ぎょーむ日誌 2013-03-(01-10)

2013 年 03 月 01 日 (金)

• 0700 起床． 今日もいちにちひきこもり， とらちゃんのあいて． ミルク． 爆発事故何度も何度も …… しかし今日は一度も格納容器破損がなかった! …… いや， 記録をみると一度やられたか． そのあと洗濯． 体温測定何度か …… 最大でも 37 度ぐらい． 今日の離乳食は (昨日と同じく) 五倍がゆ+ゆで粉砕ニンジン． とらちゃんの床上ろーりんぐ練習のカントク …… あちこち移動して何でも口にいれるようになってしまった．

[おんぶ寝とら]

今日はおんぶ・バウンサー・ハイローチェア， あちこちで「ちょい寝」しました．

• 来週木曜日のESJ60 の自由集会 の準備がまだ何もできていない． しんどいなあ ……
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず …… 背筋への累積負荷が次第に危険な水準に到達しつつあり．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0720): 米 0.7 合． ネギ・豆腐の味噌汁． ニンジン・ネギ・ブナシメジ・卯の花の炒めもの． キャベツ・キュウリ・セロリ・タマネギのサラダ．
  • 昼 (1300): 米 0.7 合． 卵焼き． キャベツ・キュウリ・セロリ・タマネギのサラダ． リンゴ．
  • 晩 (1840): 米 0.7 合． ダイコン・セロリ・タマネギ・ニンジン・ジャガイモ・鶏肉のスープ． ササガレイの干物． キャベツ・キュウリ・セロリ・タマネギのサラダ．

2013 年 03 月 02 日 (土)

• 0630 とら坊ないて起床． 昨晩はなかなかたいへんだった． 4 時すぎにまた暴れたし ……
• それとはたぶん関係なく， ものすごい低気圧の襲来で， 一日じゅう暴風雪だった．
• とりあえず， ミルクのませてハイローチェアで寝かしつける． これはうまくいって， 2 時間ぐらいねてくれた．
• 来週木曜日 (!!!) の 自由集会 の準備がまだ何もできていない! まあ「割算」値の統計モデリングなので， 今までのつかいまわしが多くなりそうなんだけど …… こんなかんじで 50 分ほどしゃべろう， という腹案なのだが ……
  1. 「割算」統計解析はなぜまずいか?
     • いつものごとくお題目あれこれをならべてみるわけだが ……
     • 意外とこの部分はむずかしそうな気がしていて， 「ぱっと見て」こりゃダメだなとわかる図を作るのは難しいかも
  2. 「割算」な統計モデリング (カウントデータ初級編)
     • ここは「いつものハナシ」なので軽くながす
     • offset 項と logistic 回帰
  3. 「割算」な統計モデリング (カウントデータ中級編)
     • 二項・多項ロジスティック回帰をポアソン回帰でおきかえるハナシ
     • 前回の分割表でやったので，例題を少しかえる
  4. 「割算」な統計モデリング (連続値データやや面倒編)
     • 「中級」のアナロジーで beta 分布・Dirichlet 分布は ガンマ分布モデルで置き換えられるハズなのだが …… rate parameter が「そろって」ないとダメという制約あり
     • ということで， 何年か前にやった「重量分配」のモデルみたいなのが無難では， というハナシになるかな?
• しかし， どーにもとら坊の相手をしてしまって ……

[とらうぉーる]

障害物を配置して， とらの行動範囲を制約してみた …… このていどの障害で， 意外とコントロールできるな．

[電子レンジの上の ThinkPad]

午後の後半から Ergo でだっこした状態がつづき， テイブルの上に置いていてはうまく操作できないので， こういうふうになってしまった ……

• けっきょく， 準備はほとんどすすまず ……
• 体重 70.6 kg． まあ， ひくめあんていでしょうか．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0740): 米 0.7 合． ダイコン・セロリ・タマネギ・ニンジン・ジャガイモ・鶏肉のスープ．
  • 昼 (1310): 冷凍うどん． 今日は「かきあげ」．
  • 晩 (1900): 米 0.7 合． ネギ・ハタハタの味噌汁． キャベツ・ソーセイジのレモン・ワイン蒸し． ニンジン・ネギ・ブナシメジ・卯の花の炒めもの．

2013 年 03 月 03 日 (日)

