ぎょーむ日誌 2001-06-11

2001 年 06 月 11 日 (月)

• 0610 起床． 寝たのが 0130 ごろだったので， やや眠い．
• 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー． シャワー． ひげそり．
• 0700 自宅発． 晴れ． 燃えるゴミだし． 特急に乗って 0709 京急平和島発． 普通に乗り換えて 0733 京急上大岡発． 0750 研究所着． カードキーを間違えて 10 分ほどじたばた． いやはや．
• ThinkPad いまだに順調にうごく (とはいえ， もはやシステム関連のコンパイルとかいっさいできない 状況なんだが)． バックアップ取ったり， あれこれ調節するのに時間とられる． 今日のろーどく， やるとしたら帰宅してからだ．
• マヌケなことに 1100 ごろまでかかって 出張報告書作成など雑用． きっとこれも時差ぼけのせいだ． 日本地図で見ればわかるように 札幌との時差はけっこう大きなものだ． もう北大では晩飯の時刻である．
• こういう雑用書類作成などの 作業は ThinkPad 上で行っている． とはいえ， いつものごとく独房内では 闇ネット経由で使ってるんで BookPC につながってる 14inch LCD と HHK (初代) を使って操作してるわけだが．
• で， BookPC を単なる「X 端末」にしておくのも もったいないんで， 1000 ごろから北大でやってた Pasoh 計算の復元作業をやらせてみる． make all という命令発して 元データを分割・再構成して， シミュレイターをコンパイルして， 三次元光計算やって， 471 樹種のパラメーターの最尤推定まで 処理されるはずだから …… うーん， この PentiumIII 733MHz マシンだと 3 時間ぐらいかかるか? (北大で闇ネット経由で使ってた <Lex> は Athron 1.1GHz)．
• 1105 現在， 開空度計算の半分が終わったところ． 1ha の計算に要する時間は 20 秒少々， メモリは 50MB ぐらい使われてるな．
• そーいえば， このシミュレイターって メモリリークしてる可能性あるんだよね． 新ライブラリでは「目」や Vit は 利用側が delete してやらんといかんのに， それを忘れている． 旧ライブラリ仕様だな …… というのを土曜日に地域生態系 M1 の伊藤さんに コードの説明してるときに気づいた． いやはや．
• リークといえば， fj.lang.c では未だに free が どーのこーのというスレッドが続いているようだが (すでにずっと前に出た結論は ANSI-C が動作する環境なら， プロセス終了時に OS が「かたづけて」くれる)， C++ の場合の delete はどうなんだろうか．
• xosview で見てるかぎり， 小分けにした調査区に対応するプロセスが 終了するたびに …… メモリの空き領域はもとどーりになってるように 見える． しかし信用できん．
• ま， いずれにせよ直すつもりなんですが …… ここはむしろ include <memory> して auto_ptr を使ったほうがよいのだろうか? また STL に依存するのは， なンかイヤなんだけどね．
• あ， 推定に入るところで Makefile に書き間違えあったんで 全自動処理のハズが途中でとまってしまった． しかし開空度計算終了まで 1 時間 11 分 21 秒か (CPU の平均負荷 96%)． 上出来です． さてと Makefile 直して推定開始．
• メイルなど書いたりしてるうちに 午前中終了． うう． しかし昼飯でも食おうかな． 独房なので時計にしばられた生活なのである．
• パラメーター推定続いている． こっちは 50-4000 本ぐらいの個体群に分けられた 樹種ごとの推定， となるんで， メモリ使用量は微々たるもんだ． CPU は全力運転してるが．
• 弁当食ってると推定終わった． 2-parameters/3-parameters モデルあわせて 33 分か． じゃ， つぎは樹種名無作為化とそのパラメーター推定． 人間はでれでれとナマけ， 機械が働く．
• これも 30 分ぐらいで終わった． あと空間無作為化ってのが あるんだけど， これは時間かかるわりには， 今のところあまり面白い結果も得られていないので， あとまわしにしますか．
• とりあえずシミュレイターの中で delete し忘れてるところを直す． 問題になる部分は tree_dynamics.cc という ファイルに集約している． ここで樹木クラスと三次元虚業ライブラリの 周旋業もとぢめクラス Fvision と 情報をやりとりしてるのである．
• そういえば， Canopy クラスで管理してる 「つぶつぶ樹冠」 の樹冠モジュールたちも消さんといかんかったな …… あれ? ちゃんと delete してる． そうか． こっちは新ライブラリ書いたあとに だいぶ手直ししたんだった．
• コード改良終了． 試験運転 …… 問題なく動いてるよーだ． auto_ptr はまたの機会にでも研究してみよう．
• さてと， 甲山さんの Princeton 発表関連の ファイルとか web site とか経由で やりとりせんといかんな． いつものごとく POV-Ray 図とか． 50ha の一部である 1ha プロットの絵を描くときに巨木があると 見てくれが良いので， どこにどれぐらいのやつがあるのかざっとあたりを つけてみる． Unix の便利なところで， bash なんかのコマンドラインから

