ぎょーむ日誌 2007-09-16
2007 年 09 月 16 日 (日)
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0740 起床．
朝飯．
コーヒー．
デイパックの背負いバンドの修理．
0935 自宅発．
曇．
雨はやんでる．
0950 研究室着．
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ECOAS 八甲田湿原群の植物データ解析のつづき．
昨日，
なぜかコドラート内で重複しているナゾの植物種コード
mikaya
でナヤんでいたんだが，
神山さんに教えていただいたところ，
これは、非常に見分けるのが困難な2種（ミヤマイヌノハナヒゲとミカヅキグサ）あるためです。解析に用いるデータとしては適切でなかったかもしれません。この2種が一緒に出現するコドラートでは、穂がついているものは2種の見分けがつきますが、付いていないものは分からないので、「ミヤマイヌノハナヒゲ」「ミカヅキグサ」「ミヤマイヌノハナヒゲかミカヅキグサ」の3タイプに分けてサンプル処理をしました。しかし、非常に似ているため、これらをまとめて「mikaya」としました。
とのことなので，
私の独断で乱暴にもまとめてしまうことに．
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そしてデータ全体をながめるいろいろな作図作業がつづく．
図たちは ECOAS PukiWiki にアップロード．
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この多種データからはそれほどコマかいことが
言えない
だろうな，
と見当がついてきたので，
ごく大雑把な
(パラメーター数が少ない)
階層ベイズモデリングから始めるとするか．
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コーディングはすぐにできるんだけど，
ナゾのゐんばぐすエラーに苦闘する．
まあ，
こういう場合は，
ほぼまちがいなく，
当方の統計モデリングがかなりオカしいわけだが．
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昼飯たべつつ調節つづく．
ECOAS プランクトンデータの場合と同じく，
random effects がかなり大きいのに
(ホントの)
測定誤差と区別がつかん!
というあたり．
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どうやってもうまくいかんので，
とりあえずバイオマスの測定誤差の分散逆数を 10
などと固定してみる．
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試行錯誤計算ススめつつ，
この統計モデリングのメイル書き．
毎度のことながら，
こういう説明メイル書きは時間がかかる．
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ほとんどのパラメーターはだいたい数千 MCMC step
で収束してるように見えるんだけど，
deviance の減少に時間かかる．
やっぱり，
モデルがどこかまずいんだろうなぁ．
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とりあえず 22000 MCMC step の計算結果
(事後分布表,
BUGS code)．
計算時間は，
えーとたしか 20 分ぐらい．
うーむ，
一番下の deviance がびみょー
……
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なーんか理由があるはず，
なんだけどよくわからない．
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わからぬまま撤退．
2000 研究室発．
2020 帰宅．
うんどう．
晩飯．
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[今日の運動]
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[今日の食卓]
- 朝 (0830):
米麦 0.6 合．
キャベツ・ニンジン・ネギ・パセリ・ハムのサラダ．
- 昼 (1320):
研究室．
イソップベイカリーのバゲット．
ヨーグルト．
リンゴ．
- 晩 (2200):
米麦 0.6 合．
ネギ・ブナシメジ・卵炒飯．
コマツナのゴマあえ．
豆腐．
