ぎょーむ日誌 2007-09-11

2007 年 09 月 11 日 (火)

• 0855 起床． だめだ． ぷらんくとんばて． 0910 自宅発． 曇． 0925 研究室着． 朝飯． コーヒー．
• なぜか PukiWiki を更新する作業， とか．
• ECOAS プランクトンデータ解析したうけ， 動物プランクトン作図のつづき． なーンかヘンだな …… と思ったら …… 札幌市郊外の空沼 (標高 1460 m)， 動物プランクトンの現存量ゼロ! なのか． 植物プランクトンはいるのにね．
• 昨日， species ごとの plot というの作ってみたんだけど， よくわからんかった． そこで， 動物プランクトンのバイオマス組成が環境によってどう変わるか， の R 作図． 右の列は不名誉なる割算値． しかし， 群集データって何とも難解だねえ．

• やっぱりよくわからんので， 環境経度にそって「だいたい等サイズ」 になるよう自動グループわけしてみる． この作図プログラミングは ちょっとばかり めんどうだった．

• やっぱり， よくわからんな． とりあえず図を ECOAS PukiWiki にアップロード． ひと休み．
• えーと， 科研費書類の学内しめきり 10/16 (火)， か． 科研費 LaTeX (学術システム研究センター数物系科学専門調査班版) もすでに新しい版が． たいへんありがたいことです．
• 会計からまたヘンな連絡．

  道内の出張につきましては、交通費は原則としてＪＲ、バス等
  陸路をとるものとして支給されています。
  用務の都合等により、航空機を利用する場合には、備考欄に
  航空機利用の旨を記入していただきますようお願いいたします。
  
  備考欄記載例）
  札幌−稚内間往復航空機利用
  

  うーむ， どうしてひこーきがダメなのかしらん? 本州なら新幹線で数時間の場所でも， JR 北海道なら一日がかりになったりするんだけどね．
• ECOAS プランクトン組成データ， めんどうなのであまり何も考えてない 「バイオマス分割」 の階層ベイズモデル化しちまおうかしらん …… しかし 60 種超はしんどいので， 全 86 調査地の合計が 10 g / 86 リットルなやつにしようかしらん． じつはこの密度も調査地によって測定方法が異なるので， ホントはこの割算値をそのまま使うのはまずいんだけど．

> x <- tapply(b$biomass, b$spc, sum)
> x
     spc01      spc02      spc03      spc04      spc05      spc06      spc07      spc08 
1.7361e+03 4.6890e-01 2.9974e+02 1.6278e+01 6.6488e+01 6.6609e-03 5.9887e+02 4.2688e-02 
     spc09      spc10      spc11      spc12      spc13      spc14      spc15      spc16 
2.5548e+01 4.0857e+00 6.4783e+00 8.2282e-03 1.9133e+02 1.3868e+01 1.2451e+01 1.9800e+01 
     spc17      spc18      spc19      spc20      spc21      spc22      spc23      spc24 
2.0878e+02 2.4613e-02 4.8735e-02 3.0160e-03 1.9432e+03 6.4767e+00 8.2480e+01 5.8819e-01 
     spc25      spc26      spc27      spc28      spc29      spc30      spc31      spc32 
3.6433e-01 5.0648e+00 2.0127e+01 2.1812e+02 2.1050e+02 6.7776e+01 2.3986e+01 8.1380e-02 
     spc33      spc34      spc35      spc36      spc37      spc38      spc39      spc40 
6.1722e-01 2.7188e+00 6.0130e+02 5.6498e-01 1.7581e+00 2.0585e-01 6.8390e+00 1.2842e+01 
     spc41      spc42      spc43      spc44      spc45      spc46      spc47      spc48 
1.5507e-04 1.2979e-02 4.8535e-01 2.8068e-04 2.7740e-04 8.7592e-02 1.0852e-03 8.0166e-02 
     spc49      spc50      spc51      spc52      spc53      spc54      spc55      spc56 
1.2452e+00 1.9715e-02 8.5896e-03 1.2170e-03 1.6018e-01 1.5544e+00 2.6706e-01 1.1038e-01 
     spc57      spc58      spc59      spc60      spc61      spc62      spc63      spc64 
1.4924e-04 1.4111e-01 1.3283e-04 1.2423e-04 4.7581e-03 2.9081e-05 2.0023e-03 9.6510e-03 
> x[x > 10]
   spc01    spc03    spc04    spc05    spc07    spc09    spc13    spc14    spc15    spc16 
1736.133  299.740   16.278   66.488  598.868   25.548  191.333   13.868   12.451   19.800 
   spc17    spc21    spc23    spc27    spc28    spc29    spc30    spc31    spc35    spc40 
 208.779 1943.213   82.480   20.127  218.120  210.497   67.776   23.986  601.300   12.842 
> unique(b[b$spc %in% names(x[x > 10]), "spc.name"])
 [1] D.dentifera      D.galeata        D.cristata       Ceriodaphnia     Bosmina         
 [6] Chydorus         Diaphanosoma     Sida             Leptodora        Polyphemus      
[11] Holopedium       Acanthodiaptomus Eodiaptomus      Megacyclops      Thermocyclops   
[16] Cyclops          Diacyclops       Mesocyclops      Nauprius         Asplanchna      

• ふーむ， 20 種になったか ……
• などと検討してると， 屋久島めんどう作図問題が …… library(grid) の復習をして， なんとか作図プログラムを変更する．
• とりあえず 20 種の動物プランクトンを対象とする階層ベイズモデル作り． さて， ここで昨日解明した WinBUGS の dmnorm() と diwsh() を駆使して coding していくわけだが …… はてさて， この 20x20 の分散共分散行列の Gibbs sampling ってどれぐらい時間かかるものなのかしらん?
• …… わずか 300 MCMC step 計算させるのに 880 秒もかかった! うーむ， これが， これがゐんばぐすの限界なのか? だとしたら， あとさき考えずに 「とにかく種数を増やせ!」 なる自己破滅的なスローガンをかかげて 何かに取り憑かれたかのようにひたすら何百種も サンプリングしたがるあのアタマのおかしい群集生態学者たちのデータの解析， こういう道具だてでは無理ってことなのかしらん?
• よくわからんけど， R2WinBUGS 戦闘ドクトリンの限界をさぐるべく， 16000 MCMC step の計算を命じる． およそ 13 時間後に終了する予定．
• ちょー長時間計算命じたものの， あまりうまくいくとは期待してない． 種間のほとんどの組みあわせにおいて相関ゼロだろうし． いやはや， 何たる推定計算だろうねえ ……
• 1930 研究室発． 帰宅途中に 「ゐんばぐすがノロい理由， ひょっとしたら推定計算には必要のない 20x20 逆行列計算 で苦闘してるのかしらん?」 と考えついて思わず研究室にもどりかけたけど， 「まー，いっか」 と放置することに． 1945 帰宅． 体重 68.6 kg． うんどう． 晩飯．
• [今日の運動]
  • エアロバイク 45 分間． 400 kcal．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): 研究室． 豆パン．
  • 昼 (1425): 研究室． 豆パン． リンゴ． 早くも当地では 1 個 100 円リンゴがでまわっているので， 一日 2-3 個たべてます．
  • 晩 (2200): 米麦 0.8 合． キムチ・マイタケ・卵の炒めもの． コマツナのゴマあえ． キュウリ．