ぎょーむ日誌 2003-06-24

2003 年 06 月 24 日 (火)

• 0920 起床． ねぼうした． 0930 自宅発． 晴． しかし涼しい． 0940 研究室着． 朝飯．
• とうめん関係ないことなどを調べてしまう． ふーむ， IPC によるメモリ共有か． Perl だと shmget とか shmwrite とかでアクセス． それから Perl で簡単にサーヴァー & クライアント作りたければ RPC::PlServer と RPC::PlClient を使えばよい， と．
• 直径成長のパラメーター推定計算のつづき． あのー， こういう統計学的モデリングに関する説明が すごーく長くなりつつあるんですけど． 面倒な計算に関するところは全部 appendix とするか?
• 足りてなかった計算モジュールがそろったんで， 計算プログラムのほうをみなおしてみる．
• 北大構内走． 涼しいけど風強し． 昼飯．
• 気分転換というわけでもないが， 午後から R によるプログラミングに取り組む． 脱ゑくせるを掲げる苫小牧研究林， しかし R はなかなかとっつきの悪い言語なので， データ処理のサンプルがほしいとのこと． 例題は種多様度指数の計算ですか．
• で， 送られてきたデータファイルをみると …… どうも最初に一回 Perl でフォーマットを再整理したほうがよさそうだ． その操作自身も R で (原理的には) できるんだけど， そういうのはあまり R むきではない …… と思うんだが， どうなんだろう． scan を駆使すればいいのか?
• R と Perl の役割分担についてはどう考えるべきなのか …… Unix 的な環境なら分担させてしまえばよい． Mac では難しいので何もかも一方に押しつけるほうが マシな場合がある． ならば核が BSD な MacOS X ならば ……?
• 某宣教師転じて暴走宣教師となる． 札幌⇔苫小牧の支笏湖経路で． いったい今まで何人の生態学研究者が ここで警察のごやっかいになってきたことやら …… ともあれお茶部屋で国家権力に復讐してやるといきまいてる 前科者殿に罪の上塗りはやめなさいとさとしたのであった．
• R 宿題， なかなか時間かかってしまう． しばらく R を使っていなかったもんで …… 言語にはそれぞれ 「それらしい」言いまわしというのがあると思うんだけど， data.frame とヴェクトルという構造を活かしてやるのが R らしい書きかた， ではなかろーか． ということで， いろいろとしつこく試行錯誤してみて こんなふう になった． これを source(...) しておいて， 下のようなデータファイルを

	spc  UpperCan LowerCan Saplings
	SP1	1	2	8
	SP2	0	0	20
	SP3	0	0	5
	SP4	1	1	34
	SP5	37	16	23
	SP6	67	30	48
	SP7	1	0	10
	SP8	0	0	2
	SP9	14	8	4
	..........

calc.diversity("ファイル名") とすると出力は例えばこういうふうになる．

		UpperCan LowerCan Saplings
	Simpson    5.111    6.823    8.077
	Shanon     2.072    2.391    2.452

とりあえずは発注どーりだけど， まだまだ練習せんといけませんなぁ．
• R ばて． 1950 研究室発． 2000 帰宅．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1230-1300． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1000): パン．
  • 昼 (1320): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． コンブ．
  • 晩 (2130): 米麦 0.8 合． コマツナ・タマネギ・エノキダケ・豆腐・煮干の雑炊．