ぎょーむ日誌 2007-12-11

2007 年 12 月 11 日 (火)

• 0830 起床． 朝飯． コーヒー． 0940 自宅発． 曇． 0955 研究室着． なにやらいきなり計算依頼が ……
• 1030 研究室セミナー， 本日の担当は川合さんで大雪山の protoandry(♂花→♀花) なミヤマリンドウの開花期間はどう決まるのかその他， の解析．
• 熱帯樹冠のカタチの階層ベイズモデル， 観測誤差と「個体差」をむりやり分離する定式化にして (つまり 1 step の「みかけ」の計算量は増えるわけだが) 2000 MCMC step …… 2200 秒ぐらいで終了， つまり 3-4 倍の高速化が実現した． こういう定式化によって WinBUGS の Gibbs sampling がかなり高速化するのは 他の近ごろの M2 下うけ計算と同じ． MCMC 計算の場合， BUGS 言語で書いた定式化の部分の 多い・少ないだけが計算時間を決めているわけではない (そりゃ fit すべきデータの量が増えれば時間かかりますけど)．
• とはいえこの 200 樹種 (4000 個体弱) の計算は 2000 MCMC step ではぜんぜん収束してない． とりあえず 4000 ぐらいにしてみるか． 予想計算時間は 80-90 分ぐらい．
• なんだか研究室の web server 機の挙動がいまいちだなぁ， また年末恒例の server 破損かしらん (なぜか年末に壊れることが多い) …… と調べてみたら， 原因はまた北大ネットがわにあって， 二台の DNS server のうち 133.87.1.22 のほうがおかしくなっていた． やれやれ．
• 魔の三連続査読をかたづけてもやるべきことはいろいろあるわけだが ……
  • M2 下うけ計算 (石狩浜データ救出作業， 苫小牧・屋久島実生モデルの MCMC 計算やりなおし， サロベツ実生の死亡確率のモデリングのやりなおし， などなど)
  • 母子里 Gibbs 樹冠の conditionally accepted の ``conditionally'' を除去する作業
  • 水曜日 (つまり明日だ) のあやしげなセミナー準備
  • 来週の ECOAS 会議準備? …… プランクトンに関しても予測計算したほうがよいのかしらん?
  • 大雪山地衣類繁殖論文， 投稿にむけての最終的な文章修正
  • アリ論文を投稿できるようにする …… これは今年中に投稿できれば， と思うのだけど
  • 屋久島葉寿命の階層ベイズモデル …… これを何とか今年度中に (つまり 3 月末までに) 投稿できるようになりたい
  とりあえず， 目先のご利益につられてみることにして， 母子里 Gibbs 樹冠モデルの光合成説明補足から着手しよう．
• おっと， 1.5 時間弱で 4000 MCMC step の計算終了 …… 収束してない． えーと， 今回の修正点は DBH → 樹冠幅モデル化と あちこちに damage の影響をいれるとゆーわけのわからんものだが …… どうもこの damage の影響とやらをあちこちに独立にいれるのが すごく良くないらしい， とわかった． とりあえず 3 個のうち 1 個 (樹冠幅に関するもの) を減らす． また 1.5 時間計算のやりなおし． まぁ， これが 8 時間だの 12 時間だのと計算時間 を費やしてた時期に比べればマシ， か．
• などとどたばたしつつ， 母子里 Gibbs 林冠モデル原稿かきなおし． Production & Evapotranspiration 小節はぜんぶ書き直しとなった ……
• 1840 研究室発． 研究室忘年会． 2200 帰宅．

[忘年会の女王]

Annika さんの娘 イリンちゃん (小 1)． じつに巧みな日本語会話， 傑出した無類の外交能力， おそろしくエンターテイメント性の高い「けん玉」技能でもって， われわれのテイブルだけでなく店のスタッフ・他のテイブルのお客さんたちまで その魅力でとらえて離さなかった． 感銘をうけた店がわがイリンちゃん用に特別にデザートを …… しかし女王様の趣味には合致しなかったらしく一瞥をくれただけで手をつけなかったので， われわれがありがたく御下賜の栄にたまわることに．

• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): 米麦 0.6 合． ハクサイ・ニンジン・ネギ・エビすりみのスープ．
  • 昼 (1250): 研究室． 豆パン． 野菜ジュース． リンゴ．
  • 晩 (1910): 研究室の忘年会． ででんがでん北8条店．