ぎょーむ日誌 2001-06-22

2001 年 06 月 22 日 (金)

• 0600 起床． 6 時間ほど寝た． しかし体調よくない． もうちょっと早寝しなくては．
• 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー． シャワー．
• 0650 自宅発． 今日も雨． 特急に乗って 0659 京急平和島発． 普通に乗り換えて 0722 京急上大岡発． 0745 研究所着．
• なんかダルくて頭くらくらするので， 今日のろーどくは延期． 朝から独房内でバテる．
• ネット上で調べると …… これってどうもカフェインの取りすぎ， と症状が似てるような気がする． なんか二日酔いみたいな状況なんだよね． コーヒーとか多量に飲んだからだろうか． 近ごろ飲んでるのは， 大森町商店街の茶・コーヒー屋 (大森なので当然ながら海苔も一緒に売られている) で買った「ガテマラ」の濃いやつなんだよね．
• そういえば， 2 年半前にアルコール飲料やめたときに， 宴会で飲むものがなくて 2 時間でウーロン茶を 2 リットル飲んだときも 同じようにキモチ悪くなったな．
• mlfitting のユーザーサポート続く …… ユーザーと言っても京大に移った牧さんなのだが． なんだかややこしい推定問題を 解かせようとしておられるので， 尤度方程式を立てるところから話を伺っていく．
• 正直に告白すると， カフェイン大量摂取は コーヒーだけが原因ではあるまい， と思惟される …… 一昨日， 大森町商店街のスーパーで 2 リットル 180 円のコーラ (diet とかいう砂糖でないみょーな甘味料入ったやつ) 売ってて， こりゃあ安い， と買ってしまったのである． で二晩でそれが消費されたのであるから …… そのあたりもこの疑似二日酔いに 影響してるよーな気がする．
• カフェイン中毒 …… そう， 今朝， 明け方にいきなり目がさめたりしたんだよね． くそう， カフェインごとき植物の化学防御物質ごときに ヤられてしまうとは …… どうして私はこうたやすく ヤク物依存症になるんだろうねえ．
• mlfitting ユーザーサポートのほうは やはり尤度方程式の立て方に問題あった． ある連続量から {0, 1} ではなく {0, 1, 2, 3, ..., ∞} な離散確率分布を生成するような 確率論的モデルを構築したい場合は， 二項分布モデルではなく ポアソン分布モデルを 使ったほうがよいでしょう …… というようなお返事．
• そっちはともかく， 昨日からのみょーな倦怠感は急性カフェイン中毒と 診断がついてしまい， これは押しも押されぬ大病に他ならないので， もはや大手をふってナマけることができる． でれでれ． しばらく茶・コーヒー・コーラなど カフェイン含有飲料はひかえるか．
• 植物どもの悪意によって生成された毒物に犯されて 余命すら定かならぬ病身状態なので， あまり気合いはいれずにのんびりと 「ニセ」アカマツこと アカマツシミュレイターを構成する Perl スクリプト・Perl モジュール群を見直す．
• えーと …… そうか， 「枝」をそれらしく殺すために "rank_class" と "rank_number" を導入する改造だったな． "rank_class" は {MAIN, SUB} という名前の値ではなくて， { rising, fixed } の二値にしよう．
• 気分悪くてもハラは減るようなので， 昼飯の弁当を食べる．
• 昼からもユーザーサポートだの， 「ニセ」アカマツ見直しだののんびりやる．
• 15 個ある Perl モジュールの名前を全部つけかえる． Perl の場合， generate_new_stems.pm というファイルで定義された モジュールをロードするときに use generate_new_stems; と呼び出すがわでファイル名指定して呼び出す， という処理がある． このあたりを一括置換してしまうツールを作って まとめて変更． 手抜きをするため努力ならば避けてはいけない．
• うー， 先週まで呪われ C++ でオブジェクト指向， いまはケガれ Perl でオブジェクト指向 …… どちらも他人にはおススめできない． なのになぜ歯を食いしばり 私はこんなことやってるんだろうか．
• 1735 よーやくにして， 「ニセ」アカマツを構成する最小モジュールである 茎 stem に "rank_class" と "rank_number" もたせることができた． どうでもいいんだけど， その仕組みはこうなっている．

