ぎょーむ日誌 2010-07-28
2010 年 07 月 28 日 (水)
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0740 起床．
朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
0900 自宅発．
曇．
0910 研究室着．
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今日はちょっと岩波統計モデル本作業専念はあきらめて，
まずは堆積しつつあるあれこれの処理から着手してみよう
……
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生態学会発表編成部会あれこれ．
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とびこみで大学院生こんさるに苦闘する．
植物の成長モデル，死亡モデルはセンサスデータから得られている．
で，
今まではこういうのサイズクラスごとにデータ分断，
とゆー奇怪 & すぷらったーな方法で処分していたのだけど，
どうにかなりませんかねえ，
というハナシ．
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ここに書いてもド忘れするときは，
ド忘れするのだが
……
ド忘れ防止したい気分を表現するために，
ここに書くならば，
植物のサイズ分布を予測して「ここから上は繁殖に貢献してるサイズ」
みたいなものを (てきとーに) 決めて，
植物種ごとの特性みたいにしたら，
とゆー個体群生態学にはありがちな
(しかし大半の院生が個体群生態学を理解してない現代ではあまりみかけない)
いいかげんなとりまとめ方法を提案．
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午前はこれでオワってしまった．
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研究室で昼飯を食べつつ考えたのだけど，
現代のソフトウェア環境でそーゆう生物のサイズ分布
(いわゆる，安定サイズ分布なる人工的なヤツですが)
を予測するにはどうしたらよいだろう
……?
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安直にはサイズをいいかげんに離散化して，
推移行列を作って R の
eigen()
で右固有ヴェクトルもとめて終了，
となるかもしれない．
これで成長速度のばらつきなんかも近似的ながら
きちんと反映させられる．
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ちょっとした問題点としては，
こういう無限集団モデルに必要不可欠なサイズクラスごとの
密度に比例する更新モデルとやらが，
この事例では不明な点だ
……
まあ，
右固有ヴェクトルだけが必要なら，
でたらめな「密度依存更新」モデルでも組みこめばよいのかもしれないけど．
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上のように R で行列計算やって，
とゆーのはまったく面白くない方法なんだけど
……
WinBUGS を使ってもできるな，
と気づいた．
こっちのほうがおもしろいし，
しかも，
よけーなごまかしも不要だ．
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つまり個体群動態を MCMC すればよい．
そんなバカなと思われるかもしれないが
……
じつは個体群 (個体の集団) を計算する必要もなく，
一個体
だけを追跡すればよいのである
(このモデルでは更新だけでなく成長・死亡に関しても個体間相互作用を考慮してないので)．
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どうするかというと，
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個体のサイズ x を x0 にする (x0 は調査方法にあわせて決められる定数)
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推定された確率論的成長モデルで 1 ステップあたりの成長量を生成し，
x を変化させる (ここで WinBUGS 代入ごまかしわざが必要だろう)
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死亡判定モデルで個体の生死を決定する
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死亡であればサイズ x を x0 にする
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2. - 4. をくりかえす
このようにすると，
一個体がふらふらとサイズが大きくなったり，
途中でぽてんと死んでサイズ x0 からやりなおしたりするわけだが
……
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WinBUGS でひたすらこういう一個体の行動を追跡して，
そのときどきのサイズ x をサンプリングしていくと，
最終的にはそれが言うところの「安定サイズ分布」
とやらになるわけ．
(後記:
これは「産仔数が親の数とはまったく無関係」
とゆーあまり生物集団らしくない条件のもとでの計算になっている
……
個体間相互作用がまったくなし，
というのはそういう意味)
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ようするに，
個体間相互作用がない場合の安定サイズ分布とやらは，
「100 個体 1000 ステップも，
1 個体 100000 ステップも同じ」
ということ．
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まあ，
もちろんこんな問題に WinBUGS を持ちだすまでもなく，
R 上で上述のアルゴリズムによる「不死の一個体だけシミュレイション」
やれば同じ結果が得られるけど．
やっぱり R のほうが速いかな?
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と昼飯後の時間をかくのごとき逃避に費やしてしまった
……
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イヤな雑用のつづき．
ソフトウェアらいせんすうんちゃらとかのやつだが
……
ろくでもないゑくせるファイルとしばらく格闘する．
北大みたいな規模の多い大学で，
事務系統の処理がゑくせる依存
(つまり事務員手作業残業依存)
だとホントに悪夢のごとき状況になるね．
大学の
「あれこれ処理用オンラインソフトウェア開発能力」
が大学の質を左右するようになるだろうな．
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とある論文原稿に関するコメントかき．
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とあるデータ解析に関する質問メイルかき．
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また別の，
とある論文原稿に関するコメントかき．
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また，
とあるデータ解析に関する質問メイルかき．
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そしてまたべつのデータ解析こんさるに関する苦闘の読解作業．
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1745 研究室発．
晩飯．
2200 帰宅．
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[今日の運動]
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[今日の食卓]
- 朝 (0810):
米 0.8 合．
ダイコンの味噌汁．
トマト・ブナシメジ・卵の炒めもの．
- 昼 (1250):
研究室．
食パン．
バナナ．
- 晩 (1830):
ごちそうになりました．