ぎょーむ日誌 2009-09-11

2009 年 09 月 11 日 (金)

• 0740 起床． ねむい …… 朝飯． コーヒー． 0840 自宅発． 晴． 0900 研究室着．
• 「出張から帰ったらとりかかります」 と時間かせぎをして放置していた下うけぎょーむに取りくむ． 獣医学部 PD の宮崎君 (もと三浦研) のアリ形質データのグループわけ問題．
• これに関しては 8 月末 あたりで R の library(flexmix) による有限混合分布モデルのあてはめが良さそうだ， と見当をつけてたわけだが ……
• 関数 flexmix() (指定した cluster 数 k のもとで fitting) だの stepFlexmix() (指定した cluster 数 c(k1, ...) のもとで fitting) だので AIC, BIC あるいは ICL (Integrated Completed Likelihood) だのを評価してくれるわけだが ……
• まあ， 有限混合分布モデルは特異モデルなので， AIC だので混合分布数を決められません， といったハナシもあってですね ……
• とご指摘いただいたので， (今回は 1 個か 2 個かだけを判別すればよいので，とりあえず) parametric bootstrap 法でチカラまかせにケリをつけることにしてみた．
• ところがこの計算がけっこうたいへんで …… なにしろいちいち EM algorithm なんかを使う推定計算を数百回， ってをのべ 10 形質にやるわけで (これも，とりあえず …… flexmix() では複数の応答変数をあつかえるわけだが) …… ここで計算そのものとは直接関係ないとらぶるにまきこまれる．
• とにかくハードウェア， とくになぜかしら冷却まわりに問題のある ThinkPad X31 だと， 計算させているうちに高熱にウナされてオカしなことをクチばしるようになるんですよ …… ウソだと思うなら， 自分の計算機の CPU ファンをぶっこわしてから， R でがんがんと過酷な推定計算をやらせてみてください．
• しょうがないので， 人柱 Vine Linux 5.0 をインストールしてしまった Dell desktop 機 (こちらのほうがよほど高速なのだが)， の R を復旧することに． install.packages() で cannot find -lg2c とかエラーが出てこまるなぁ， と思っていたんだけど， これはいろいろ調べてみると， sudo apt-get install libf2c gcc3-g77 してから /usr/lib/ (でもどこでも，とにかく libg2c.so.0 のあるところ) sudo ln -s libg2c.so.0 libg2c.so すれば R でうまく install.packages() できるとわかった．
• で， 10 形質 500 回 parametric bootstrap 計算に 3150 秒を費してしまった． ちょうど宮崎君との談判が始まる 6-7 分前に計算が終了するように， 500 回に設定しておいた． まあ， こんなもんでしょう．
• とゆーことで， 15 時から Q203 お茶部屋 (なのか?) で宮崎君と相談． サナギについてもその場で parametric bootstrap しようとしたんだけど …… ThinkPad 熱暴走 …… ENIAC じゃあるまいし， ヒドすぎる． 週末に真空管ぢゃなくて基板交換作業やってしまいたいなぁ．
• 長時間説明 & ThinkPad どたばた， でちょっとぐったり．
• お， 先日の統計連合大会のベイズモデリング発表， あの会場にいたヒトたちには簡単すぎたかな， と思っていたのだけど問い合わせがきたので， 当日の投影資料をダウンロードできるようにした．
• 本日は岩波本作業はススまぬまま撤退． 1850 研究室発北大構内走． 1920 研究室もどる． 1930 研究室発． 2000 帰宅． 体重 73.6 kg． うーむ． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 30 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.8 合． ダイコン・鶏肉の煮物．
  • 昼 (1250): 研究室． 食パン． キャベツ・キュウリ・ミズナ・ネギ・ハムのサラダ．
  • 晩 (2100): 米麦 0.8 合． チンゲンサイ・タマネギ・豚肉の炒めもの． ヨーグルト．