ぎょーむ日誌 2007-11-30

2007 年 11 月 30 日 (金)

• 0850 起床． ねむい． 朝飯． コーヒー． 1000 自宅発． 晴． 1015 研究室着．
• 昨晩やらせておいた 20000 MCMC 計算， 31000 秒ほど費やして …… やっぱり収束してないか． これは統計モデリングなんかに原因があると考えるべきだろうな．
• ヘンなところで無情報事前分布を使ったのがまずかったのかしらん? …… しかしそのあたり改善してみてもうまくいかん． そしてこの確認の計算のために 30 分以上を費やすんだよね．
• 計算まち時間は他のことをやってますが …… と書いてみたけど， いろいろなコトに巻きこまれた．
• まずこの宮田さん計算でまちがいをやってることに気づいた． log(体積) を log(長さ) & log(直径) に分割するなどという曲芸みたいなコトをやらせているんだけど， そこで単純な計算ミスを． で， 修正するとむちゃくちゃに計算時間を費やすようになった ……
• これって同じような方法で計算してしまった …… 先日の田辺さん計算にも影響するかも， と A801 院生部屋をうろうろしてると江川さんの追加計算 (埋土種子数推定の階層ベイズモデル MCMC 計算) をすることに．
• じつは A801 内にある Dell Linux desktop 機は 私が自室から remote で宮田さん計算を命じているので， 同室内にある Dell ゐんどーづ desktop 機で 江川さん計算をやることに． 今回のやりなおし内容は簡単で， 前回 (10 月) は主要 3 種でやった計算に 2 種くわえる， という露崎さんの気まぐれ提案に由来するもの …… 「上司は思いつきでものを言う」というような書名の本がありましたなぁ ……
• で， ゐんどーづ (なぜかこれまた露崎さん趣味を反映してゐんどーづ 2000) 上で R の library(R2WinBUGS) 経由で WinBUGS をして計算せしむるわけだが …… ゐんどーづ特有のばかばかしさと申しますか， BUGS 言語を定義したファイルのフルパスに「...\デスクトップ\...」 みたいな日本語文字が入ってると見つけられないみたいだね． これは 2000 固有の問題なのかもしれないけど．
• まあ， そのあたり改善したらなんとかなった． 4000 MCMC step で 15 分ほど． こちらの desktop 機は Pentium4 2.8GHz だったはずだけど， 意外と速くないような ……
• 宮田さん計算のほうは遅々としてススまず． その間におそい昼飯．
• まちがい， というかあまり正しくないモデルをデータに fit させてしまった件について 田辺さんと相談． まあ， データの性質のちがいからこちらはなんとかなりそう …… 宮田さんモデリングのほうは何か定式化を抜本的に変えないとダメかも． 3 時間ちかくかかってよーやく 1000 MCMC step． 問題が難しすぎて Gibbs sampler がマトモに動作してないのだろう．
• ばてたのでお茶部屋雑談． 「生態学会福岡大会 (来年 3 月) でどのあたりに泊まればいいんですか?」 うーん， 粕谷さん馬車馬ぶろぐ の「生態学会の宿の選び方」は参考になるかも． ただし福岡市の 地図 を見ながらでないと何が何だか? でしょう． 「観光名所は?」 うーん， これも難問で意外とないんだよねえ …… 3 月でもまだ 太宰府のウメ は咲いてるよーで． 大濠公園のサクラはまだだろうなぁ …… と福岡在住 10 年間の (そして過去 10 年間ちかく近づいていない) 私はいいかげんに回答してみたのであった．
• 終わらぬ MCMC 計算の改良案かんがえたり， その他メイル書きにおわれたり．
• 1850 研究室発． 晩飯． 2010 帰宅．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0920): 米麦 0.6 合． 麻婆豆腐．
  • 昼 (1420): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． 春雨スープ．
  • 晩 (1920): ごはんやデンスケ． 金曜日はばら寿司の日．