ぎょーむ日誌 2011-11-12

2011 年 11 月 12 日 (土)

• 0810 起床． よくねた． ラジオ体操． 朝飯． 緑茶．
• ちょっとだけ怠業．
• 岩波統計モデル本， ご指摘メイルにしたがっての修正作業のつづき， 今日は第 10 章から． ここはけっこうへろへろみたいで ……
• へろへろなどいうナマやさしいものではなく …… 第 10 章の中のひとつの節 (section) がまるごとぶっこわれている と今さらながら判断せざるをえないとゆー認識に到達した …… とりあえず半分ほど捨ててみる．
• カラダを動かせば何かが解決するにちがいないと断定するやいなや， 1100 自宅から緊急発進， ミニ大通公園 走． 1130 帰宅． 何も解決しなかった．
• 1200 自宅発． 北大正門前の「駿」で昼飯． 1310 研究室着．
• 岩波本第 10 章中央部崩壊問題のつづき ……
• うーむ ……
• よし， いま問題となっている 10.5 節全体を強制分離だ!
• 10.5 節ってのはこういう短い section なんだけど ……

• こういう図による階層事後分布の説明っての考えついたのは， 生態学会大会 「データ解析」自由集会 の 2007 年のときかな …… そのときは「こりゃーうまい説明だ」と楽しくなった． 当時から， こういう図は一種のごまかしだとわかっていたんだけど， 「とりあえずの説明」としては巧妙なウソだと思ったんだよね …… 職業的なウソつきであると自認する私としては．
• しかし岩波本での「個体差のモデリング」全体のながれからすると， こういう図はもはや不要ではないかな． この 10.5 節まるごと削除したところでわかりやすくなるわけではないが， 読者によけいな寄り道を強いることもなくなるわけで．
• 階層事前分布については， この本で説明したい重要な概念であるにもかかわらず， うまく図解で説明できなかった …… というオチになりそう．
• 瑣末なことと思われるかもしれないけれど …… じつはこのタイプのカウントデータの階層ベイズモデルで， このあたり「ああ，なるほど」と思わせる図解をするのは， けっこうしんどいんだよね． 連続値の場合とか， あるいはカウントデータでも， 「打席数がバッターごとに異なるデータから推定する安打率」 みたいな例題なんかはまだ図示しやすい．
• ともあれ 10.5 節をまるまる削除 …… おお， またペイジ数が減った． それなら， 第 10 章後半の「個体差 + 植木鉢差」の例題の BUGS コード を全部掲載してみよう …… よし， これでもペイジ数は増えないぞ．
• けっきょく， 第 10 章はこんなかんじに．

• 第 10 章の個体差 + 植木鉢差の例題， beta2 の事後分布の 95% 区間がちょっとちがうのでは， というご指摘なので再計算してみる． もともとは n.iter = 9000, n.burnin = 1000, n.thin = 20 でやっていたんだけど (あれ? 400 しかとってなかったか)， n.iter = 26000, n.burnin = 1000, n.thin = 50 としてみる． 3 回ほどくりかえしてみよう．
  • 1 回目 [-2.31, 0.648]
  • 2 回目 [-2.95, 0.746]
  • 3 回目 [-2.47, 0.646]
  うーむ， やっぱり 95% 区間はなかなか難しいな． このモデルがややこしいせいもあるけれど．
• もうちょっと長くしてみる． n.iter = 51000, n.burnin = 1000, n.thin = 50
  • 1 回目 [-2.36, 0.709]
  • 2 回目 [-2.39, 0.617]
  • 3 回目 [-2.47, 0.700]
  まあ， こんなもんでしょうか …… 95% 区間って， やっぱりしんどいね．
• とりあえず第 10 章の修正は終わったことにして， 第 11 章もなおしてしまいましょう．
• 1730 研究室発． 買いもの． 1800 帰宅． ちょっとうんどう．
• 晩飯の準備． 晩飯．
• ぐったりのんびり．
• [今日の運動]
  • 朝のラジオ体操． 腕立ふせ 10 × 3 回． 腹筋運動 30 × 3 回． ミニ大通公園 走 30 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): シリアル． ドライフルーツ． ヨーグルト．
  • 昼 (1220): 「駿」の昼定食．
  • 晩 (1900): 米 0.5 合． ナス・タマネギ・シイタケ・豚肉の炒めもの．