ぎょーむ日誌 2014-08-(01-10)

2014 年 08 月 01 日 (金)

• 0220 ごろとつぜん目がさめた． なんか， 不安定な睡眠， といいますか ……
• 0600 起床． 朝飯・とらめし・弁当の準備． 朝飯． ラジオ体操． コーヒー． 0820 自宅発． 0830 保育所着． 0900 研究室着．
• 今日もぢりぢり ……
• 散髪． 昼飯． 生協書籍部をぷらぷら．
• ぢりぢり
• 1720 研究室発． 買いもの． 保育所でとら回収．
• 帰宅途中， とらとの会話．
  「今日は何して遊んだの?」
  「あー……」
  「園庭のプールはいったの?」
  「たーちゃんとはいって，いっしょにあそんだ」
  「へー」
  「すなだんごつくった」
  もうすぐ二歳になるとら坊， よくしゃべるようになったもんです ……
• 1800 帰宅． 晩飯． とら風呂．
• 昨日・本日の時系列とか割算値とかの tweet あれこれ ……
  • Rで学ぶ回帰分析と単位根検定 @teramonagi www.slideshare.net/teramonagi/r-7… 応答変数・説明変数どちらも時系列データなのに，何も考えずに回帰して「ゆーい!」とか叫びたくなるヒト(生態学研究者に多いかも)は，まずこの大仏様の教えを読んでいただいて，ですね……   10:15:03
  • RT @TJO_datasci : @KuboBook @teramonagi 僕も昔ブログに書きました / Rで計量時系列分析：単位根過程、見せかけの回帰、共和分、ベクトル誤差修正モデル tjo.hatenablog.com/entry/2013/08/…   10:19:35
  • 「データ解析のための統計モデリング入門」6.6章 割算値はなぜダメなのか？ - d.hatena.ne.jp/n_shuyo/201407… @shuyo さんから #みどりぼん §6.6 は「なぜ割算値がダメなのか」の説明・例示になってないとのご指摘．たしかに，もっとうまい例示が必要ですね…   16:08:01
  • 統計モデルに観測値と観測値の割り算値を入れても問題ない www.anlyznews.com/2014/07/blog-p… …まあ，みなさん割算値だい好きだし，これからも割算値いりの統計モデルが使われるのでしょう．とりあえず「この場合は明らかにかなりまずいでしょ」とわかる例を何か作ってみようかな…   22:35:27
  • 「正規乱数どうしの割算値の分布」であるコーシー分布の不思議さ＆めんどくささについては，hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/EcoSj… の粕谷さんの「当日の投影資料」PDF ファイルでその一端の実例が紹介されています。   22:47:21
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 1 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): にぎり飯 (小)．
  • 昼 (1200): 北大生協． 米 0.7 合． 鶏肉． サラダバー．
  • 晩 (1920): 角食． ラタトゥイユ．

2014 年 08 月 02 日 (土)

