ぎょーむ日誌 2009-10-02

2009 年 10 月 02 日 (金)

• 0700 起床． ねむい． 朝飯． 0810 自宅発． 曇． 本日午後から雨の予報． 0830 研究室着． コーヒー．
• いきなり朝から電話でデータ解析こんさる． 社会人入学された他学部大学院生のかたで， 息子の友達 (北大院生) から久保先生のコトを聞きまして …… とのこと． 統計学は勉強したことなくて， とのことなんだけど， そのへんの大学院生よりは勉強しておられるようだった． 個体差がもろにでる経時データの難物ものだった． ベイズを使う以外に統計モデリングしようがない …… とりあえず医療統計な分野でベイズ経時モデリングみたいなことを 調べてくださいと言ってみる．
• 放置したうけぎょーむのひとつ， アリ形質の混合正規分布モデリングを ……
• ダメだ． 昨日「とりあえず」版をだしてしまったせいで， 岩波本圧迫感が一時的にヨワまり， ちょっと脱力ぎみ． 来月の授業 とか再来月の集中講義について， うだうだと検討してしまった． うーむ， 講義のーとは PDF ではなく印刷ブツの配布になるかなぁ ……
• 気をとりなおして， 混合分布モデルの世界へ …… よーやくわかったんだけど， 形質数が 2 より多い場合は plotEll(t3R, trait3, which = c(1, 3)) てなかんぢで指定すればいいのね．

• で， いろいろ作図するうちに， 標本数少ない & 形質数が 3， といった状況では推定の初期値とかに依存して， 結果がころころ変わる (といっても上下の 2 パターンだけど)， とわかった．

• 下のほうが妥当そーだ． 2 形質の場合と矛盾しないから． 最大化対数尤度とか比較せんといけませんな． これは単純に logLik(t3R) とかでいいみたいだな …… 上が -33.45 で下が -29.24． やっぱり下のほうが良かった．
• 問題は欠測値のあつかいだ． library(flexmix) まわりのあれこれを読んでいるんだけど， どうやったら良いのやら ……
• flexmix ドキュメントまわりで登場する ``missing value'' とは「グループわけをあらわす変数」 のことのよーで …… これを EM アルゴリズムでウメます， と．
• やってもらいたいのは形質の欠測値をウメることなんだよね． EM アルゴリズムとかでできるハズ， なんだが ……
• library(flexmix) の姉妹版 (?) たる library(bayesmix) は JAGS を呼びだすかなり別もの …… うーむ?
• 現時点における理解:
  • library(flexmix) はグループわけをやってくれるけど， グループわけに使う形質値に欠測がある場合， それを自動的にでっちあげる， という機能はない (自分で FLXM-class を定義すればできるかも)
  • library(bayesmix) は JAGS で混合分布モデルによるグループわけをするんだけど (しかし results には所属 posterior とか入っていない?)， 自動生成される BUGS code には形質欠測値の補間とかは 入らなさそう
  ってことで， library(flexmix) をさらに研究するか， JAGS やゐんばぐすで努力するしかなさそう． いずれにせよ， 欠測値補間のためには， 測定誤差を決めうちにする必要があると思う …… いや， EM アルゴリズムならそういう手間は不要なのかな? というか， ちょっとこのあたりは私がみょーにコダわってるだけなのかな．
• まあ， このあたりは本日午後の宮崎君との相談次第かな …… と昼飯にでる． まだ雨はふってない．
• 食後に書籍部でうろうろしてたら雨ふってきた． 走って帰還． といっても至近距離だけど．
• また混合分布にとりくむ．
• 約束の時間になっても宮崎君が来ない …… 彼が PD やっている獣医学部はいろいろなぎょーむやってるんだけど， その中のひとつに道内で発見されたアヤしげな鳥の死骸を回収し， 何か新種の鳥インフルエンザとかにヤラれていないか， というのを調べる部門がある． ひょっとしたら獣医学部で何か人類には未知の感染症がアウトブレイクして …… と心配していたところ， 「うっかり忘れてました」 と宮崎君があらわれた．
• ということで， 1530 から 2 時間ほどいろいろ相談． やはりツマったときは相談してみるもので， やらなくてもいい推定計算あれこれがわかった．
• サナギの複眼の形質の再計算をしくじっていたことに気づいたので， 20 分ほどかけて再計算． 結果報告のメイル送信．
• 1820 研究室発． 雨． 1850 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): 米麦 0.6 合． サンマのトマト煮．
  • 昼 (1330): 北部生協． 自宅からもってきた米麦 0.6 合． サラダバー． 豆腐． 402 円．
  • 晩 (2100): 米麦 0.6 合． キャベツ・タマネギ・ブナシメジ・鶏肉のスープ．