ぎょーむ日誌 2001-06-07

2001 年 06 月 07 日 (木)

• 0750 起床． 今日も快晴．
• 午前中は Pasoh 周りの再整備． いつまで再整備が続くことやら． 視線が自分より「下」にあるモノにあたってんじゃないの という疑惑あったんだが， これは VitSphere の中で解決されていた． まぎらわしいので， EyePasoh (→Eye) の中で点検するように書き直す． その他しらべなおしてみたけどとくに問題なし． 計算結果問題なし． 移行作業はほぼ終了， ということにしておこう．
• 今日もあれこれと会議に出なければならぬ甲山さんが， (私の寄宿している) かとーオフィスに見えたので， 今後やる作業の再確認．
  • 天球上光分布の調節． よくわからんけど， 天頂:地平線方向で 3:1 という モデルにするよーだ．
  • 甲山さん式の新規加入速度推定． これももちっとマシな方法ありそうなんだけど， すぐに代案がだせん．
  • らんだまいぜいしょん．
  次の次ぐらいになすべき仕事である， オオシラビソについてもあれこれと． ああ．
• ぼちぼちと取り組む．
• 1100 ごろから 1 時間ほどなぜか ALSA の研究． /etc/modules.conf はこんなかんぢか?

	# ALSA portion
	alias char-major-116 snd
	alias snd-card-0 snd-card-intel8x0

	# OSS/Free portion
	alias char-major-14 soundcore
	alias sound-slot-0 snd-card-0
	alias sound-service-0-3 snd-intel8x0

しかしうまくいかん．
• 今日も昨日のパセリの残りを炒めて， ばりばりと食う． なんか健康にはよさそう．
• 昼飯食ってから， とりあえず「天」の光分布を変えて 推定やりなおしてみる． 成長モデルのパラメーター最尤推定の結果は， 幸か不幸か 以前とあまりかわりない． これは推定法のロバストさ (よさそーなところ) と推定法のバイアスの存在 (アブないところ) を示唆してるからである．
• 今朝も建物内から動いてないので， 北大生協のほうにふらふらと散歩． なんともキモチよい気候ですな．
• 戻ると甲山さんから計算発注メイル (あとから自分で参照するために引用):

	2回目センサスについて：

	生長パラの同様推定の他に，

	各種BA (2センチ以上， D^2累積 x 3.1416 / 4 /500,000 m^2 )
	最大観測サイズ
	95パーセンタイル，99パーセンタイル，95パーセンタイル以上の平均サイズ
	（どれ使うか決めてない．．）
	パーセンタイルベイスの分布歪度
	1〜3センチでの個体数密度　/m^2
	２センチ以上個体での，I-deltaなんていう怪しい空間分布指数（下にコード）

