ぎょーむ日誌 2005-06-17

2005 年 06 月 17 日 (金)

• 0810 起床． 朝飯． コーヒー． 0920 自宅発． 曇． 0935 研究室着．
• アカマツ光合成原稿の図のなおしを少々． parametric bootstrap 検定も二項目追加 & 再計算やってみる． 値はばらつくんだけど， まあ randomization ってこんなもんでしょう． bootstrap 試行回数は 1000 回． 二群四反復． 計算時間 20 分ぐらい (PentiumM 1.6GHz)．

                      item current previous
        1           height   0.869    0.878
        2         diameter   0.172    0.181
        3            AmaxW   0.128    0.107
        4   needle.weight1   0.671    0.648
        5   needle.weight2   0.490    0.512
        6     stem.weight1   0.049    0.040
        7     stem.weight2   0.451    0.471
        8     stem.weight3   0.586    0.576
        9     stem.weight4   0.138    0.128
        10           S1.N1   0.081    0.060
        11            S1.N   0.140    0.117
        12   needle.weight   0.345       NA
        13     stem.weight   0.109       NA
        14   flower.weight   0.289    0.309
        15     root.weight   0.971    0.972
        16    total.weight   0.427    0.401
        17   growth.height   0.979    0.984
        18 growth.diameter   0.300    0.321
  

• こういう結果になりましたと連絡．
• 本日の Trendy セミナーは難しそうなんで， 予習． どうせ社会性昆虫とは多少はかかわらねばならなくなったんだし． 昼飯後も続ける．
• 1440 ごろから本日の実吉さん R 個人講習． 昨日の復習もかねて loop の二重化． ところで， data.frame() をどんどん rbind() で増やしていく， という処理のときにどう書けばもっともすっきりするのか わからなくなってしまった …… 後になってから， こういう場合はいつものごとく， 処理速度の多少の低下にはガマンすればよい， と気づいたわけだが．
• 1630 より Trendy セミナー， 本日はリシャーさん (CORNETTE Richard; 生態遺伝の 三浦研究室) でオオシロアリの擬職蟻 (pseudergate) から前兵隊蟻 (pre soldier) に変化する過程におけるホルモンと遺伝子についてわかったこと． 擬職蟻ってのは幼虫が 7 回ばかり脱皮したあとの状態で， まだ繁殖形態・兵隊形態に変化する可能性がある (三浦研ペイジに写真あり)．
• 社会性昆虫・発生過程・分子生物学的手法 …… とふだんは勉強してないことなので， かなり難しく感じる． 不幸中の幸いでリシャーさんはたいへん日本語堪能だったんだけど ……
• で， 前兵隊蟻を誘導するカスケイド反応をみたときに， おそらく初期段階で働いてるであろう代謝まわりに関与してそーな 遺伝子に関してはとくによくわかってなかったんで調べてみました， というもの． 実験室ではにせ幼若ホルモン (juvenile hormone analogue, JHA; 人工物) をにせワーカーに塗り付けて， 兵隊を作る …… JHA は劇薬らしくて実験個体はけっこう死ぬ．
• あとで質問してわかったんだが …… 自然な幼若ホルモン (JH3) とか塗っても分解酵素がこわしてしまうので， キキめがない． でシロアリの体内で作られた JH3 が機能するときには， 分解酵素の生産が抑えられてるらしい． じゃあ， 実験室内で JHA で実現する pre soldier 誘導って (JHA では兵隊の最終形態まで到達しないらしい)， 自然の中での兵隊分化と同等なのか? --- というのは生態遺伝の院生の高橋君の質問だった． ふーむ．
• ともかく JHA べたべたと塗ると， シロアリにせワーカー体内で CYP6AM1 (とゆー リシャーさんが発見したチトクロム P450 一族のタンパク質) の発現が止まり (ということが differential display 法なる mRNA → cDNA → PCR な方法でわかる)， かわりに脂肪体 (fat body) がふくらみその中によくわからん顆粒状の栄養組織らしきものが 蓄積されていって pre soldier 脱皮準備のエネルギー源になってるらしい …… てなことが， 解剖と顕微鏡観察でわかったり．
• とまあ， なんだか面白そうなんだけど， この部分だけみてもシロアリまにあでなければ なかなか全体像がとらえられないような気がする． 小さいスケイルの問題に限定するにしても， たとえば， ご本人の議論と私の疑問をてきとーにまぜて
  • (JHA で誘導して差しつかえないとして) なぜここで代謝経路を切りかえる必要あるのか?
  • これが兵隊誘導カスケイドの中で果たしてる役割は?
  • CYP6AM1 はホントに代謝関係の機能があるのか?
  といったところか． 科学なるものを単純化した描像のひとつとして， 「情報の抽象化 (すなわちモデリング)」と「モノとり」 の両極に特徴づけられるんでは， と思うわけだが …… モノとりの分野もなかなか簡単にはいかないかんぢ， だと思った．
• で， 将来的には兵隊誘導カスケイドの「全体の引き金」になる primer pheromon 見つけたいとか， CYP6AM1 の機能あきらかにしたいとか， soldier の大顎の腺で発現する Sol タンパク質がらみらしい 「これ以上 soldier 作んな」 シグナル分子も調べたい， というような方向に発展するそーで．
• 1800 ごろ終了． 勉強になりました． ばてた． 1850 研究室発． 1900 帰宅． いかん． またいきなり寝てしまった． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどうなし
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): 米麦 0.7 合． コマツナあえもの． 卵焼き．
  • 昼 (1250): 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． コマツナあえもの．
  • 晩 (2300): 米麦 0.8 合． コマツナあえもの． ミニトマト． モヤシ・ニラ・ショウガ・鶏レバの炒めもの．