてた．
• 二年前ここの修士過程でて現在は箱根で 環境省 ``アクティブ・レンジャー'' やってる大澤君が遊びにきたので， お茶部屋雑談．
• しかし当方の体力がおちてるときに， 体力過剰なヒトの話を拝聴するといよいよばて感がつのってくる． 2020 研究室発． 2050 帰宅． 晩飯． いきなり寝てしまった．
• [今日の運動]
  • ばてうんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): 米麦 0.6 合． ブリ大根．
  • 昼 (1230): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． ブリ大根．
  • 晩 (2130): ハクサイ・ニンニク茎・エノキダケ・豚ひき肉の焼きそば．