• 0700 起床． とらちゃんいきなりばくはつぶつ事故． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
• 今日はひさしぶりに大学の研究室で作業ができる (2/22 以来だ!) …… 来年度にくりこされないぶんの有給休暇を使った 「なんちゃって育休」が 10 日ほど続いたわけで …… 0920 自宅発． 曇． 0950 研究室着． そのあとまた風雪．
• ぢりぢりと進捗させてみる努力．

[三面ディスプレイ]

まあ， たくさんあると作業がやりやすいよね． とうぜんながら， 複数の計算機間で相互にファイルの編集ができるような状態になっているだけでなく， どこにあるファイルであっても指定したディスプレイで内容表示できるようになっている …… Linux なんかだとかなり簡単にそういうことができる．

• かんたん昼飯．
• ちょっと「暴風雪の中で自分の現在位置がわからなくなった」 状態なので (このあたり，自分の投影資料作成システムが， アウトラインエディター的に機能しないのが問題なんでしょうなあ …… いわゆる「ぱわーぽいんと」的なソフトウェアはこの点ではすぐれているような)，
• とりあえず， 今回再利用できる部品をきりはり．

• 下の画像は Wikipedia の項目 Poisson distribution の一部． かくのごとく， カウントデータをとりあつかう， ポアソン分布 ⇔ 二項分布・多項分布ってのは， すっきりとした関係になっているのだが ……

• ならば連続値データについては， Gamma distribution をつかえばすっきりと …… とならないのがめんどうなところ． ベータ分布に対応させるためには scale (または rate) parameter が定数でなければならない (つまり分散 ∝ 平均)， ディリクレ分布はもっとめんどうで scale が 1 に固定 (つまり分散 = 平均)． (3/4 追記: Wikipedia の Dirichlet distribution の項目をみると， 分散 ∝ 平均のガンマ分布でいいみたいだ)

• ちなみに R の glm(..., family = Gamma) で使われているモデルは ここで解説したように， 上のようなモデルとはまったく異なる．
• はてさて， どうしたもんかね ……
• 1730 研究室発． 買いもの． 1800 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): 米 0.7 合． ネギ・ハタハタの味噌汁． ダイコン・セロリ・タマネギ・ニンジン・ジャガイモ・鶏肉のスープ． ニンジン・ネギ・ブナシメジ・卯の花の炒めもの．
  • 昼 (1220): 研究室． セイコーマートのいなりずし． リンゴ．
  • 晩 (1930): 米 0.7 合． ネギ・シジミの味噌汁． タマネギ・ピーマン・ラムをジンギスカンソースで．

2013 年 03 月 04 日 (月)

• 0700 起床． 朝飯の準備． 朝飯． 0810 自宅発． 晴． 除雪も進んで歩道は歩きやすくなった． 0840 研究室着． コーヒー．
• そうそう， 昨晩おそく粕谷さんが「AIC の誤用」という文書を配布されて， AIC を使ったモデル選択では (かなり単純化した状況でも) 「真のモデル」でないモデルを選ぶ確率が 15% もあるのに， AIC 最良モデルがあたかも真のモデルであるかのようにあつかう 生態学研究者が多すぎる …… といった内容だった．
• その趣旨にはおおむね賛成だけれど， 私自身がこのあたりの議論をアタマの中で整理できていないので， そのあたりを多少明確にするためにも， 下のようなかんじで返信さしあげてみた．

  久保です．たいへん興味ぶかく読ませていただきました．
  
  私自身，この問題についてまだ十分に検討できていないのですが……
  粕谷さんの論法で「15% も誤り確率があるから」ということを根拠と
  してしまうと，それに対するへりくつ的な反応の一例として，たとえば，
  それでは AIC の差が d 以上 (まあこの d は 2 でも何でもよいので
  すが) の場合は複雑モデルを採用し，そうでなければパラメーターの
  少ない単純モデルを採用すれば，誤り確率を小さくしつつ「よい」モデ
  ル (何が「よい」のかはとりあえず未定義) が選べるはずだ……といっ
  た用法が肯定されてしまいそうです．実際のところ，AIC をこのように
  使っている人もいますが (Burnham & Anderson のカエル本とかでそう
  いったことが書かれているから)，どうしたものでしょうか．
  
  もうひとつ気になるとしたら，効果の大きさと予測の良さの関係が議論
  されていないところでしょうか．AIC を使ったモデル選択では，
  
  ・それによって真のモデルが選ばれるわけではない
  ・与えられたデータだけで，予測の良いモデルを選びたい
  
  といったことが基本となるかと思うのですが，そうだとすると，たとえ
  ば単純モデル・複雑モデルのうち「誤り」が選ばれたとしても，推定さ
  れた両モデルが同じような予測をするのであれば，どちらもモデルでも
  良い……ということかと思います．
  
