ぎょーむ日誌 2014-08-(11-20)

2014 年 08 月 11 日 (月)

• 0600 起床． 朝飯・とらめし・弁当の準備． 朝飯． コーヒー． 0755 自宅発． 0800 保育所着． 0830 研究室着．
• ぢりぢり
• 甲山さんのあやしげなデータ解析こんさる． 個体群的浮動を無視して 「密度」化， 期待値なるものが決定論的である， といったような ……
• 昼飯．
• 午後も午前のあとかたづけ．
• 雨谷君のデータ解析こんさる． Ubuntu 14.04 の wine で WinBUGS が動かないのは既知だけど， 12.04 上でもダメになった …… いよいよ WinBUGS もおしまいだな．
• しかし計算環境はかいめつ状態 ……
• 1740 研究室発． 1810 帰宅． 晩飯． とら風呂． 洗濯．
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 0 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): にぎり飯 (小)．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． ミニトマト． 豆腐．
  • 晩 (1900): 米 0.7 合． カボチャのスープ． 鶏肉とトマト・エノキダケソース．

2014 年 08 月 12 日 (火)

• 0600 起床． 朝飯・とらめし・弁当の準備． 朝飯． コーヒー．
• とら坊， なんだか「お盆やすみ気分」 みたいで一時間以上かけて朝飯 …… 0850 自宅発． 晴． 0900 保育所着． 0930 研究室着．
• くらっきんぐ ……

  研究室 web server がくらっきんぐ…自分サイト内の http://t.co/r9EewXWFk6 の編集pageが Google に発見され，そこから書き換え bot みたいなのが侵入したもよう．トルコ (.tr) からやってきたようで…とりあえず緊急修復・穴ふさぎ．

  — 久保拓弥 (@KuboBook) 2014, 8月 12

  さらにこの侵入経路特定についてしらべてみたら，一種の「おうんごーる」だったというか……なんとなんと北大図書館 HUSCAP と Google という意外な組み合わせだったとは．うーむ，われながらまぬけだな……

  — 久保拓弥 (@KuboBook) 2014, 8月 12

• いきなりさいなん またべつのさいなん

[メモリ]

ThinkPad X201s を強化しようということで， 北大生協で購入したんだけど …… 2 枚とも認識されない， という異常事態． そのあたりの確認作業， けっこう時間をくってしまった． 北大生協にお尋ねしたら「相性問題」 とのことで明日代品が届く． まあ， しょうがないですなあ ……

• 上記問題， 翌日になって Archiss PC3-8500 (DDR3-1066) 4GB×2 を届けてもらって， ぶじ解決 …… 「メモリの相性問題」 って今でもあるんだねー ……
• 昼飯．
• 午後は下うけ計算環境整備， そしてあれこれデータ解析こんさるなメイルの解読 ……
• 1730 研究室発． 保育所でとら回収． 1800 帰宅． 晩飯． ラジオ体操．
• 寝かしつけ． とらが「おんぶーおんぶー」 というのでおんぶして， 比較的平穏のうちに寝かしつけたのだが， この 5 時間後に ……
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 1 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): にぎり飯 (小)．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． ミニトマト．
  • 晩 (1900): 米 0.7 合．

2014 年 08 月 13 日 (水)

• 2 時すぎ， とら泣きおき． ありゃー， ねたまま「う」ですか …… (これは意外とめずらしい) …… あとかたづけして， おんぶうろろ． 15 分ぐらいで寝てくれた．
• 0550 起床． 朝飯・とらめし・弁当の準備． 朝飯． コーヒー． 0820 自宅発． 晴． しかし本日も真夏日は回避されるはず． 油断は禁物だが， 今年のサッポロ真夏日は「すべて終了」となっているかも …… 0820 保育所着． 0900 研究室着．
• ぐだぐだ
• メモリ換装無事終了． くわしくは昨日のぎょーむ日誌参照．
• しかし Google Chrome は大量にメモリをくいつぶすね ……
• 昼飯．
• 気温 28 度弱なのに， ぐだぐだしたかんじが継続して， ですね ……
• Ubuntu 12.04 上でも WinBUGS を動かす Wine 1.0 環境がぶっこわれてしまった (dll なんちゃらといったイヤな壊れかたをした) ので (Wine 1.2 以降では起動はするが R2WinBUGS と連動しない) …… これを奇貨とするべく， ひさしぶりに JAGS を動かしてみる．
• 自分がかつて書いた 生態学のデータ解析 - R で JAGS が役にたつ．
• ただし， ここに書いてある事前分布指定 tau ~ dgamma(P.gamma, P.gamma) とかはダメそう．

