ぎょーむ日誌 2011-04-28

2011 年 04 月 28 日 (木)

• 0630 起床． ラジオ体操． 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー． 0810 自宅発． 雨． 0840 研究室着．
• ちょっとぐだぐだとしてみる．
• 1030 より研究室セミナー． 趣旨がよくわからん自己紹介の会なので， 月曜日のぢゅぎょー例題についてあれこれ検討していた． 5 分間自己紹介とやらは「カーゴカルトとわたくし」．

• 炊飯ろーていしょんの関係で本日は米飯なし， ぱん吉でパンを調達． 研究室にもどってパン + おかずのみ弁当で昼飯．
• 月曜日のぢゅぎょー (これでよーやくオワりだ!) の準備． 前半は昨年 3 月の生態学会大会 自由集会 でやった重量分配をやることに．
• 後半は， 前半の内容と関連するものにしたいわけだが …… 以前から放置していた「宿題」と関連づけることに． とある植物の葉の形状のタテ・ヨコ関係の統計モデリング， データもっている (そして「宿題」をだした) 保要さんもこの授業に部分的に参加しておられるんで．
• だいたいのところは， ここ数日いろいろ考え， 今日の午前中もさらにぐだぐだ考えてみた．
• で， 保要さんにデータをもってきてもらって， いっしょにいろいろと相談． 院生に図を描いてもらうと， 情報があれこれと欠落してしまうので， まずは作図のやりなおし …… ほらね， やっぱりいろいろなものが隠されていた．

[葉のタテ・ヨコの長さ]

jitter() とか半透過色指定とかで， 「とびとびの測定値」 の濃度みたいなものがわかる． そしてこれはタテ・ヨコ比みたいなもので， 葉を分類しましょうという問題なので， グレイで示してるような座標を考えると妥当なのかも． 原点をとおる直線群は「相似線」といったものであるのにたいして， 双曲線たちは「等面積線」なんだよね． 葉は等形状線にのって成長しているわけではないのだろうから， そのあたりを考慮する必要あるんだけど．

• 識別ではなく， たんに種ごとの葉のカタチのモデリングなら， 重量分割モデルとほぼ同じモデルで OK． 重量ではなく単位長さ (葉のタテ・ヨコが等しいと仮定したときの長さ) が無情報事前分布にしたがうものとして， あとはタテヨコ比 a も何か適当な事前分布からでてきて， 単位長さを sqrt(a) 倍・1 / sqrt(a) 倍 すればいいだけ．
• 葉のカタチをみて種を区別しなさいとゆー分類ましーんはちょっと難しい． support vector machine とゆーのがこういうときに良く使われていて， R にも library(e1071) なる package もある (このふざけた package 名は大学の授業の class 名からとられたとのことで)．
• しかし最終的には， 「人間の目でみた識別」 「フローサイトメータで染色体を数えて識別」 のふたとおりのデータを比較しないといけないので， SVM でやるとかえって不便かなあ， と考えてみたり．
• などとうだうだしていて， 月曜日のぢゅぎょー準備はススまず． 1740 研究室発． 買いもの． 1810 帰宅． 晩飯の準備．
• ちょっとうんどう． 1840 自宅発 ミニ大通公園 走． 1910 帰宅．
• 晩飯の準備のつづき． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 朝のラジオ体操． 腕立ふせ 10 × 3 回． 腹筋運動 30 × 3 回． ミニ大通公園 走 30 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): 米 0.5 合． ハクサイ・油揚の味噌汁． イカナゴ．
  • 昼 (1300): 研究室． ぱん吉のパン． ダイコンの葉の炒めもの． ちぎり揚げ． ゆでブロッコリー． プチトマト． サラダ菜． リンゴ．
  • 晩 (1940): 米 0.5 合． ハクサイ・油揚の味噌汁． ホッケの塩焼き． コマツナ・油揚の煮びたし． ヨーグルト． イチゴ．