ぎょーむ日誌 2007-12-25

2007 年 12 月 25 日 (火)

• 0820 起床． 朝飯． コーヒー． 0940 自宅発． 曇ちょっと雪． 積雪量， 今年はまだまだ， というかんじで． まあちょっと大雪になればたちまちにして歩道と車道のあいだに 巨大な除雪による雪壁が形成されるわけだが． 0955 研究室着．
• 苫小牧 & 屋久島実生データのうち， とりあえず苫小牧のほうのモデリングを改善する試行錯誤のつづき．
• サロベツ種子発芽実験データ解析でもちいたやや変則的な Bayesian ZIP モデルの 説明作文かきの手つだい． 院生たちは確率なる概念を道具として使えるけれど， 確率変数 (random variable) についてはもう少しあいまいに理解しているようで．
• 実生データの統計モデリング， 「耐陰性」なるアヤしげな変数をベイズモデル中の確率変数 (random variable) としてあつかうための試行錯誤． 屋久島データとは異なり， 苫小牧データには「耐陰性なし」「耐陰性あるのかどうかよくわからん」 の 2 水準しかないせいか， 後者はことごとく「耐陰性あり」に assign されて動かなくなった． そのくせ全体の収束は遅い …… 全体というか， なぜか重量の測定誤差パラメーターの収束がゆっくりになっていて， 全 deviance もそれにつられてゆっくり変化．
• そしてこの「耐陰性」なるじつにアヤしげな説明変数が， 苫小牧 13 樹種を 5:8 に分割してるんだけど， なぜかしらけっこう実生のカタチを説明する「グループわけ」になっている， というおどろくべき推定計算結果が …… うーむ．
• 現時点では 4000 MCMC step で 990 秒ぐらい． 収束改善のため， もっと計算時間を増やすことは可能なんだが ……
• これまた面倒なことに， 苫小牧 & 屋久島データを同時にあつかう， といった統計モデリングが必要かもしれない， ということでそれにあわせた改造を． まあ， その準備はしてたんで問題なし． 試験運転しようとすると， 屋久島のナゾの樹種コード Sp (4 個体だけ) の先験的「耐陰性の値」がないことに気づいた …… えーい， この樹種はいったん削除だ．
• 試験運転． 昼飯．
• なんというべきか， くだんの「耐陰性」なる確率論的なグループわけ， 苫小牧と屋久島ではまったく別の方向に効果があるようなないような …… 「これ以上ややこしくするのはイヤだなぁ」 と思いつつも， 耐陰性と屋久島の交互作用項じみたものを追加してふたたび試験運転． やれやれ．
• えーい， なんだかおかしいと思ったら， この先験的なる耐陰性なる labeling の意味を逆にとっていた． ラベル 1 は「耐陰性が低い」ではなく「高い」のか! いやはや． ミズナラが耐陰性ひくくて， バリバリノキが耐陰性たかいのはいくらなんでもおかしいもんなあ． 樹種名が Qm とか La とか略されていたもんで …… (このハナシはまたあとでひっくりかえる)
• で， 逆にすると「何で?」とゆーぐらい収束が改善された …… あいかわらず測定誤差のばらつきパラメーターは遅いけど． で， 逆にしてもやっぱり苫小牧と屋久島では「耐陰性」なるラベルの働きかたが ちがうみたいだなぁ …… 一例をあげてみると， 苫小牧では「耐陰」な連中は地上部重視だけど， 屋久島では地下部重視とか． ホントかな?
• まあ， この観測データはややこしい点も多々あるから ……
• このあたり， またモデリング修正を余儀なくされる可能性大だけど， もうちょい MCMC サンプリングを長くしてみるか …… 4000 MCMC step に 1890 秒． 収束はいまいちかなぁ ……
• といろいろ検討してると， データを入力した田辺さんがきて， tolerancy 列でミズナラやハリギリが「耐陰性ナシ」になってるのは入力まちがい， といった修正を …… うーむ． ということで， また MCMC 計算やりなおし．
• 2000 MCMC step 953 秒 …… で， もとデータを修正するとこれまた「何で?何で?」というぐらい収束が改善してしまった． うん， まあ改善されたんなら何でもいいや． (事後分布表， BUGS code)． さっきとは逆で， 苫小牧では「耐陰」な連中は地下部重視だけど， 屋久島では地上部重視になってしまった．

• さて， これで苫小牧・屋久島データの統計モデリングがまとめてできていればよいのだが …… 作図プログラムはかなり改善せんといかんな． とりあえず， こんなかんじとか?

• Yak + Tol + Yak:Tol なる交互作用のいれかたはまちがいではないけど解釈がめんどうになるところがあるな …… ということでそのあたり修正して計算やりなおしを命じて本日は撤退． まあ， 苫小牧 + 屋久島データ統合して 15 分ちょいで推定計算が終了するようになったのは， おおいなる進歩だ． 1930 研究室発． 買いもの． 1950 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): 米麦 0.7 合． ネギ卵炒飯．
  • 昼 (1300): 研究室計算機前． 食パン．
  • 晩 (2240): 米麦 0.8 合． ワカメ・豆腐の味噌汁． ハクサイ・ニンジン・タマネギ・ネギ・ピーマン・ブナシメジ・イカの炒めもの．