  この論法でいくとすると，そのときに注目している説明変数が「効果が
  ある」のかどうかは，統計学だけの問題ではなく，予測分布の差異がそ
  れぞれの分野でどのように解釈されるのか (たとえば，ある生物の成長
  速度が 0.01±0.001% 異なるという予測は，その研究において生物学的
  に意味のあるちがいなのか) といった議論をしなさい，と指摘しておけ
  ばよいのではないでしょうか．つまり，モデル選択の誤り確率の大小を
  気にするよりも，単純モデル・複雑モデルそれぞれの効果の大きさとそ
  の予測への波及の度合いをちゃんと計算しておきましょう，といったハ
  ナシなのかもしれません．
  

• 昨日，scale (または rate) parameter が 1 のガンマ分布を使わないと， ディリクレ分布と対応づけられない …… といったことを書いたけど， こんどは Wikipedia の Dirichlet distribution の項目を読んでみると， やはりというか分散 ∝ 平均なガンマ分布で OK， とわかった．

• 午前中は準備作業があまりすすまづ． 昼飯． ねぶそくぎみでしんどい ……
• 三中さん から「系統樹曼荼羅―チェイン・ツリー・ネットワーク」 (Amazon) をいただきました． Haeckel (1868) の地図+系統樹， すごい!

• どーにもしんどいので， 自由集会の懇親会 の準備とか． といっても今回からは「いきあたりばったり」方式という， 当日になって店をさがす方式にしたので， JR 静岡周辺の店の予約連絡先なんかをメモしただけだが．
• 発表準備ぢりぢり ……
• いまいち進捗しないな …… 1710 研究室発． 買いもの． 1740 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0740): 米 0.7 合． ネギ・油揚の味噌汁． キャベツ・ソーセイジのレモン・ワイン蒸し．
  • 昼 (1240): 研究室． 米 0.7 合． もずくスープ． バナナ．
  • 晩 (1900): 米 0.7 合． ダイコン・タマネギ・ニンジン・鶏肉のトマトスープ． 塩ザケ．

2013 年 03 月 05 日 (火)

• 0710 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 0820 自宅発． 晴． あいかわらず雪ザンゴウの中を歩いているんだけど， いまの気温は零度ぐらいで暖かい． 0840 研究室着．
• 今日からすでに生態学会大会 (ESJ60 静岡) が始まっているんだけど， 私はまだ札幌でうだうだしている次第． 木曜日に移動して， その日の夜に発表して金曜日に帰る予定． ESJ60 は土曜日までつづく……ながいねえ……
• まわりのヒトたちはもうでかけたのかな? しずかで平穏だ．
• にもかかわらず準備作業はすすまない． 時刻はすでに 11 時すぎ．
• ちょっとうんどう， 30 秒ぶらさがり + うでたてふせ． ラジオ体操． 昼飯．
• ぢりぢり ……

• 1800 研究室発． 1830 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• しんどいなあ． のどもいたい．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): 米 0.7 合． ダイコン・タマネギ・ニンジン・のトマトスープ．
  • 昼 (1230): 研究室． 米 0.7 合． 塩ザケ． ソーセイジ． スナップエンドウ． バナナ．
  • 晩 (2040): 米 0.7 合． ハクサイ・ネギ・豚肉の鍋．

2013 年 03 月 06 日 (水)

• 0700 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 0810 自宅発． かなり重い雪． 0840 研究室着．

[3 月になっても]

すごい積雪・降雪量． 気温はぢりぢりと高くなりつつあるんだけどね ……

• 自由集会 (明日夜だ!!) の準備， ぢりぢり ……
• しんどい
• 昼飯．

[岩波「統計モデリング入門」とどく]

第 6 刷 (3/5) +700 部， おかげさまで， 第 1--5 刷で 4700 部ぐらい売れました． ありがとうございます．

• ディレクレ分布をつかった GLM みたいなことができるか? …… といったかんじの質問いただいたので， まあ自由集会とも関連するので， ちょっと調べてみたところ， library(DirichletReg) なる比較的あたらしい R pacakge が見つかった． ホントに「なんでも」あるな． こんなかんじで返信．

