KuboLog 2010-03-15

苦情・お叱りは，たいへんお手数かけて恐縮ですが，久保 (kubo@ees.hokudai.ac.jp) までお知らせください．

2010 年 03 月 15 日 (月)

東京出張 2 日目．今日から生態学会東京大会 (東大駒場)． 0730 起床．ねむい．シャワー．朝飯．コーヒー．

あら，まあ，いきなり研究室 web server が死んでしまったか …… 研究院の server とかは動作しているので， hosho.ees.hokudai.ac.jp だけが単独で壊れてしまったようだ．うーむ．木曜日の夜か金曜日の朝まで放置するしかないなぁ．

…… あれ? web server 復旧しているよ? 通信経路上に何か問題あったのかな? log をみると一時間ぐらい通信途絶状態になってたようだ．

いやいや，メモリまわりで何かよくないことがあったようだ． /var/log/messages:

...
Mar 15 08:31:52 hosho kernel: lowmem_reserve[]: 0 0 0 0
Mar 15 08:31:52 hosho kernel: DMA: 3*4kB 0*8kB 1*16kB 1*32kB 0*64kB 0*128kB 1*256kB 1*512kB
  0*1024kB 0*2048kB 0*4096kB = 828kB
Mar 15 08:31:52 hosho kernel: DMA32: empty
Mar 15 08:31:52 hosho kernel: Normal: 121*4kB 5*8kB 1*16kB 0*32kB 0*64kB 2*128kB 1*256kB 0*512kB
  1*1024kB 0*2048kB 0*4096kB = 2
076kB
Mar 15 08:31:52 hosho kernel: HighMem: empty
Mar 15 08:31:52 hosho kernel: Swap cache: add 834267, delete 834204, find 10296703/10385219, race
  3+611
Mar 15 08:31:52 hosho kernel: Free swap  = 0kB
Mar 15 08:31:52 hosho kernel: Total swap = 248996kB
Mar 15 08:31:52 hosho kernel: Free swap:            0kB
...

そもそもこの貧弱なる web server 機，こんなヘンなメモリ容量だったかな? メモリがこわれたかな?

[hosho:kubo]$ free -m
               合計     使用済   空き領域   共有領域   バッファ キャッシュ
メモリ:         177        132         44          0         15         41
-/+ バッファ/キャッシュ: 
                            76        100
スワップ:       243         18        224

うーむ? よくわからない …… 様子をみるしかない．

今日は 1130 までに東大・駒場キャンパスにつけばよいので …… ここから歩いて 10-15 分ぐらい．まあ，本日 15 時に始まってしまう自由集会の準備でもしますか．

おっと自由集会冒頭で「今日は 3 人の発表者がこんなかんぢで話します」と説明する一枚を別に作らないといけないんだった …… こんなかんぢか?

客室は 10 時ごろまでいてよいはずだが …… 清掃係の人が廊下でうろうろし始めるとおちつかなくなったので，荷物をとりまとめて， 1F ロビーで作業のつづき．まあ，駒場でも作業できそうではあるけれど． 1030 ぐらいになったら移動してみるか．

重量分配モデルの説明，いろいろ改訂してみる ……

ロビーいろいろなヒトたちがとおりすぎていくのだが …… 長身・長足・痩身のロシアン美女 (なんとなくロシア人に見える) がぞろぞろ，そしてなんとなく芸能方面のヒトにみえるサングラス着用日本人おじさんが迎えにきたり．東京って不思議な街ですね．

1040 宿発．昨晩偵察しておいたので，道に迷わずに駒場をめざす． 10 分ほどてけてけ歩くと到着．宿から意外と近かった．

[東大駒場キャンパス炊事門]

宿から西に進んで旧山手通 (地図)，それを北西に進んで松涛 (しょうとう ) 二丁目交差点から閑静な住宅地の坂をゆるゆる降っていくとすぐに駒場炊事門，ここから構内に進入，といった経路．これが最短経路のよーで，帰路はちょっと別の道を歩いてみたんだけど，遠回りになってしまった．

東大生協の購買で昼飯調達しようとしたら …… 開店は 11 時か． 10 分ほど梅などながめてた．春だねえ．北海道はまだ冬なんだけど．

昼飯調達して，委員会会場の部屋へ．あれこれ雑談．

1130 から 2 時間，大会企画委員会．本格的に参加したのは今回が初めて．生態学会大会の複雑さにめまいがした． 2004 年釧路大会なんかはてきとーにやって，何とかなったよーな気がしたのだが …… 参加費会費徴収・ポスター賞あたりが難ブツのよーで．