	$ grep Dbh sim_output/pasoh0*.txt | sort +2 -nr | head

などとやっただけで，

		sim_output/pasoh0107.txt:       Dbh     195.00
		sim_output/pasoh0023.txt:       Dbh     181.00
		sim_output/pasoh0145.txt:       Dbh     162.00
		sim_output/pasoh0044.txt:       Dbh     161.00
		sim_output/pasoh0023.txt:       Dbh     161.00
		sim_output/pasoh0107.txt:       Dbh     156.00
		sim_output/pasoh0124.txt:       Dbh     150.00
		sim_output/pasoh0019.txt:       Dbh     149.00
		sim_output/pasoh0067.txt:       Dbh     145.00

とゆーふうに， Pasoh 調査区の巨木十傑のサイズと位置が すぐにわかったりするのである． 一番ふといのは直径 195cm か， 第 0107 区画か．
• …… ちょっと待て !! この数値ヘンだぞ． なんでどれも小数点以下が切られてるんだ? どうやらシミュレイターから出るときに， 有効数字 3 ケタで切られてるんじゃないのか?
• えーと元データファイルにたいして，

	$ sort +7 -nr Pasoh_data/Pasoh.txt | head

してみると ……

25      80      199     NEOBHE  652.1   278.7   196.3   195.4   196.8   951     2064
25      78      191     DIPTC2  249.9   79.9    181.2   181.2   181.5   1228    1951
12      52      124     TRIOMA  646.8   418.7   160.9   162     163.5   945     2083
25      82      207     SHORAC  667.5   386.7   80.6    161.5   165.4   904     2091
25      78      191     DIPTC2  332.6   137.5   142.7   161     178.3   1160    1935
25      78      192     DIPTCR  229.4   113.8   160     160.6   160.9   1246    1908
4       33      80      DYERCO  638     322.6   159.7   156.3   157.2   965     2043
25      82      207     SHORAC  541.9   373     139.9   149.7   152.4   972     2035
25      78      192     DIPTCR  47.4    85.9    148.2   149.1   150     1443    1846
25      80      199     NEOBHE  530.4   176.7   135.9   145.2   155.7   1046    2013

あちゃー， 第二回目の観測で一番でかいのは 195cm ではなく精確には 195.4cm ということがわかってしまいました． 蛇足ながら， 第一回目より 9mm ほどちぢんでるのは， たぶん 196.4cm の間違いだろうな． 測り間違えなのか書き間違えなのか E*cel での入力間違いかは知らんけど． 野外調査データってこんなモンです． あちこち間違いだらけで， チェックもぜんぜん十分ではない．
• さてと， どのあたりで有効ケタ数が短くなったのか 追跡してみなくては．
• 最初に 25m 区画にわけた段階では， モトのままの数値が複製されてる． つぎにそれを 16 個あつめて 1ha 分譲地を 生成するところで …… なるほど ……

                Dbh     1.95e+02
                Dbh     8.95e+01
                Dbh     1.95e+01
                Dbh     3.95e+01
                Dbh     4.95e+01

…… と指数表示をしてるんで， ここで有効ケタ数がそろってしまってるわけだ． うーむ， わけわからんケド， ここは

                Dbh     195.40

とか表示させたほうが安全なんだろうな．
• パラメーター推定とかやりなおさんといかんかというと， 期せずして安全策が取られていて， 問題ないとわかった． なぜかというと， この 1ha 分譲地生成において，

	...
        END     TREE    3836
        BEGIN   TREE    3837
                Species RINOAN
                Status  Alive
                InRegion        false
                Root	6.96e+02	3.47e+02	0.00e+00
                Dbh     2.20e+00
                Growth  1.39e-01
                Height  4.10e+00
                CrownWidth      2.03e+00
                CrownDepth      1.46e+00
                TrunkWeight     6.10e-01
                BranchWeight    8.02e-02
                LeafWeight      8.37e-02
                LeafArea        1.22e+00
        END     TREE    3837
        BEGIN   TREE    3838
	...