  いま自分で得たばかりのあやしげな知識なのですが，R の library(DirichletReg)
  https://www.google.com/search?q=Package+DirichletReg
  というディリクレ分布の GLM のあてはめをする pacakge では logit リンク関数
  を使っているようです．一般化した logit といいますか，応答変数が 3 次元以上
  であっても使える，多項分布ロジスティック回帰で使っているリンク関数ですね．
  http://en.wikipedia.org/wiki/Multinomial_logistic_regression
  

• うーん， こういう図で説明してわかってもらえるだろうか ……

• 完成しないまま， 1730 研究室発． 買いもの． 1800 帰宅． 晩飯．
• 明日は JR 品川 の充実した待合室で作業することになってしまうかも …… ともかく「真の〆切」は明日 18 時! (ただし札幌から静岡まで移動しなければならない)
• 少しでもススめなくては， と考えているんだけどなかなか進捗しない …… しんどい
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず …… 今日はあまりだっこしてないな ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): 米 0.7 合． ダイコン・タマネギ・ニンジン・のトマトスープ． スナップエンドウ． レンコン・ベイコンのきんぴら．
  • 昼 (1230): 研究室． 米 0.7 合． サケ． スナップエンドウ． レンコン・ベイコンのきんぴら． リンゴ．
  • 晩 (1900): 米 0.7 合． ネギ・油揚の味噌汁． コマツナ・エノキダケ・豚肉の炒めもの． レンコン・ベイコンのきんぴら． キュウリのマリネ．

2013 年 03 月 07 日 (木)

• 0650 起床． 朝飯の準備． 朝飯． 0850 自宅発 今日は 18 時までに生態学会 静岡大会 (ESJ 60) にたどりつき， 自由集会 でしゃべればよい．
• 天気はよい． 0905 札幌． しかし， 列車すこしおくれぎみ． 0914 同発． 0950 新千歳空港． 1015 ADO 016 搭乗．

[1D 席はプレミアムクラス]

とくによく考えずにこの席をとったのだが …… 普通料金でこういういい席にあたりました． AIRDO がもつ B-767-300 の中には， こういう席がそのまま残されているものがひとつあるそうで．

• 機内では自由集会の準備をひたすらつづける …… 1150 羽田着． 1211 京急で同発． 東京は春ですなあ …… 1227 品川着．
• JR 品川駅の新幹線のりば周辺をうろうろと偵察．

[北改札口の先にある待合室]

事前に調べていたとーり， 電源のある机があり， 各電話会社の無線 LAN が充実している． 正午すぎのこの時間は満席状態だったので， とりあえず昼飯． ここの新幹線のりばは昼飯とか食うのには適した場所ではなく， 弁当など売ってる売店とスターバックスがあるだけ …… 昼飯はスターバックスのサンドイッチとコーヒー．

• 15 時すぎまで自由集会の投影資料を改訂していく作業をつづける …… できあがった PDF ファイルは， ThinkPad → USB ケイブル → iPhone → GoodReader (SFTP接続) → (Softbank 無線 LAN) → Web Server という経路で移動できる．
• 1533 こだまに乗って同発． 車内でもすこしばかり改訂作業の続き． 1654 静岡着， 在来線にのって 1700 同発， ひとえきで 1704 東静岡着．

[ESJ 60 会場 グランシップ]

建物はこのようにでかいのだけど ……

[自由集会 E 会場]

会場の部屋はかくのごとくせまく， このあとすぐに満席． その後にきたひとたちは帰ったり， 立ち見をしたり ……

• 18 時から自由集会 データ解析で出会う統計的問題 -- その「割算」あぶなくない?， まずは私が「割算」回避の統計モデルわざの紹介．

• 粕谷さんは コーシー分布 のハナシ …… 生態学会でコーシー分布なんて， どうなることやら …… と思っていたのだが， かなりおもしろかった． 連続値の割算値の性質のふしぎさがあれこれわかった， といいますか．
• 20 時に無事終了． 昨年とかの自由集会懇親会はかなり混乱した状況で店さがしとかやったのだが， 今回はそういうことがなく …… といいますか粕谷さん・箱山さん・児玉さん・私の四人だけで， こじんまりと楽しい会になりました．
• 23 時すぎに駅の南にある宿着． ばてました ……
• [今日の運動]
  • うんどうしてない．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): 米 0.7 合． ネギ・油揚の味噌汁． 卵．
  • 昼 (1300): スターバックスのサンドイッチ， 待合室はこんでいたので， プラットホームのベンチで食った．
  • 晩 (2100): JR 静岡北側の 手羽揚げ いっぽ で鶏肉料理とか， いろいろとおいしいものをいただきました． たくさん食べたけど， ひとり 3000 円ぐらい．

