ぎょーむ日誌 2005-10-31

2005 年 10 月 31 日 (月)

• 0830 起床． どうもねー …… 晩飯後にいきなり寝たり， 夜明けの数時間まえにおきて眠れなくなったり， また寝たり， というような． 0850 自宅発． 今朝は晴． 0905 研究室着． 朝飯． コーヒー．
• メイル書き …… あさって (水曜日) また苫小牧出張． 今回は前回ほど不気味感ないけど， それなりに予習の勉強必要かも．
• 新しい旅費システムに対応せんといかんな …… と調べてみたんだけど， どうも私のところにはシステムにはいりこむパスワードとか来てない． ちょっとあとまわしだ．
• また CANON カラーレイザープリンター LBP2810 不調． 原因はたぶん (いつものごとく，とゆーか) トナーカートリッジ． これまた雪野さんに相談しないとハナシがすすまない．
• 昨日ひきうけてしまった 駒ヶ岳気象データロガー出力にとりくんでみる． 松田さん主張するところデータ回収のハードウェアとソフトウェアが へっぽこのきわみでこうなったのだ， ということなんだが (たしかにそうですねえ，という部分もあるんだが) …… いろいろと難しいところがある．
  • データ回収した場所・日によって 含まれているデータの種類と列の順番が異る
  • 複数の単位のデータがある: つまり気温に関して摂氏のものと華氏のもの， 雨量がセンチメートルだったりインチだったり
  • 日付など書式変換がいろいろと必要
  • わけわからんマルチバイト文字 (非日本語文字?) あり
  こういうケガれデータの処理といえば， ケガれ言語 Perl でもって …… というのがいままでのやりかっただったんだけど， 今回はむしろ (あまりケガれむけではない，と思ってた) R も併用すべきかも． ただしナゾのマルチバイト文字に関しては R だけでは処理しきれん． Perl か lv あたりでなんとかするか?
• むろんゑくせるなんぞは何の役にもたたない．
• また北大ネット (HINES) の腐れぐあいをかいまみてしまった …… といっても自分のところではなく， 他人のゐんどーづマシンから． メイルに巨大な (といっても合計 6-7MB ぐらいだけど) ファイルつけて送るほうもどうかしてると思うけど， これを POP 経由でユーザーに送れない サーヴァーも腐っているとしかいいようがない． だったら HINES web mail とやらいうインターフェイス経由では， と提案してみたんだが …… これがまたユーザーに試行錯誤な工夫を強いる， ひどくしろーとっぽいデキなんだよね． 日立の GraceMail．
• 駒ヶ岳データ変換ぎょーむ， 上記ナゾの文字コードは \xF8 とわかった． コード表みても対応する文字ナシ． おそるべしロガーデータ回収ソフトウェア．
• (Vine Linux 3.2 から使えるようになった) perl-5.8.x ではこういう呪われ文字の置換は …… といった情報は 検索 してみるといろいろわかる． 具体的には， たとえば

  	s/\x{F8}/moji/;
  

  で置き換えることができる．
• 1320 研究室発． いったん帰宅して昼飯． ついでに洗濯． 1430 研究室もどる．
• なぜかしら 岩波書店から「著者代送」とて シリーズ 統計科学のフロンティア 最終巻 「計算統計II マルコフ連鎖モンテカルロ法とその周辺」 を送っていただいた． ありがとうございます．

[日本語 MCMC 本]

…… もいろいろ増えてきましたが， (われわれ「ゆーざー」にとって) この二冊は「基本をおさえる」ために必要なものでしょう (あと空間統計学に興味あるなら間瀬・武田「空間データモデリング」も)． どちらの本も 編著者の一人である伊庭さん のサイトに サポートペイジ あり．

• 「計算統計 II」 (緑表紙のほう) の前半は伊庭さんと種村さんによる良い MCMC 導入篇になっていて， おもしろいことにべいづ推定とはほとんど関係ない このおかげで理解すべきことが限定され， わかりやすくなっている． 中盤に大森さんによる懇切丁寧なベイズ推定とその MCMC 法による推定計算の解説が入る．
• というふうに， この本 (と「ベイズ統計と統計物理」) はまさに基本となる考えかたの説明に重点をおいている． 読んだからといって手もとの計算機ですぐに「計算統計」できるわけではない． 生態学研究者にとってこの本の価値はどのへんにあるのか． おそらく将来出現するであろう 脱べいづ推定初心者をめざすヒトたちに有用だろう． 理由はこんなところで．
  • 今後は生態学研究者も MCMC 法を使う機会は 増えていくいっぽうだろう
  • それは ゐんばぐす みたいなソフトウェアで Bayes 推定するときに (つまり「複雑な mixed model」計算のため) のみ使われることがほとんどだろう
  • ほとんどの Bayes 推定法ゆーざーは 「なぜ MCMC 法を使うのか」 を考えないだろう (そもそも， なぜべいづな定式化するのか考える必要を認めないだろう) --- 生態学まわりの分野における方法論の 「普及」 の実態ってのはだいたいにおいてそういうものだから (「何か知らないけど， 他の人もやってるので， 自分でもそふと使ってみたら結果がえられました --- 自分が何やったのかわかりません」)
  • しかしながらユーザーが増えれば， その一部はこのあたりの 「なぜ」 を理解しなければならなくなるだろう --- あるいは理解すればさらに応用がひろがることを 見ぬくだろう
  • そのときに 「MCMC 法ってそもそも何やってんの」 という問題を考えるヒントが必要になる
  で， そういうときに MCMC 法の出自， つまり統計物理学との関連を直観的に説明した これらの日本語書物は理解のたすけになるでしょう， ということ．
• 駒ヶ岳気象データ変換ぎょーむに苦闘する． 1630 よーやくおわった． 結局 Perl だけで処理した． 変換すべきデータは合計 51814 行． perl による変換作業そのものは合計 2.4 秒で終わるんだけど …… 「なんでもゑくせる」 な連中ならばこの作業に数日を費すに違いない． こちらはこれから先 こういう気象データがどれだけ増えても数秒で片づく．
• ネット雑用 …… やってて気づいたんだが Vine を 3.2 にすると qmail から警告がくる (いちおう動作はしている)． qmail 作りなおしか? これはけっこう気あいが必要なんだよな …… ということでしばらく放置．
• データ変換発注者である松田さんにデータと変換プログラム (in Perl) ひきわたし． as.Date(文字列, 書式) でもっててきとーなる文字列を Date クラスオブジェクトに変換できる， というワザを伝授．
• 1900 研究室発． 1915 帰宅． 2110 自宅発北大構内走． 2145 帰宅． 体重 74.0kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 35 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0920): 研究室お茶部屋． くるみパン．
  • 昼 (1350): うどん． ダイコン・ニンジン・ネギ・ナメコ・豆腐・煮干の味噌汁．
  • 晩 (2220): 米麦 0.7 合． サンマのショウガ煮． ハクサイ・ネギ・シイタケ・卵の炒めもの．