• とらあれこれ， のあいまにこういう tweet で本日終了．
  • RT @ibaibabaibai : 「なんでもかんでも最小２乗法・ガウスマルコフの定理バンザイ」　．ｖｓ　「離散データに最小２乗法はダメ」も，「割り算値」もかなりの部分がイデオロギーなんだよね．しかし「イデオロギーだからダメ」という浅い考えは現代の通弊で，思想は思想として大いに対決すれば良し．   11:07:41
  • RT @uncorrelated : 作ってみました。 d.hatena.ne.jp/uncorrelated/2… RT @KuboBook : とりあえず「この場合は明らかにかなりまずいでしょ」とわかる例を何か作ってみようかな   13:13:44
  • . @uncorrelated さん、ご連絡いただき、ありがとうございます。これらは、私ではなかなか思いつかなかった例示だと思います。勉強になります。   14:19:22
  • @uncorrelated さんの例 d.hatena.ne.jp/uncorrelated/2… 割算値な説明変数つかうより使わないほうが推定値がマシになってると見える場合もあるけど、そもそも真の値からかなりずれているので、良い悪いを比較する意味がない、という例示を意図されているように見える。   14:28:40
  • RT @uncorrelated : 汚いコードなので恐縮です。エントリーを書いてからチマチマと遊んでいたのですが、xとyの真の値の分布をrnorm(n, sd=5)ぐらいで作ると、z=1*2*x/yの方がいい感じで割り算で破綻することに気づきました。 @KuboBook pic.twitter.com/wIs3UtrjOg   14:37:06
  • これも興味ぶかい結果だと思います @uncorrelated   14:40:42
  • . @uncorrelated あとで tweet するかもしれませんが、説明変数としての割算値というのは、私はほとんど検討したことがなくて（生態学ではそんなの役にたたんだろうという予断があるので）今回の結果から読み取れること考えています。そのいっぽうで、応答変数については……   14:46:29
  • 分子・分母が正規分布その他の確率変数の割算値と思える数量を応答変数にしてしまう、というのは生態学のデータ解析ではよく見かけるので、説明変数に割算値がなくてもご指摘の問題が発生するのかもしれません。この場合は、offset 項など統計モデリングの工夫で何とかならないかと考えてます。   14:51:47
  • . @uncorrelated そうですね。こういうチェックは必要ですね（人によってはかくのごとき人造はずれ値をあらかじめ除去するかもしれませんが）。このへんについての紹介・図示は（私ではなく）九州大学の粕谷さんの投影資料ですよね… hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/EcoSj…   15:11:53
  • ネット上だといろいろな（いでおろぎーの?）統計モデルをながめることができて興味ぶかい。私などよりよほど勉強していそうな人が割算値で期待値を増減させるモデルを提示していたり……とりあえず分野によって、現象論的な統計モデルはぜんぜん異なる「ふつー」があるということで。   15:23:41
  • これは私の予断というか偏見すぎないんだけど、生態学では観測値÷観測値を説明変数として使わなければならない（他にマシな方法がない）統計モデルは「使えない・ありえない」気がする。これの当否はともかく、割算値好きの生態学研究者も割算値な説明変数は意外とつかっていないような気がしますよ。   15:36:20
  • いっぽうで、割算値を応答変数にするとか、割算値どうしの線形相関係数を推定するとか（とくに y/x VS z/y のような凶悪なやつ）…こういうのは、生態学研究者の大好物といってもよいのかもしれませぬ…あ、あと「のんぱらめとりっく」防御戦術？   15:45:28
  • 「のんぱらめとりっく」はベイズなあれではなく、順位統計量を使った検定に帰着させること。今でもこれの「万能性」を信奉する研究室が点在しているけれど…ここでも粕谷さんのご指摘あれこれ kasuya.ecology1.org/stats/index.html のおかげで、以前ほどの「何でもアリ」感はうすれたかな？   15:51:59
  • 自分用備忘録なんだけど、生態学で使われる（隠れ？）割算値な説明変数としてGISが出力する「ある地点の近傍の土地利用割合」、これは割算値の危なさというより空間相関のせいでいわゆる spurious 回帰の空間統計版かもね？と疑っている…自分ではまだ勉強も実験もしてないんだけど。   16:18:25
  • RT @knzm2011 : . @shima__shima 先生によるベイズ推定の講義が始まった #tokyoscipy   16:31:38
  • へー、今日は #tokyoscipy やってるんだ……こういう内容 github.com/tokyo-scipy/ar…   16:32:43
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 2 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): フレンチトースト．
  • 昼 (1240): そうめん．
  • 晩 (1900): 米 0.7 合． 豆腐の味噌汁． ニンジンのサラダ． キャベツ・豚肉の蒸し煮．

2014 年 08 月 03 日 (日)

• 今日は おたる水族館 に行ってみました．

[ネズミイルカ]