  	tau <- 1 / (s * s)
  	s ~ dunif(0, 1.0E+2)
  

  このように書き直すと， 収束がマシになった．
• Gelman の言うとおり， ガンマ分布な「無情報事前分布」はたぶんダメなのだろう ……
• JAGS は自動的に並列化するのかと思ったけど， そうではないもよう? …… parallel なんちゃらのたぐいをうまく使えばいいのかな? 今日はもう時間がないので， この問題は保留．
• データ解析こんさる， ハナシを進めるために有効な質問を考えて送信してみる ……
• 1730 研究室発． 買いもの． 保育所でとら回収． 1800 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 0 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): にぎり飯 (小)．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． 豆腐． ミニトマト．
  • 晩 (1900): 米 0.7 合． 豆腐の味噌汁． 焼き鳥． 枝豆． ホウレンソウ・生ハムのサラダ．

2014 年 08 月 14 日 (木)

• 2 時ごろ， とらが寝ぼけおき泣き． 水を飲ませて， しばらく「とんとん」してたら寝てくれた．
• こちらも寝ようとしたんだけど， ねぞうの悪いぼーいに蹴とばされてるうち， どーにもこーにも眠れなくなって， ですね ……
• するとアタマの中でなぜか， 15 歳ごろまで住んでいた京都市山科区 北花山あたりの地形 ・歴史みたいなものが 「再構成」されるという不思議な状態になってですね …… アタマの中に立体地図みたいなものがぐるぐるして 「日ノ岡峠 から扇状地が山すそにひろがって」 「そもそも平安中期に花山天皇がこのあたりで無理やり出家させられて」 「街道である東海道がその横をたどって」 「大石街道と渋谷街道はこんなふうに交叉して」 「明治のころに 東山用水 (北花山分水路) が， こんなふうに等高線ぞいにトラヴァースして (こんなのよく作るよな)」 「国鉄の東海道本線東山トンネルが開通したら水路は『空中水路』になって」 「東山トンネル掘削の土砂で扇状地末端の地形が変わって」 ……
• 複雑な地形がアタマの中ぐるぐる止まらず …… 「あんなヘンな地形のところに昔からヒトが住んでたとは不思議だなあ」 「それにくらべたらいまいる札幌のこのあたりなんて，ホントにまったいらだし」 「とら坊は大人になってから，このあたりの地形の特徴とか思いだしたりできないんじゃないかな」 …… などなど ……
• 4 時すぎぐらいにまた寝て …… 0550 起床． ねむい．
• 朝飯・とらめしの準備． 朝飯． コーヒー． 0810 自宅発． 今日もすずしい! 0850 研究室着．
• 午前は計算機あれこれにかまけてしまった． 生態学のデータ解析 page の生成には， どうしても Ruby-1.8.7 が必要なので rbenv (cf.) を使って複数 version の Ruby 導入したり …… なんだかうまくいかなくて， /usr/bin/ruby は bash スクリプトで ln -s， /usr/lib/ 以下と /usr/lib/ruby 以下は手動でごちゃごちゃ …… なんとかなった．
• Apache2 設定の悪戦苦闘メモ: Basic 認証で 500 Internal Sever Error となり log には Invalid command 'AuthGroupFile'…
• 対処: .htacess から AuthGroupFile 行を削除する． いやはや ……
• 昼飯 …… は自宅にわすれてきたので帰宅して昼飯．
• 北大生協で文房具などの研究費買い．
• ぢりぢりメイル返信 …… inbox の中がだんだんへってきた ……
• 1720 研究室発． 1740 帰宅． 晩飯． とら風呂．
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 0 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): にぎり飯 (小)．
  • 昼 (1200): 米 0.8 合． 豆腐． サバ． ミニトマト．
  • 晩 (1900): 米 0.7 合． 豆腐・シイタケの味噌汁． キャベツ・ブナシメジ・豚肉の炒めもの．