くたびれた．あと少なくとも二回この会議にでるのか …… 自由集会会場に移動して昼飯．

うだうだしてるうちに開会時刻．

15 時より自由集会データ解析で出会う統計的問題 -- 「X の誤差」も統計モデル化．最初は粕谷さんで， X の誤差問題の普遍性，これがどんな問題点 (推定の偏りや作図ご利益の低下) をもたらすのか，といった基本の説明を丁寧に．意外な指摘としては，予測に関してはとくに良くも悪くもならないかも (ただし石濱さんとの質疑応答の中で予測誤差の過小推定の可能性が発見された)，そして世にいう type (model) II 型回帰が威力を発揮する状況は限定的，とゆーのが専門家たちの結論だそーで．後者については，私もそうじゃないかしらんと思ってた …… だって足して最小二乗法やっても意味ないぢゃん．

次は伊東さんで， Taglibro de H などで報告されていた，ベイズで「X の誤差」をうまくあつかえるか問題．ベイズモデル化によって，このあたりすっきり統計モデル化できるんだけど，推定の偏りは改善されない (久保憶測では，これは偏りを改善する方向に X の値が補正されないから)，そしてひとつの観測対象で何度も測定すると偏りは改善される，ただしベイズモデル化しようが，複数の観測値で各 X の平均値をもとめてふつーに直線回帰しようが，結果はまった同じ …… こちらについては深谷君も質問してたけど，私の憶測では (ベイズと非ベイズの結果が一致しているので) 両者はおそらく形式的にはまったく同じ推定計算になっていて，ベイズでは各 X において複数測定値の平均値のばらつきが評価されるんだけど，非ベイズな平均値計算では各 X で一個の値しかでないんだけど，全 X 点での「ずれ」がその平均値のばらつきをあらわしている …… といったハナシではないかな．

最後に私のハナシで …… ハナシの分量・トバしぐあいが適切でいい時間に終了したんだけど (ただしハナシの練習はやっとくべきだったと思った)，その後の質疑応答がいまいちうまくサバけなかった．ばててたのかな …… 集会終了後に質問いくつかいただいたんだけど，私の説明がまずくてうまく伝わってない部分があった．やはり，こういう内容はもっとゆっくり・繰り返して説明せんといかんな．

そーそー，今回説明した「重量分配モデル」，まだ実際には発表された論文では使われてないよーです (宮田さん論文は甲山さんのところで冬眠中)，といったら終了後に飯島君が自分の論文に掲載されてます (WinBUGS な解析)，ということで J For Res 論文別刷くれた．

150-170 名ぐらい集まってくださった「X 誤差」自由集会， 2 時間ぴったりで終了．皆さんどうもありがとうございました．

その後は， OSGeo.jp 主催の， open software な GIS 自由集会に参加してみた．いろいろ勉強になった．お手軽な QGIS (Q は Qt の Q) を皆さんにおススめしましょう，という内容なのだけど，皆さんの発表きいてるとそう簡単でもないようだ．

QGIS は viewer としては便利
しかし shp ファイルしかあつかえないので，トポロジー情報もあつかいたい場合には GRASS オブジェクトなどが有利
ちょー巨大データのあつかいには PostGIS …… PostgreSQL ベイスの GUI なき GIS
けっきょく統計モデリングは R でやるので， R との通信が重要 …… QGIS の R プラグイン (manageR) 使うか， R の library(RODBC) 使うか
地図をデジタイズ (ポリゴン化) しないで，グラフなんかを地図上に置くだけなら， CVS データファイル管理で十分
QGIS，緯度経度系から UTM へ変換といった座標変換はできるけど，オルソ補正とかは難しい
GIS はデータベイスソフトウェアであり，めんどうな作業を自動処理するには R や Python や SQL が必要

1930 ごろ終了．帰路は駒場から京王井の頭線ぞいに歩いてみたんだけど，往路のほうが単純かつ近いように思った．また宿の前の 24 時間スーパーマーケット Pororoca で晩飯調達して， 2000 宿に帰着．晩飯．

ぐったり．しかし本日で東京大会の用事はぜんぶ終了．明日から 3 日間はのんびりゆるゆると駒場をふらふらしよう ……

自由集会ペイジで本日の投影資料 (伊東さんと私) などにアクセスできまーす．粕谷さんの資料も近日中に．

[今日の運動]

てけてけ歩きました …… ジョギングシューズもってくればよかったのかな．駒場構内走ができたな．

[今日の食卓]

朝 (0750): 宿の無料給食．まあ，この手の無料給食のわりにはちゃんとしているような気がする．
昼 (1400): 自由集会会場で東大生協で買ったにぎり飯．
晩 (2020): バタール．蒸し鶏のサラダ．トマト．チーズ．ヨーグルト．昨日のイチゴの残り．

ぎょーむ日誌 2010-03-15

2010 年 03 月 15 日 (月)