という具合に， Growth は (有効数字をそろえる前に) 別に計算しているからである (蛇足： とはいえ， この Growth という数値はいろいろ自己矛盾した 仮定に基づいて計算してるヤな量なんだが …… 発注者の趣味に従っております)．
• 三次元林冠形成とか， 独立変数としての Dbh とか， 数センチ狂っていたところで， とくにどうということはない …… しかし， 今後もし成長シミュレイションみたいな ことをやる場合にはこれではマズいので， 直しておきましょう． join_subplot.pl の printf 文において %3.2e (指数表記，仮数部の小数点以下はふたケタ) と書式指定してるのを %.1f (固定小数点表記，小数点以下はひとケタ) とでも改めればよいだけである．
• 先ごろ麗々しくとゆーかどたばたと とりおこなわれた中間評価報告書内の 生態系領域に関する sectionのコピーが配付される． さて， 世界中から集められたご老体たちの評価なるものは …… 「もっと論文書け」 か． さうですね， それはお説のとーりかも． 当方としてもクビになるのはいいんだけど， その理由として ぎょーせきと称されるモノが出せなくてクビ， というのではちと情けないからなぁ．
• しかしよくわからんのは， 他の領域と共同研究しろと しつこくススめてる点だ． たとえば， あーきてくちゃグループだと， 大気組成変動予測領域 と何かせい， とか． なんなんだろ? うーむ， 大気汚染がらみの 「ニセ」アカマツ なんぞ見せたのがまずかったかな．
• 他の領域との共同研究には言及してるけど， この 生態系変動予測領域 内部での相互作用というか， いろいろなスケイルを巧妙につなげるよーな モデリングについて一言も書かれていないのは， 達見なのかマヌケなのか …… ま， ぜんぜん方針の違う寄り合い所帯だからな． はてさて， この先どうなることやら．
• 1610 ひとやすみして， お茶を飲む． いかんな． 作業が進んでいない． 甲山さんは来週月曜日に出発． 時間はあまりない．
• <鳳翔>ではぢつにいろいろな メイリングリストが動いていて， なぜか quac などと冠せられたものがあったりする． ときどき意外な知らせというのがあったりするもので …… うーん， 私が在籍当時でさえ過去の亡霊であったような アレがまだ存続していたとは． とりあえず 現在の 九州インカレ にあまり役に立ちそうにないリンクをつけておいて …… 次回 (っていつだ?) 予告! ナゾの古代九州山岳民族秘密教団! その陰謀が現代に蘇る! 阿蘇山鷲ヶ峰北壁に隠された黄金を探せ! …… ということで， さーて仕事仕事．
• ぢりぢりと ……
• ダメだ． 時差ボケ， ということにして撤退． くそう． 1810 研究所発． うーん， 今日は接骨院どうしようかな． やめとくか． 普通に乗って 1829 京急杉田発． 特急に乗り換えて 1838 京急上大岡発． 普通に乗り換えて 1900 京急川崎発． 大森町商店街で買いもの． 1930 帰宅．
• いかん， 帰宅して晩飯食うとますますやる気がでない． すでに「明朝 0600 起床，明朝 0600 起床」 という警告メッセイジが脳内で明滅 ……
• お， 黒 HHK 拡大写真 のペイジみつけた． 私の持ってる Lite2 じゃなくて Lite だけど． この写真計算してるヒトは白 Lite も 持っておられるようで， そっちの写真への リンク もあります． きゃー， IBM の SpaceSaverII (英語配列) まで 持っておられるのか …… ネット上で調べてみると， 計算機鍵盤道楽のヒトは意外と多いようです．
• おお， なんと キーボード専門店 なんてのもあるのか! ああ， なんだがアブない予感が ……
• うう．
• 今回の北大滞在中にわかったのだが， 魔術師かとー大先生の計算機にはいろいろと 不思議なものが入っている． あの Free Software Foundation の Richard M. Stallman のマシンから盗んで来たとおぼしき Emacs21 (これは Terminal 版でも着色されたりして便利そう) だとか， Linux 安定版の系列 (2.0.x, 2.2.x, 2.4.x など) の リリース元締である Alan Cox からコードの査読を依頼されたらしい ac パッチのカーネルだとか (おそらく彼とは友人なのだろう) …… (上記リンクから二人のカリスマの 典雅な温顔にぜひ接していただきたい)．
• で， そのかとー先生にそそのかされて， 冒険心にとんだ 浦口さんが Alan Cox パッチの Linux カーネル 2.4.5-ac12 (庶民が入手できるふつーの 2.4.5 にくらべて 電源まわりが改善されてるらしい) をコンパイルしてインストールしちゃったらしくて， とうぜん ALSA ドライヴァー使えなくなって 音がでなくなったらしい．