	2センチ以上での期間２〜3の間の死亡率（全サイズ込み）
	(1〜3センチでの期間２〜3の間の生残個体の平均生長速度　cm/yr　これは生長モデ
	ルで代用可）

	てなのが欲しいところでした．

	これから会議．

• ややばてぎみなんで， 胸高断面積とかあいでるたといった 面白くなさそうな量を計算する気になれず (やればすぐに計算できるハズなんだが)， 以前から考えてきた 「ランダム化 (無作為化) 森林によるパラメーター推定」 という新しいワザを試してみることにする．
• これはデータからパラメーターを推定するときの 「怪しさ」 をデータを使って評価してやろう， というランダマイゼイション手法として使えるはず， と考えている． たとえば「初期成長の速さ」と「明るさ依存性」 というようなパラメーターを同時に推定してみると， 前者が高ければ後者が低い， あるいはその逆， といった関係が得られることが多い．
• そーいう関係を見たときに， 生態学者たちは嬉しそうに 「この『トレイドオフ』はしんどろーむというもので， パイオニア的な樹種と極相的なモノが ……」 うんぬんといった議論に持って行きがちなんだが …… 甲山さんなどはそれはちとヤバいんぢゃないの， というような指摘をしていた． 統計的手法のマズさが原因で そういう関係ができてるのではないか， ということだ．
• 観測データうまく使って， そのあたりを具体的に示す手法は何かなかろーか? さて， ここにいたって， あらゆる対象とスケイルにおいて モノごとを無茶苦茶にしてしまうことを好む 私は一計案じたのであった． すなわち Pasoh を構成する樹木個体のデータのうち 「樹種名」をデタラメに取り換えてしまう， つまりホントは A というやつなのに， B と呼ぶことにしてみる …… 数十万個体すべてについて そういった狼藉を働いてみたのである．
• このような無作為化をおこなうにあたって， 樹種名をもつ個体数は変化しないようにした， たとえば A という樹種がもともと 1000 個体いれば， ランダム化されたあともやはり 1000 個体の A と名づけられた樹が見つかる． しかしその名前をもつ個体はもともとは (たいてい) A ではない「別の樹種」だったから， サイズだの開空度らしき指標だの成長量だのは A という「名前」と無関係のものとなっている．
• つまりある個体が調査区内の他個体をひとつランダムに選びだし， そいつと名前の交換をする …… ということを全個体がやってるような状況だ．
• このようにして生成した「ニセ」個体群ごとに (ホントの集団でやったのと同じよーに) 成長パラメーターを最尤推定によって計算し， なおかつ怪しげな「トレイドオフ」と 錯覚させるような結果がでるか， だとか， あるいは実際の集団のパラメーター分布は かくのごとく 「無作為化された帰無仮説的な集団」のそれと どのように異なるのだろうか …… といった面白いことがあれこれ調べることができる …… 計算生態学的な発想のひとつの典型といってよいだろう．
• 冷静に考え直してみれば， これは私の独創などではなく random labeling として知られる手法の ひとつのヴァリエイション， というべきだな． うーむ．
• 処理の行程の途中から分岐を作り， randomization というディレクトリの Makefile に分岐後の処理を書く． 推定のために選抜された 471 樹種 20 万個体の「名前」 を無作為化する Perl スクリプトを書く …… 1840 ごろ結果が得られる． これには かなり驚かされたんだが ……

[乱林推定法] 成長モデル用に同時に推定された 3 パラメーターのうちふたつ． 青点は得られた調査結果をそのまま使った 推定値の分布， 赤点は無作為化された群集の推定値．

つまりデタラメにしたほうがあるパラメーター推定値間に 発生してしまう相関 (統計学的手法が原因で発生した相関) が強いのである． 私はバクゼンと 「ランダム化すればもっとバラつくんだろう」 なんて予想してたんだが ……
• 農学部での会議を終えてこの結果を見た甲山さんは， ああ， これは樹種ごとの分布が制限がなくなったから どーのこーの， だからこういう結果になるわけだね， なるほどなるほど …… と一人で納得しつつ会議後の懇親会に出発． 残された私は「うーむ?」と首をひねるばかり．
• しょうがないんで， 浦口さんを捕まえて， こういう結果が出たんですけど …… と結果の一例を見ていただいたところ， それはランダマイゼイションによって どの樹種のサイズ構成もより均質化されたんだから (たとえば低木しかいない集団というのはもはやありえない)， ある意味特定のモデルがよりよく「あてはまる」ようになり， 推定法由来の見かけの相関もハッキリするようになったんじゃ …… と説明していただく． なーるほど． 言われてみればたしかにそうだ． たしかに樹種に固有なサイズ上限その他が 消されてしまった状況で推定をやってるわけだ …… いやはや， どうもありがとうございます． なるほど．
• 夜は USB テンキーを ThinkPad A21e に認識させる カーネル再構築作業． USB も 2.4 系カーネルもほとんど経験なかったんで， かなりたいへんだった． 要点だけ書いておく．
  • 2.2 系と 2.4 系の System.map を 混在させてはダメな場合がある．
  • カーネルの vmlinuz と System.map は 同じディレクトリになければならない． 安全のため /boot には 2.2 系カーネル残す必要あるんで， 今回は /boot/new というのをでっちあげて 2.4 系をほうりこんだ．
  • カーネルの configuration は USB まわりだけでなく， テンキー使う場合には Input Core 周辺も Y にして， USB mouse/keyboard 設定できるようにする．
  • usbmgr は必須か?
  • テンキーはマウスとして認識される? modprobe keybdev が必要． /etc/modules.conf の alias は dev 名をどうするのかわからん．
  • そのテンキーにつけた PS/2 マウスは， USB マウスとして自動認識された． 特に何も設定しなくても マウスの縦スクロール用ホイール使える (Vine Linux 2.1.5 の場合)．
• ばてました．
• 今日の食卓
  • 朝 (0710): 米 0.8 合． 昨日の豆腐・タマネギ炒めの残り．
  • 昼 (1220): ぱせりぱすた． 昨日と同じ．
  • 晩 (2030): スパゲッティー． レトルトカレー．