ぎょーむ日誌 2009-05-20

2009 年 05 月 20 日 (水)

• 0830 起床． どうも生活が不規則だ． 朝飯． コーヒー． こんさるぎょーむにちょっととっつかまる． 0940 自宅発． 曇． 1000 研究室着．
• 昨日の Cairo ハナシのつづき． 以前から気になっていたのだが， library(grDevices) (R の help) の device あれこれも type = "cairo" が指定可能． しかし， これやっても何もかわらないように見えるんだよね．
• で， コンパイル用 (& めんどー計算用) の Dell 床上放置機で， cairo ライブラリとかそろえて， R-2.9.0 をコンパイルしてみた …… 83 分 かかった． ほとんどの時間は標準 package の試験に使われていたわけだが． そして， RPM かつ「気合いのぬけたコンパイル」だったので， library(grDevices) な cairo は機能しなかった． (後記: 翌日のぎょーむ日誌も参照)
• さらに Vine Linux 上では install.packages("Cairo") にもツマる (うっかりしていると)．

  error: Cannot find fontconfig/freetype2 although cairo claims to support it. Please check your cairo installation and/or update cairo if necessary or set CAIRO_CFLAGS/CAIRO_LIBS accordingly.

  これを回避する策はじつにばかばかしく奇怪なモノで， sudo apt-get install pkgconfig とすれば解決する． ムダに時間を費やしてしまった．
• かかるどたばたのあいまに， いろいろススめてみる． なぜか沓掛さんと共著することになった (「共」というより久保による「寄生」著かも) 論文原稿のみなおし．
• 情報基盤センターに問い合わせていた， A 棟耐震工事疎開時におけるネットワークまわりの事情について．
  • 移転に関して情報基盤センターはとくに対処しない
  • 方法 1. 固定 IP アドレス: 移転先の部屋のポート番号を調べて， 情報基盤センターにポート接続する
  • 方法 2. DHCP: DHCP 接続申請をする．router も DHCP 接続可． ただし， ある host に関して， DHCP 接続と固定 IP 接続を申請できない．
  ま， 自助努力でどうこうするしかない， と．
• そして藤沼君の空間統計モデリングの試行錯誤 …… 本日は，

  	for (i in 1:N.site) {
  		Disturbance[i] ~ dbin(p[i], 5)
  		logit(p[i]) <- beta + re[i]
  	}
  	re[1] ~ dnorm(0.0, Tau.noninformative)
  	for (k in 2:N.site) {
  		re[k] ~ dnorm(mre[k], 1.0E+4)
  		mre[k] <- re[k - 1] + dre[k]
  	}
  	dre[1:N.site] ~ car.normal(Adj[], Weights[], Num[], tau)
  	beta ~ dnorm(0, Tau.noninformative)
  	tau ~ dgamma(P.gamma, P.gamma)
  

  てなかんぢで， 「一階差分の世界」 が gaussian random field (GRF) である， といった統数研ふうなモデリングを (上述のごとく詐術的な coding にて) 試してみた．
• 考えかたとしては， 先日 の「おそく」改良したウミガメモデルと同じで …… やはり計算は「おそく」なる． で， この程度の小細工では「zero-infrated かつ空間相関あり」 なデータはうまくあつかえなさそう， とわかってきた． もう少し工夫が必要だ．
• 平田さんとアントシアニン重量モデリング． GLM あれこれ， でどこまで「とりあえず」すませてしまうか， といった問題．
• 本日もかなりアタマがばてた． 1850 研究室発． 1910 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 本日もうんどうできなかった
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): シリアル．
  • 昼 (1210): 研究室． 食パン． インスタントのクラムチャウダー．
  • 晩 (2050): 米麦 0.8 合． 麻婆豆腐． ダイコン・ニンジン・昆布・タラすりみの煮物． ヨーグルト．