• 今日は何もまっとうなコトをしなかったので， あやふやな記憶をたよりに Vine むけ alsa-driver の 復旧方法を憶測してみたい …… と書こうとしたら浦口さんから 「入るときに教えていただければ，殺しません」 という丁寧かつ恐怖に満ちた許可をいただけたので， ADSL 経由で北大の A21e に login して， がくがくとおびえつつ以下のように作業してみた．
  1. sudo apt-get remove alsa-dirver で alsa-driver だけでなく 芋ヅル式に alsa-libs, alsa-utils, alsaconf を削除．
  2. しかしこの操作はムダであった． rpm なやつは /lib/modules/2.2.18-ほにゃらら にドライヴァー入れてたのである． ということは 2.4.5 (庶民) で動いてたのは 私が手動でいれたやつか．
  3. あとで alsa-utils とか必要になるので 入れ直し． sudo apt-get install alsa-utils する． alsa-driver (旧) と alsa-libs もいっしょに入る．
  4. 北大理学部の VineSeedPlus 置き場から alisa-driver の SRPM をとってくる． sudo rpm -Uvh alsa-driver....src.rpm して， /usr/src/redhat/SPECS/alsa-driver.spec の Release 欄をいじってあたかも 新しいものであるかのよーに偽装．
  5. これを作り直すには …… エラーメッセイジによると toolize が必要， か． sudo apt-get install libtool すると automake も「釣られて」入る． おっと， autoconf も必要じゃないか． 依存関係がちゃんとしてない． sudo apt-get install autoconf してからやりなおし．
  6. sudo rpm -ba --clean /usr/src/redhat/SPECS/alsa-driver.spec で 2.4.5-ac12 用を再構築． このコンパイルはさすがのちょー高速マシンでも 5 分ほどかかる．
  7. sudo rpm -Uvh /usr/src/redhat/RPMS/i386/alsa-driver-0.5.11ほにゃらら.rpm でインストール (/lib/modules/2.4.5-ac12/misc に入る)． ねんのため sudo /sbin/depmod -a ．
  8. sudo /etc/rc.d/init.d/alsound start で起動．
  9. 必要なら sudo apt-get install alsaconf して sudo /usr/sbin/alsaconf ． ThinkPad A21e の場合は Intel8x0 の ドライヴァーを選ぶ．
  10. さらに必要なら sudo aumix などで音量調節． (この段階にいたっても音がでないようなら /dev/audio*, /dev/mixer*, /dev/dsp* のパーミッションなんかも調べる)．
• ThinkPad A21e <Rhino> のサウンド機能が復活した とのお喜びメイルいただく． めでたしめでたし． 殺されないうちに北大からは素早く撤退．
• ところで 当方の ThinkPad 560E はいよいよ HDD おかしい． 上のようなシステム関連のコンパイルとか まったくできん． ということで， こいつはうんともすんとも音を出さない．
• 手許にある ThinkPad560E 用の 2GB HDD (M$-Window$ 在中， 前のユーザーが使ってたモノである) に近日中に換装する予定．
• ADSL でネットインストールもよろしいが 安全策をとって， 付録つきムックというか Vine-2.1.5 インストーラー CD-ROM に解説パンフレットついた もの を大森町の TSUTAYA で買ってしまった． 880 円． うう， 損害の拡大とどまるところを知らず．
• しかし Vine Linux 2.1.5 なら最初から apt-get 入るので， 今後のアップデイトも楽なはずだ．
• あ， いかん． 北大時差で夜中になると目がさえる．
• 今日の食卓
  • 朝 (0615): 米 0.7 合． 昨晩の残り． マグロのアラ． キャベツ・ピーマン・ニラ・エノキダケの炒めもの．
  • 昼 (1215): 弁当． 米 0.7 合． 朝と同じ．
  • 晩 (2010): 米 0.7 合． 朝と同じ． マグロは煮かえしたんだが， どうにもナマぐさい． しかし食ってみるとウマい …… ということで， ようやくにして， ショウガを臭い消しに， という煮魚の基本ワザのひとつの重要性が 実感をもって得心できたのであった．