国内最小のイルカ． 水族館での展示は珍しい， とか．

[海獣公園]

海に直結していて， 開放感があっていいかんじです． 小樽的な地形を利用している， といいますか．

[トド]

巨大なトド (最大 1 トンちかいとか) におどろくとら． このあと， さらにこのあと， セイウチ のエサやりをみたんだけど， 巨大な牙をもつ 1.3 トンのオス成獣はすごい! sexual selection の帰結 …… しかも「芸」が細かい．

[バンドウイルカ]

大人気のショー． ほかにセイウチ (若い雌) とオタリア も芸を見せてくれました． 海獣ってホントに情報処理能力が高いよね …… 人間のコトバもかなりわかってるみたい．

• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 1 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): 角食．
  • 昼 (1130): 水族館の食堂で豚丼．
  • 晩 (1920): 米 0.7 合． ラタトゥイユ． ニンジンサラダ． あああ

2014 年 08 月 04 日 (月)

• どうもねむれないので 0510 起床． …… 朝飯・とらめし・弁当の準備． 朝飯． とら坊がおきてきたので， コーヒー．
• 体重 69.8 kg． ちょっと復旧した． やはり現時点で 69 kg 未満は， 「くたびれきったぼろぼろ状態」 ということではないかと． ちかごろは， できるだけタンパク質なんかを摂取するようにしている．
• 0820 自宅発． 今日も真夏日になりそう． まあ， いつものように 30℃をちょっとこえるだけ， ですみそうだけど． 0840 研究室着．
• また細かいしごとばかりを， ぷちぷちとつぶしていく作業．
• ちょっと Vim 設定の試行錯誤． Vim/GVimで「日本語入力固定モード」を使用する という解説をみながら， Ubuntu & fcitx の場合について設定してみた． なんとかうまくいった．
• しかし日本語固定モードのありがたみがいまいちよくわからず， そうでないモードのほうもよくわからない …… Vim は「なんだか無意識」で動かしていることが多いので， 「お， 改善された」 といったことが検知されにくいのだろうか．
• ~/.vimrc にてきとうにあれこれ書いているわけだが …… いちばん気に入ってる設定は imap <C-j> <esc> …… これは Ctrl+J が escape になる， つまりモードの切替ができるということ． ひじょーに便利ですよ!
• 昼飯． だんだん天気が悪くなってきた． 天気予報が更新されて …… 明日だけでなく明後日以降も「脱」真夏日? まあ， 期待したいところですが ……
• 午後もぷちぷち
• おさる松田君の論文原稿をよむとか， 大学院入試についての問い合わせについて回答文を作成するといったぎょーむもあるのだが ……
• 15 時からデータ解析こんさるなので， 北海道山地データにとりくむ ……
• 雨海君と高山データ解析の相談． さすがに大学院生とハナシすれば， 自分一人では決断できなかったあれこれが， ぢりぢりと進んでいくものですなあ ……

[メモと健康診断表]

あれこれ説明を書いた紙切れと， その途中に送られてきた先月の健康診断の結果． 後者は， たぶん「悪い」だろうと思っていたので， 血液検査の結果とか「ぜんぜん異常なし」になっていて， ですね …… 翌日，これだけの検査項目で何がわかる， といったご指摘もいただきましたが． ……

• 1720 研究室発． なぜか， 外食．
• 22 時すぎ， とらがなかなか寝てくれなくて泣きつづけるので， おんぶうろうろ ……
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 1 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): にぎり飯 (小)． 味噌汁．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． ミニトマト． ゴーヤ・卵の炒めもの． 豆腐．
  • 晩 (1900): 円山の中華料理． とら坊， ビーフンにコーフンしてました ……

2014 年 08 月 05 日 (火)

