ぎょーむ日誌 2008-03-06

2008 年 03 月 06 日 (木)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 0910 自宅発． 雪． 0925 研究室着．
• なんだかいろいろなメイル書きにまた時間とられる．
• Agricultural and Forest Meteorology に提出した母子里 Gibbs 林冠モデル 論文原稿の 2nd revision が 3ヵ月ほど塩づけ状態なので， といあわせのメイルを書いてみる．
• 生態学会福岡大会初日 (3/14 金) まであと 8 日． 最低限のやることリスト:
  • (ひとまず終了) 一般講演: アリポスターの準備
  • R プログラミング自由集会: 前口上的な部分
  • ベイズ企画集会: コメント (まあ 1-2 分で終わるような)
  • 山地生態学企画集会: 占部さんの計算したうけ，PP-ZP-Fish 系の再計算
  とりあえず， 占部さん計算したうけをやることに． 昨年 9 月上旬 に試行錯誤してたアレをデータを少し変えて再計算せよ， というもの．
• またゑくせるファイルとか送られてきてイヤだなぁ， と思っていたのだが …… よく見ると全 86 湖沼のうち「泉」になってる 6 湖沼をのぞいて 再計算せよ， というだけのことだった． 今回のぞかれるのかこんなサイトで． 泉でもサカナがけっこういるぢゃん．

> d[c(1, 9, 24, 72, 77, 84),]
   site site.name year date latitude altitude     area max.depth w.temp   pH      DIN      DTP
1     1  御在所沼 2005    2   39.949      890 0.010000       3.1  20.10 2.90  9.79029 0.153215
9     9      菅沼 2005   11   40.593      465 0.121170       1.0  13.50 8.90  3.41061 0.276334
24   24    太郎湖 2005   39   43.433      419 0.030000       8.7  20.30 8.20  0.50861 0.426813
72   72    鶴間池 2006   10   39.056      815 0.017700       3.8   8.53 6.62 13.75769 0.608117
77   77      空沼 2006   31   43.625     1460 0.012800       0.5   8.64 6.84  7.90282 0.689601
84   84  姿見の池 2006   36   43.657     1630 0.002902       4.5  18.46 3.89  0.94985 0.098842

   sestonC sestonN  sestonP  totalN  totalP   Chl.a bacteriaC  biomassZP fish latitude.1 longitude
1  46.2281  6.2841 0.080322 16.0744 0.23354 0.93010        NA 3.1426e-01    0     39.949    140.94
9  25.5378  4.4798 0.265815  7.8904 0.54215 8.34960    16.488 1.1081e+00    1     40.593    140.95
24 53.6178  8.3922 0.420943  8.9008 0.84776 6.17700    43.582 1.1014e+00    1     43.433    144.14
72  9.0628  1.6433 0.045590 15.4009 0.65371 0.13579        NA 4.6903e-06    1     39.060    140.06
77 19.5992  2.9069 0.160286 10.8098 0.84989 0.61060        NA 0.0000e+00    0     43.630    142.91
84 33.0476  4.7156 0.119099  5.6654 0.21794 1.84777        NA 4.3665e+00    0     43.661    142.83

   rain.fall   c.area cathchment.area
1     845.39   0.6387          0.6321
9     793.94   2.2995          2.2771
24   1156.29 162.8525        147.0418
72   1830.81   2.8430          2.8194
77    668.75   0.6115          0.5950
84    668.75   0.8613          0.8587

• 計算時間は ThinkPad X31 でも 300 秒ぐらい …… しかしながら， 収束しない． 逆 Wishart 分布に与える対角要素を 2 から 10 に変更してみる．
• やはり収束しない． ひょっとしたら勘ちがいしてるのかなと不安になったので 0.1 にするとこれはぜんぜんダメ．
• しょうがないので 20 にしてみる …… こういういきあたりばったりではダメのようで． 基本的に， 「魚の密度」 の部分が発散ぎみだ． これはわりととうぜんというか， 昨年 9 月の計算結果をみてもばらつきが大きいわけで．

• ということで， v.diag <- rep(2.0, N.level) にもどして， 計算 step 数を 12000 から 22000 にしてみる …… しかし， これもダメ． 魚密度に関してもう少しモデリングの工夫が必要というかんじだ．
• うまくいかないまま昼飯．
• どうも魚の密度だけが問題なのではなく， 水温モデリングも改善すべきだ， という気がしてきた．
• 試行錯誤の計算まち時間中に， 年度末的なめんどー事務書類にてきとーに対処してみる． はてさて， どうなることやら．
• 超事前分布をより無情報化することで， よーやく結果が得られた． 12000 MCMC step 300 秒 (事後分布表, BUGS code)． まあ， 動物プランクトン密度まわりの相関が見えにくくなったのはしょうがない， というかんぢだ …… 水温まわりは改善されたかな?

• これであとは報告を書いて， と思っていたら何やらまた PC 修理だの何だのにかりだされてしまった …… うう．
• 1900 研究室発． 1920 帰宅． 体重 70.2 kg． 晩飯の準備． ちょっとうんどう． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): キャベツ・ニンジン・ホウレンソウのシチュー． ヨーグルト． リンゴ．
  • 昼 (1310): 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． キャベツ・ニンジン・ホウレンソウのシチュー．
  • 晩 (2100): 米麦 0.8 合． 豆腐・ワカメのサラダ． ホタテ・ネギの炒めもの．