2014 年 08 月 15 日 (金)

• 3 時半ごろ， とら泣きおき． 水分補給とだっこで寝てくれた …… 当方は， 背筋ちょっといたくて， なかなかねつけない ……
• 0550 起床． 朝飯・とらめし・弁当の準備． 朝飯． コーヒー．
• とら坊せんせい， 世間の「おぼんやすみ」モードをさっしているのか， のんびりぐだぐだなかんじで ……
• そんなにのんびりしているなら …… ということで (のびるのがかなり速い) 両手の爪を切った． とら坊せんせい， とうぜんのごとく 「ちがーう! いたーい!」 と激怒 …… まあ， これであひる組友人諸君の玉顔に 「赤いスジ」を彫りこむリスクが多少は減少したはず．
• とら体温 37.3℃ か …… 中耳炎とか， だいじょうぶなのだろうか?
• ぼーいのきげんをなおしてもらって， 0845 自宅発． 涼しくなってきたのは助かる …… 今日は真夏日どころか夏日も回避できるのかも． 0855 保育所着． あひる組の子， すくない …… 0920 研究室着．
• 進捗しない． 返信すべきメイル用件， すこしづつ削減されてはいるが ……
• 昼飯．
• ちょっと迷宮じみてきた， データ解析こんさるの問題にとりくんでみる． ここでも割算操作によるデータ消失が問題になりそう， なよかん ……
• 資料の解読と質問の整理にうだうだしていたのだが， 帰宅時間がせまってきた …… すると「時間ぎれ効果」 みたいなのが発動して， なんとか質問事項あれこれをとりまとめることができたので， それを送信して本日のぎょーむ終了．
• 1740 研究室発． 1810 帰宅． 晩飯． とら散歩． とら風呂．
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 0 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): にぎり飯 (小)．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． サケ． ゴボ天． ミニトマト．
  • 晩 (1900): 米 0.7 合． 豚肉ソテー． 貝の酒蒸し． トマト．

2014 年 08 月 16 日 (土)

• 0600 起床． 朝飯・とらめし・弁当の準備． 朝飯． コーヒー．
• 今日は「とらバスの日」みたいになってしまった ……

[「くまさんバス」]

とら念願の シロクマラッピングバス に乗りました! …… のってしまえば …… ふつーのバスとかわりないというか， 車内にはシロクマなものは何もないんだけど． 動物園でおりてシロクマを見ようとしたら …… 暑くてクマはひきこもっていました．

[帰りはまたさっぽろ散策バス]

動物園でいろいろ見て， 帰路は中央バスのラッピングバス．

[なぜか「JRH バスの聖地」に?]

夕方， とらは inZONE という家具屋につれていかれたのですが， その店は JR 北海道バスの「基地」というべき 琴似営業所 に隣接していた! 一時間以上， バスの出入りを堪能していました．

• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 0 回
• [今日の食卓]
  • 記憶も記録もなし

2014 年 08 月 17 日 (日)

• 午前はとらと電車の旅． JR 桑園から手稲に行き， 上りの列車に乗り換えて琴似まで戻る． 駅のまわりをふらふら． 駅にバス停あるんだけど， どれも「ハイキング・登山者用バス」 みたいなかんじで， とらの行きたそうな場所ではない ……
• しょうがないので， 徒歩で地下鉄琴似駅へ． ここのバスターミナルも同様．
• 地下鉄で円山に移動してみたんだけど， ここのバスターミナルも同様． 札幌市内中央部にいくバスがほとんどない． そもそも運行間隔がかなりまばら．
• しょうがないので， また地下鉄にのって大通駅へ． そこで札幌市電にのる． 市電に乗れてとらはよろこんでいたんだけど， すでに 3 時間以上も外をうろうろしていたので， 疲れてしまって西 15 丁目につくころには， ぐーぐー寝てました．
• 午後は家の中で遊んだ．
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 0 回
• [今日の食卓]
  • これまた記録も記憶もなし． 晩ごはん， スペアリブの煮こみ・ニンジンサラダ・ジャガイモスープつくってみた．