• 「おきるー」とらにおこされて， 0400 起床． 絵本よみ． ベランダうろうろ． また絵本 …… ようやくねたかな？ …… いや， 寝てない!
• しょうがないので， 雨ふりの外に出てとらおんぶ散歩うろうろ …… さすがにこれで寝た．
• とらはぐーぐー寝ているけれど， 朝飯・とらめし・弁当の準備． 朝飯． コーヒー． 0830 ごろにとら坊がおきてきた …… 0855 自宅発． 0905 保育所着． 0930 研究室着．
• すごくくたくた ……
• 昼飯．
• ぢりぢり ……
• めずらしく， 電話によるデータ解析こんさる ……
• 1720 研究室発． 1750 帰宅． 晩飯． とら風呂． とらが「らじおたいそー」 との号令をかけるので， ラジオ体操をたてつづけに 2 セット．
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 2 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): にぎり飯 (小)．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． 鶏肉．
  • 晩 (1900): 米 0.7 合． 肉・野菜いため． ゴボウ．

2014 年 08 月 06 日 (水)

• 0430 「おんぶーおんぶー」 ということで， とらおんぶうろうろ …… 20 分ほどで寝てくれた ……
• 0600 起床． 朝飯・とらめし・の準備． 朝飯． とら坊がおきてきたので， コーヒー． 0810 自宅発． 0840 研究室着．
• データ解析こんさるのメイル書き …… 相手は細胞生物学のヒトなんで， いろいろ丁寧に説明しなくては …… いや， 生態学研究者あいての場合でも， このぐらいの丁寧さはつねに要求されるレヴェルだな．
• 昼飯．
• 午後はコマかい系のぎょーむとか．
• また xrdp まわりの設定で苦闘． どうも fcitx は使えないみたいだ ……
• 1720 研究室発． 1750 帰宅． とらと散歩． 今日は札幌市電けんぶつ．
• 23 時すぎ， また「おんぶー」なとらを背負ってうろうろ …… 20 分ぐらいで寝てくれた．
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 1 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): にぎり飯 (小)．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． ミニトマト． とり肉．
  • 晩 (1900): 米 0.7 合． ニシンの塩焼き． ナス・ピーマン・生揚げの炒め煮．

2014 年 08 月 07 日 (木)

• 0600 起床 …… 今朝は黎明泣きがなかったが …… わりとすぐにとらがおきてきた． 朝飯・とらめし・弁当の準備． コーヒー． 0750 自宅発． 0800 保育所着． 0820 研究室着．
• データ解析こんさるメイルかきにとらっぷされてしまう ……
• 昼飯．
• 午後もぢりぢり ……
• 1720 研究室発． 雨． 1800 帰宅． 晩飯． ラジオ体操．
• とら坊， 今晩もまた「ねなーい!」「ちがーう!」と就寝拒否． 22 時すぎまでおんぶうろうろ ……
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 1 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): にぎり飯 (小)．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． 鶏肉． ミニトマト．
  • 晩 (1900): 米 0.7 合． 味噌汁 …… いかん， 記憶が欠落 ……

2014 年 08 月 08 日 (金)

• 3 時すぎ， 「ちがーう!」ボーイの睡眠拒否につきあって， おんぶうろうろ …… おや， 今回は 15 分ぐらいで寝たぞ?
• 0600 起床． 朝飯・とらめし・弁当の準備． 朝飯． コーヒー． 0810 自宅発． 0830 保育所着．
• ちょっと現実とーひ的に， 細胞生物学なデータ解析こんさるの問題にとりくむ …… plot(xtabs(...)) のつかいかたは こちら を参照．