2013 年 03 月 08 日 (金)

• あ， ぎょーむ連絡を忘れていました． 昨日の自由集会で レーザーポインター をかしてくださったかた， 久保 (kubo@ees.hokudai.ac.jp) までご連絡ください． レーザーポインターをお返します． あるいは貸してくださったかたのお名前をご存知のかたがおられましたら， 久保までご連絡していただけないでしょうか． よろしくお願いいたします．
• 静岡滞在 2 日目， 今日はさっさと札幌に帰るだけ． 0600 起床． あまりよくねむれづ …… ややしんどい． 宿の朝飯． 駅ちかくのホテル に宿泊してるんだけど， 部屋はなかなか広いし (少なくともせまくるしいかんじはまったくない) 朝食ビュッフェ もがんばっているので， なかなかよろしいのではないでしょうか．
• 0740 宿発． 0811 ひかりにのって JR 静岡発． 0904 品川着． 0911 京急にのりかえて同発． 0937 羽田空港着．
• 第 2 ターミナル北端の AIRDO な乗り場へ． 1021 ADO 019 42F (今回は一番うしろ) 搭乗． 機上ではぐったりぎみ読書．

[春の羽田空港 B767-300]

すでに春めいた「内地」を離れて， 何もかも白い真冬の北海道につれもどされて …… といった空の旅でした．

• 1146 新千歳空港 1204 JR 快速エアポートにのって同発． 曇天． 何もかも雪に被覆されてる． 1240 札幌． 大学の研究室へ． 昼飯．
• メイル連絡その他あれこれ．
• 1500 研究室発． AEON 桑園の歯医者で治療 …… また 4000 円以上になった． 歯は大切にしましょう．
• AEON 桑園で買いもの． 1640 帰宅．

[とらちゃん二次元機動]

横転 (ロール，上) と超信地旋回 (下) が使えれば二次元機動は可能なんだけど， それにくわえて最近は 「はいずり ずりはい (というそーです)」 まで加わって ……

• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0700): 宿の朝飯．
  • 昼 (1300): 研究室． ぱん吉のパン．
  • 晩 (1800): 米 0.7 合． サトイモ・ニンジン・タマネギ・豚肉の味噌汁． サバの干物．

2013 年 03 月 09 日 (土)

• 0700 起床． よくねた …… 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
• 午前はとらおんぶして怠業 …… 毎年のことながら生態学会大会がおわるとぐったり感が ……
• 昼飯の準備． 昼飯．

[こんにちは，とらです]

ぼくもおひるごはんをたべています． おこめはおいしいなあ ……

え? しゃしんとってるの?

ぼくはおこめもすきだけど， すぷーんもすきです． にぎったらはなしません．

• 午後もとらあいてしながら怠業．
• 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): パンケイキ．
  • 昼 (1300): 米 0.7 合． マグロ丼． サトイモ・ニンジン・タマネギ・豚肉の味噌汁．
  • 晩 (1900): ハクサイ・エノキダケ・豚肉の鍋． 卵雑炊．

2013 年 03 月 10 日 (日)

• ぎょーむ連絡です: 昨日の自由集会で レーザーポインター をかしてくださったかた， 久保 (kubo@ees.hokudai.ac.jp) までご連絡ください． レーザーポインターをお返します． あるいは貸してくださったかたのお名前をご存知のかたがおられましたら， 久保までご連絡していただけないでしょうか． よろしくお願いいたします．
• 0900 起床． よくねたというか， まあなんというかたおれていました． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 窓の外は暴風雪． 台風みたいな低気圧が航過中．

• 午前は昨日と同じく， とらちゃんうんどうのカントク， ねかしつけのくりかえし， すきをみて怠業．
• 昼飯の準備． 昼飯．
• 午後も夕方までとらちゃん怠業．
• 夕方は， なぜかしら私のところのなんかにまわってきている 「行動生物学辞典」 (辞典なんです) あれこれ作業をすこしばかり．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず …… けっこうばててるな．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0700): ブーランジェリーカキザワのパン． チーズ． コンビーフ．
  • 昼 (1300): スパゲッティー， ボンゴレビアンコ …… みたいなものをつくった． ちょっとトウガラシをいれすぎてしまった．
  • 晩 (1900): 米 0.7 合． サトイモ・サケの味噌汁． キャベツ・豚肉の重ね蒸し． スティックブロッコリーのチーズ焼き．