2014 年 08 月 18 日 (月)

• 0230 ごろ， とら泣きおき． 水補給． おんぶうろうろ …… 30 分ほどで， また寝てくれた．
• 0550 起床． 朝飯・とらめし・弁当の準備． 朝飯． コーヒー． なんだか出発までてまどる …… 0830 自宅発． 0850 研究室着．
• 土日ばて …… 簡単に対応できるやつから， メイル返信．
• 昼飯． それにしても進捗おそい ……
• 「なつやすみのしゅくだい」 みたいにたまっている要件 (ひとつひとつは細かいのだが) をけずりとる作業 ……
• 1720 研究室発． 買いもの． 晩飯．
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 0 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0610): にぎり飯 (小)．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． 鶏肉． 枝豆． 笹かまぼこ． ミニトマト．
  • 晩 (1900): 米 0.7 合．

2014 年 08 月 19 日 (火)

• 0520 起床． ちょっとのんびり． 朝飯・とらめし・弁当の準備． 朝飯． コーヒー． 0810 自宅発． 雨． 0820 保育所着． 0850 研究室着．
• 起動状態よろしくない ……
• まずは生態学会さーばー の web interface Plesk 9.5 上で CSR ファイルの生成 (CRossTrust)， esj.ne.jp ドメイン上 …… いやいや， 前回の記録 によれば top page 左の「設定」から直接いくのか?
• 新しい SSL 証明書の追加． esj2014 とする． 2048 bit．

• 生成された esj2014 の CSR を CrossTruest サイト内でコピー．
• あれこれ穴うめ作業． あとで気づいたんだけど， このフォームについても (後述する) 「履歴情報貼り付け」 やればよかった!

• ただし， 生態学会会長は齋藤さんに変わっているので， その部分は修正する必要あり． 「履歴情報貼り付け」 とは画像 (下) の右上のボタンのこと． 代表者の所属を「日本生態学会」ではなく「一般社団法人　日本生態学会」に， 肩書を「事務所代表」ではなく「代表理事」 と変更する必要あり!

• とりあえず CrossTrust 社の「審査」まち．
• ※ この日の午後おそくになって， 上記申請にまちがいありと学会事務局から連絡． 日本生態学会は今年の 3 月に法人化してしまったので，
• しかし， まち時間も生態学会さーばー雑用がつづく． とっくに修正しておく必要があった， 生態学会さーばー (れんたる) の openssl バグ修正． ホントに今さらですが (北大のあれこれはとっくに修正ずみ)．
• とはいえ， やるべき作業はこれだけだった ……

  	# yum update openssl
  	# /etc/init.d/httpd restart
  	# /etc/init.d/psa restart
  

  たったこれだけのことが「おっくう」で 二ヶ月も放置してたのか ……
• 「育児ばて」の抑うつ症状， まだまだ改善にはほどとおい状態なのかもしれん …… まあ， 回復までまだまだ時間がかかりそうということで．
• クロストラストから電話がかかってきたり， 生態学会事務局に必要な書類を転送したり ……
• 昼飯．
• 翻訳してもらってる本の図版に関する問い合わせあれこれに対応する作業 ……
• 朝からずっと雨ふり． 今の札幌市の気温は 20℃． 今日の 0 時からほとんど変化してない．
• また細胞生物なデータ解析こんさる問題にとりくむ．
• 16 時すぎると， 時計が気になる ……
• 生態学会さーばー SSL 保証書 disturbance がきて， アタマが混乱 ……
• 細胞生物学もんだい， ふしぎとアタマにはいらん ……
• 1710 研究室発． ちょっと雨． 保育所でとら回収． 1750 帰宅． 晩飯． とら風呂．
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 0 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): にぎり飯 (小)．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． 鶏肉． 枝豆． ジャガイモ． ミニトマト．
  • 晩 (1900): 米 0.7 合． 豆腐の味噌汁． キュウリ・トマト・シーチキンのサラダ． 鶏のスペアリブ．