• 7 月末から 8 月始めまで札幌でも「30℃ ちょいごえ」 の真夏日が続いて， かなりうんざりしていたのだが …… 三日ほど前から気温が急低下して， ここ数日の最高気温は 26-27℃ぐらい． 今日もすずしいかんじ． ときどき， 雨ぱらぱら．
• 昼飯．
• ほとんど廃物である (院生が見捨てて放逐した) Dell Latitude E6500 (OS は Ubuntu 14.04) は「非力」なので Google Chrome ではなく Firefox を使っているのだが …… さきほど Firemacs というアドオンいれたら， Emacs キーバインドが使えるようになって， 「すこし便利になったかも」 といった気分に．
• はい， 私は Vim つかいですが， なぜか Emacs キーバインドも使います …… まあ， bash とかコマンドライン上では， だれでもあたりまえに使ってますよね．
• しかし， これまでの Firefox の keyboard shortcut と Emacs のそれが私の アタマのなかで衝突して， ちょっと混乱気味のおぺれいしょんとなっております ……
• 今年度はさいわいにも研究費がある程度は自由につかえるので， 計算機あれこれとか書籍を発注 …… けっこう時間がかかる．
• 3 年ほど使っている ThinkPad X201s のメモリ 2GB なんだけど， さいきんリソースばか喰いになってきた Google Chrome とかに対応するために増設を試みることに …… 北大生協にまる投げしたら， すばやく調査してくれた ……

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  …… RAM を買うのはひさしぶりなんで， 「すごく安い」と感じた．
• 1720 研究室発． 保育所でとら回収． 1800 帰宅． とらと買いものにでかける． 晩飯． ラジオ体操． とら風呂．
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 3 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): にぎり飯 (小)．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． サケ． 豆腐． ミニトマト．
  • 晩 (1920): 米 0.7 合． 豆腐の味噌汁． 焼き鳥． ハム・トマト・レタスのサラダ． とうもろこし．

2014 年 08 月 09 日 (土)

• あけがた， とらの背中をとんとんして寝かしつけるといったことをやりながらも， 7 時すぎまで寝てた． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
• 午前中はとらと「札幌市電の旅」に出ることに …… 何やら「でんしゃのりたーい」と叫んでいるので．

[市電の新型車両]

べびーかーで乗りこむのも比較的容易にできた． とらは初の市電乗車でよろこんでいたんだけど， 乗客がけっこう多かったので， そういう環境はちょっと落ち着かなかったようだ． 終点のすすきので降りて， そこからは地下鉄に乗って帰宅．

• 昼飯．
• とら寝かしつけ …… 寝てくれたのでこちらもひとやすみ．
• 買いものにでかける．
• 晩飯． ラジオ体操．
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 2 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): パンケイキ．
  • 昼 (1200): 野菜パスタ．
  • 晩 (2000): 米 0.7 合． ホタテ・イカスープ． キャベツ・ソーセイジの蒸しもの．

2014 年 08 月 10 日 (日)

• 0630 起床． 朝飯の準備．
• 廊下のむこうから「てけてけ」 というとら坊のあし音とともに「よくねた」「よくねた」 というかけ声も …… とら坊， 二歳になった変化なのかい?
• 朝飯． コーヒー．
• 今日はとら坊の二歳の誕生日ということで， 昨日の「市電のりたーい」要望につづいて， 「バスのりたーい」日ということで， 中央バスのさっぽろ散策バス にのって自宅ちかくから出発， 動物園を経由して大倉山ジャンプ台までいって， 出発地のバス停までもどりました． 乗車時間は 40 分ぐらい． 210 円． とらは無料．

• 昼飯．
• とら昼寝のねかしつけ．
• ちょっとのんびり．
• とらをつれて買いもの．
• 晩飯の準備 …… とらの好きな「かぼちゃスープ」を作ってみたり． 晩飯． ラジオ体操． とら風呂．
• 夜． なかなかねてくれない …… エルゴおんぶうろうろ， 「いっしょにねてー!」 とかさけんでいる …… 22 時すぎ， ねかしつけ終了．
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 1 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): フレンチトースト．
  • 昼 (1200): 円山のざぼう庵でアナゴ天丼セットとか．
  • 晩 (1900): 米 0.7 合． カボチャスープ． 肉じゃが． キュウリ・トマト・豆腐のサラダ．