図の中の数字が "rank_number" なんだけど， これは親子代々受け継ぐ番号である． ただし， rising クラスの茎においては 各時刻でこの "rank_number" がひとつずつ上昇するわけだ．
• さーてと， 次はこの "rank_number" の低い順から枝を殺していくようにしなくては …… 現在の死亡モデルは "rank_number" とはまったく無関係なんだけれど， 調べてみると， rising を例外としてむしろ "rank_number" の高い順に枝を殺していく傾向があるな．
• この "rank_number" の生物学的意味は …… そう， 一種の「頂芽優先」みたいなことを想定している， という説明でよいのであろうか． 頂端というか本流というか …… 「頂芽」の維持発展に必要不可欠， もしくはそこへの資源転流のコストが小さそうな 部品ほど資源がよく分配される， という正当化でよいのかな．
• こんな "rank_number" なんか導入して かえって複雑になったんじゃないかって? 全然そんなことは無いのです． 上のような簡単な図で死ぬべき範囲が ぱっと示せるわけで， 死亡の旧サブモデルに比べればずいぶんと 簡単になってきた．
• 何より重要なのは． 茎の集合にして樹木個体未満である 「枝」という概念が次第に その重要性を失いつつあるところだ． これを実施せんがために "rank_number" という考えを導入した． 最終的には「枝」という語をまったく使わずに 「ニセ」アカマツの全挙動を記述する ところが眼目なのである．
• なぜそれが必要なのかは いずれ説明するとして， 簡単に言ってしまえば， 曝露実験データは 解体アカマツの茎のデータはあっても， 「枝」という情報がことごとく失われたためである． 原則として， データに無い構造をモデルに組み込むのは， 説明戦略上いちじるしく不利になる．
• むろん "rank_number" などという架空概念もまた， 今回のデータからは明示されないところではある． しかし， 同じでっちあげであっても， 「枝」のように定義の自由度が高い構造を用いるより， 根本を基点として全ての茎モジュールに対して 再帰的かつ一義的に定義できてしまう "rank_number" のほうがよほど簡単でありながら， 機能としては「枝」と同じ働きを期待できる．
• …… 死亡サブモデルを新しくする作業はまだ着手してないけど， バテたのでいったん切り上げるか． 1810 研究所発． 普通に乗って 1819 京急杉田発． 特急に乗り換えて 1829 京急上大岡発． 1915 帰宅．
• 晩飯食ってでれでれしてると， mlfitting 最新版がうまくコンパイルできません， というクレイム． エラーメッセイジは DLSym 関数 (すんません， Linux 独自のダイナミックローディング機能に依存してます) がうまく見つけられない， というもの． どうやら egcs コンパイラーの問題のようだ． gcc-2.95 に交換するべく ADSL 経由で 某大学ネットワーク内に潜入．
• めんどうなので， まず apt を導入する． やはり私が調節しただけあって， 依存関係がかなりタダれてしまっている， と判明． sudo rpm -e と sudo apt-get remove を繰りかえして浄化． egcs はヤメて gcc-2.95 系でそろえる． よし， コンパイル問題ナシ， だな．
• 長谷川宣教師 からお許しいただいたので， LaTeX に行番号を付加するスタイルマクロ lineno.sty リポートをここに転載させていただく．

	\usepackage[pagewise]{lineno}

	\begin{document}
	\linenumbers

	　と書くと、とりあえず行番号がうたれます。linenoのオプションのpagewiseは、ペー
	ジごとに行番号をリセットする（ページ頭の行を１にする）という意味です。文章を通
	じて番号を打つときはrunningを指定します。

	　ですが、これだけでは例のdisplaymathとの競合は、まだ避けられません。numline.
	styの時のように文章が消えることはありませんが、数式を含む段落の、数式以前の行
	に行番号が打たれなくなります。

	　これの回避策として、uline.texの後ろのほうに書いてありますが、まず、

	\usepackage[pagewise,displaymath]{lineno}

	　のように、オプションにdisplaymathを増やします。

	　そして、数式の部位を、

	\begin{linenomath*}
	        $$
	                \sum^n_{i=1}
	        $$
	\end{linenomath*}

	　のように、linenomath*というので囲みます。
	　なお、数式の環境は、\[とか、\begin{displaymath}ではなく、$$で指定しないと、
	働きません。

	　また、数式のところだけ行番号を避けるには、オプションを増やし、

	\usepackage[mathlines,pagewise,displaymath]{lineno}

	　としてやると実現できます。

いつものごとく (あたかもローマ法王庁に送られるがごとくに) 詳細な解析で， たいへん助かります．
• しかし， 上とはべつに， 投稿論文の原稿に行番号つけさせる編集部って， かなり莫迦なのではなかろうか． 全体を把握できてないのに 重箱のスミだけ を指摘した阿呆な査読が増えるんじゃない? ほかならぬこの私が言うのもなンですが．
• 今日の食卓
  • 朝 (0615): 米 0.5 合． ニンニク茎・タマネギ・ニンジン・ シイタケ・卵の炒めもの．
  • 昼 (1215): 弁当． 米 0.7 合． 朝と同じ．
  • 晩 (1930): 米 0.6 合． ニンニク茎・タマネギ・ニンジン・ シイタケ・昆布・ワカメの雑炊．