2014 年 08 月 20 日 (水)

• 零時すぎ， とら泣きおき …… なんだか今晩はとくにきげんが悪い …… 40 分以上のおんぶうろうろ， よーやく寝たか?
• ちょっと， よれよれぼろぼろ感あり ……
• 背中いたくてよく眠れない． 0520 起床． ラジオ体操． コーヒー． 朝飯．
• 朝飯・とらめし・弁当の準備．
• 今日はとら坊の「2 歳児健診」ということで， 0820 自宅発． ふつーは 1.5 歳児健診のつぎは 3 歳児健診なんだけど …… 2 月の検診のときに， とらの頭骨 (でかい!) の頂点付近がまだ完全には「閉じてない」とのことで， そのあたりの再チェックのため中央区の 保健センター へ．
• 第 1, 2, 3 水曜日の 0845 から 1.5 歳児健診の健診開始， とらはそれに便乗して 2 歳児健診してもらうことに． 開始 10 分以上前についたんだけど， 番号ふだは 8 番． まわりは 1.5 歳児 (まあ中には 2 歳児もいたんだろうけど) をかかえたお母さんたちがぞろぞろと ……
• とらボーイは医療診断のたぐいが大きらいで， 本日も大音声の号泣． 身長・体重を測定して， 女医さんにちょっと触診されただけなのだが …… 他の子たちは意外と泣いてないな．
• とらはここ半年ほどで身長は 7-8 cm のびたのだけど， 体重は 11.0 kg 周辺をうろうろしている． 走り回ったりできるようになったので， そちらでカロリーを消費して太らないのかもしれない． 保育所の壁にはってある体重の記録などながめると， とらの同級生も「あまり体重ふえない」フェイズに入っているかのように見える ……
• 健診は何も問題ナシ． とらを保育所に送りとどけ， 0940 保育所着． 1000 研究室着．
• ちょっとぐったり．
• 昨日のクロストラスト SSL 保証証もうしこみ問題， まだかたづいていない． 理由は， いまの生態学会会長は北大の齊藤さんなんだけど， 私が申し込み書類の「理事代表」欄に， 「齊藤」ではなく「齋藤」と書いたため． いやはや．
• ぐったり昼飯．
• もうしこみ問題はかたづいたかな ……
• また細胞生物学な問題の …… そう， 「解読」というべき作業のつづき．
• 現実とーひ， SSD の TRIM， コマンドは sudo fstrim -v / …… 28 GB trim に 20 分弱ぐらいかかった． 高速化されたのかな?
• 解読作業ぢりぢり …… 実験の過程で細胞が選抜されているのはわかった． さりながら …… こんどは「何を意図してこんな操作してるんだ?」 というのがまったくわからなくなった． 何か， ナゾの因子の存在を仮定している?
• 今日も「時間ぎれ」感のある撤退． 1730 研究室発． 保育所でとら回収． 1810 帰宅． とらと買いものに出かける …… 晩飯．
• レゴで「動物がたくさんのっているバス」 を作ったらとらがとてもこうふん ……
• 小さくて頑丈な木箱の上にバスをおいて， 自分もその横に座ることで「バスにのっている気分」 を実現しているらしい …… ときどき「おりまーす」といって， 紙袋さげてそのへんうろうろして「買いものしている気分」 にひたってから， また「バスに乗る」．
• さらに， 「バスから下車」 して乗っていたはずのバスを「紙袋にいれる」 という何がなんだかわからないことを始めたり ……
• 21 時すぎてもぜんぜん寝る気配がないので， とらをエルゴおんぶして近所をうろうろ． マンションの階段を何度ものぼったりおりたりすると …… よーやく寝てくれた．
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 1 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): にぎり飯 (小)．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． サケ． ジャガイモ． 枝豆． ミニトマト．
  • 晩 (1900): 米 0.7 合． カレー．